君士坦丁六世是皇帝利奧四世和伊琳娜唯一的孩子，他在776年被他的父親加冕為共治皇帝，并在其父去世后于780年成為拜占庭唯一的皇帝。由于他當時尚未成年，所以伊琳娜和她的首席大臣斯陶拉基奧斯成為了他的攝政者。他在787年簽署了第二次尼西亞公會議的命令，但他對圣像破壞派似乎存有同情。那時君士坦丁實際上已經(jīng)滿16歲了，但伊琳娜仍行使著她的攝政權。

在788年，伊琳娜撕毀了君士坦丁與查理曼之女羅特魯?shù)碌幕榧s。轉(zhuǎn)而支持倫巴第前國王德西琉烏斯的兒子阿代爾契斯，他在法蘭克入侵意大利后被迫流亡。德西琉烏斯指揮拜占庭遠征軍于788年底登陸卡拉布里亞，但他被倫巴第聯(lián)軍和法蘭克軍隊擊敗，這嚴重惡化了法蘭克與拜占庭的關系。

790年春，在一場針對伊琳娜的陰謀被瓦解之后，她開始試圖成為拜占庭帝國的女皇。但事與愿違，君士坦丁成功的煽動了安納托利亞和帝國邊區(qū)的貴族反對伊琳娜，并獲得了足夠的軍事支持，最終迫使其放棄了這一野心。不過，伊琳娜被允許保留太后的頭銜，并在792年回到君士坦丁堡。

在掌握了實權之后，君士坦丁并未治理好這個龐大的國家。他在小亞細亞半島被薩拉森人擊敗，又于馬塞雷在保加利亞人手中遭受了可恥的失敗；當國內(nèi)輿論發(fā)展得轉(zhuǎn)而對他的叔叔凱撒·尼克弗羅斯有利時，君士坦丁便戳瞎了他的雙眼，并切斷了他四個叔叔的舌頭；他在亞美尼亞的支持者也起而反對他，因為他受母親蠱惑致盲了他們的領袖，阿萊克修斯·莫塞萊；而他在793年以極度殘忍的方式鎮(zhèn)壓了這場叛亂，這更讓他樹立起了背信棄義的形象。

之后，他與自己的妻子瑪麗亞離了婚，理由是她沒有給他生下男性繼承人，但不久他便與他的情婦塞俄多特結了婚；這一舉動不得人心并且沒有得到君士坦丁堡牧首的同意，最終引發(fā)了巨大的反對與爭議，并使得他失去了支持，其中尤以教會為最。

797年4月19日，君士坦丁被他母親的支持者綁架，他們刺瞎了這位年輕皇帝的雙眼并囚禁了他，使伊琳娜成為了拜占庭歷史上第一位女皇。我們無法確定君士坦丁準確的死亡時間，只能肯定他在805年之前已經(jīng)死去，但實際上他很可能在被致盲之后不久就死于傷口感染。他被埋葬在伊琳娜建立的的圣尤普羅欣修道院。