明朝嘉靖七年(1528)，承襲世職為指揮使。累功，晉官署都指揮僉事，充任銅仁參將。

苗人龍?jiān)S保、吳黑苗反叛，總督張?jiān)捞嶙h征討他們，而敵賊攻陷印江、石阡，石邦憲被坐罪逮問(wèn)。張?jiān)酪驗(yàn)殂~仁是敵賊的巢穴，而石邦憲有勇有謀，于是上奏留用石邦憲。

石邦憲于是與川、湖之兵共進(jìn)貴州，攻破苗砦十分之五。躲藏在山中竹林子里的人，被搜殺殆盡。上功，石邦憲居第一。未及敘功，而龍?jiān)S保等人突入到思州（今貴州務(wù)川），捉住知府李允簡(jiǎn)而去。石邦憲緊急半路攔擊，將李允簡(jiǎn)奪回來(lái)了。石邦憲被停止俸祿，讓他戴罪立功。敵賊攻破思州后，又糾集余黨，與湖廣蠟爾山（今湖南花垣西南）苗人會(huì)合，攻打石阡不克，經(jīng)過(guò)省溪（今貴州江口）而去。千戶安大朝等人半路攔擊他們，俘殲敵人大半，奪下敵賊的全部輜重，敵人潰不成軍。

石邦憲讓使者重金收買(mǎi)老谷、老犭革等人擒住龍?jiān)S保送到軍門(mén)，而黑苗如過(guò)去一樣躲藏。又用計(jì)重金收買(mǎi)烏朗土官田興邦等人斬黑苗，敵賊于是被平定。晉升署都督僉事，充任總兵官，代沈希儀鎮(zhèn)守貴州。

臺(tái)黎砦苗人關(guān)保倡導(dǎo)作亂，四川容山、廣西洪江諸苗響應(yīng)。遠(yuǎn)近騷然，朝廷上是安撫還是剿殲不能定下來(lái)。石邦憲與湖廣分兵討破他們，傳檄十八砦，許他們捉拿首惡贖罪。諸苗聽(tīng)從安撫，設(shè)盟受約而回去。

播州宣慰使楊烈（楊應(yīng)龍之父）殺長(zhǎng)官王黼，王黼的同黨李保等人治兵相攻快有十年，總督馮岳與石邦憲討平他們。

真州苗人盧阿項(xiàng)作亂，石邦憲用兵七千人編筏渡江，直抵磨子崖。估計(jì)敵賊必定來(lái)進(jìn)行夜襲，預(yù)先防備。敵賊到達(dá)后，被他們擊敗。敵賊向播州吳鯤求援。諸將感到恐懼，石邦憲說(shuō)：“水西宣慰使安萬(wàn)銓，是播州所畏怕的。我調(diào)水西之兵攻烏江，聲討楊烈縱吳鯤助叛逆之罪，楊烈哪有空暇救人呢？”之后，水西之兵到達(dá)。石邦憲進(jìn)逼敵人的巢穴，乘風(fēng)放火，斬關(guān)而登，敵賊大崩潰，擒住敵賊首領(lǐng)父子，殲俘四百七十多人。石邦憲晉署都督同知。
石邦憲攻破地隆阡叛苗四砦，又攻破答千諸砦，擒住他們的巨魁。地隆阡派遣敵賊龍老三、龍得奎勾結(jié)龍停苗人老夭、扳凳苗人石章保等人縱兵搶掠，捉拿石耶洞土官的妻子冉氏帶回去，攻擊梅平砦。官軍要擒拿龍老三。龍得奎走脫幸免，又與老夭等人攻破平南營(yíng)囤。石邦憲偵察得知冉氏在老夭那里，表面議說(shuō)要贖她，而暗中擊殺老夭。官軍于是進(jìn)入龍停砦，一并捉拿扳凳砦苗人龍老丙，命令他獻(xiàn)出石章保。由此諸苗全部被降服。白洗、養(yǎng)鵝的諸苗反叛，石邦憲征討并擒住敵魁，降服一百多砦。
湖廣溆浦（今屬湖南懷化）瑤人沈亞當(dāng)?shù)茸鱽y，總督石勇檄令石邦憲討伐他們，石邦憲生擒沈亞當(dāng)，俘殲二百多人。甫溆浦平，銅仁、都勻的苗人互相煽動(dòng)進(jìn)行反叛。石邦憲亟馳回來(lái)，率領(lǐng)守備安大朝進(jìn)剿。先攻破彪山砦的敵賊，乘勝以謀略平定諸砦。俘虜敵賊的頭子龍老羅、王三等人，余黨全部平定。石邦憲又與總督黃光升，修筑湖北的墩臺(tái)、烽土侯一百多所，招降冷水溪諸洞苗二十八砦。

播州容山的副長(zhǎng)官土舍韓甸與正長(zhǎng)宮土舍張問(wèn)相互攻擊，韓甸多次取得勝利，于是他糾集生苗在湖、貴境內(nèi)搶劫，將近二十年。張問(wèn)也糾集黨徒自助。石邦憲討伐張問(wèn)，斬?cái)骋话俣嗳�，張�?wèn)潛逃，被擒獲。官軍乘勝攻入韓甸的巢穴。遇上天黑，下大雨，官軍迷失路徑。守備葉勛、百戶魏國(guó)相等人陷入埋伏之中，戰(zhàn)死。石邦憲突圍而出，帶軍回到鎮(zhèn)遠(yuǎn)。再次征討韓甸，敵賊沿江防守。石邦憲佯裝與他抗?fàn)�，而另外從上游三十里處縛竹渡江。水陸并進(jìn)，大破敵賊。斬殺韓甸，容山被平定。石邦憲晉右都督。

不久石邦憲與巡撫吳維岳招降平州叛酋楊珂，剿平龍里衛(wèi)敵賊阿利等人。在這個(gè)時(shí)候，水西宣慰使安國(guó)亨恃眾跋扈，謁見(jiàn)上官時(shí)，辭色不善，往往煽動(dòng)兵眾喧嘩鼓噪而出。石邦憲召見(jiàn)他譴責(zé)說(shuō)“：你想造反嗎？我看見(jiàn)你如釜中的游魚(yú)。你的兵與云、貴、川、湖的兵相比誰(shuí)的多？你有四十八個(gè)酋長(zhǎng)，我鑄四十八個(gè)印給與他們。早上下令，傍晚就把你給滅了�！卑矅�(guó)亨叩頭謝罪，頗為收斂。

隆慶元年(1567)，石邦憲剿平鎮(zhèn)遠(yuǎn)的苗人。之后，他又攻破誅滅白泥土官楊斌貝和苗人酋長(zhǎng)龍力水等人。部?jī)?nèi)之人對(duì)他服服帖帖。

石邦憲生于貴州，長(zhǎng)于貴州，熟悉苗族風(fēng)土人情。他善于用兵，經(jīng)過(guò)的戰(zhàn)斗大小有數(shù)十近百次，無(wú)不被他摧毀攻破。先后晉俸祿有四次，賞賜銀幣十三次。他所得的俸賜，全部用來(lái)招待士兵，家中沒(méi)有多余的資財(cái)。做總兵官十七年，威鎮(zhèn)蠻中。他和四川的何卿、廣西的沈希儀并稱一時(shí)的名將。

隆慶二年(1568)，死在官任上。贈(zèng)官左都督。葬于石仙山腳下，工部尚書(shū)孫應(yīng)鰲親自為其撰寫(xiě)墓志銘。銅仁東山、湖南溆浦曾建有石公祠祭祀之。據(jù)《貴州通志》《重刊清平志》《銅仁府志》《麻江縣志》和《黃平縣志》等中記載，元戎坊、凱旋橋（現(xiàn)名海星橋）、凱旋溪、小風(fēng)洞、太極洞和黃平舊州衛(wèi)學(xué)及銅仁南方長(zhǎng)城（部分）均由其主持修建。

張翀《贈(zèng)石南塘總?cè)帧罚骸袄蠈⑽髂先�，雄提百萬(wàn)兵，斗牛橫劍氣，草木動(dòng)風(fēng)聲。得士黃金賊，投壺白玉輕。池中誰(shuí)赤子，天外有長(zhǎng)城�！�

石邦憲在其《次韻答張子儀先生》的詩(shī)中這樣寫(xiě)道：“嘆息西南服，頻年未解兵。無(wú)才當(dāng)重任，野戰(zhàn)浪馳聲。圣主 恩何厚？微勞報(bào)以輕。殘軀能健在，誓靖百蠻城。”

曾祖父：石宗，清平衛(wèi)指揮使

祖父：石瑛，清平衛(wèi)指揮使

父：石堅(jiān)，清平衛(wèi)指揮使