祝書(shū)元生于清朝光緒八年（1882年）。畢業(yè)于京師同文館。歷任京師馬路工程局局長(zhǎng)、湖北高等學(xué)堂監(jiān)督、湖北提法使、按察使、北京政府交通部秘書(shū)、內(nèi)務(wù)部次長(zhǎng)、天津電報(bào)局局長(zhǎng)、故宮博物院代理院長(zhǎng)等職務(wù)。

1912年，朱璞、祝書(shū)元、韓寶賢、朱承杰、蕭增煒、洪百鎏、湯綸、恵恩濟(jì)、龔守仁、王郁睽、林升慈、范桐茂、李升培、羅兆鳳、李德銓、定耀、張孝慈、馮鳳鳴、王紹祖等19人作為發(fā)起員在北京發(fā)成成立立儉德會(huì)。

1937年抗日戰(zhàn)爭(zhēng)爆發(fā)后，日軍占領(lǐng)北平，隨后王史敏于同年抵達(dá)北平，召集董康、湯爾和、朱深、王揖唐、齊燮元等人，在北京飯店成立一個(gè)以朱深為主、俞家驥為軍師、原北洋政府二等官僚祝書(shū)元負(fù)責(zé)日常工作的“政府籌備處”。后來(lái)在此基礎(chǔ)上成立了日本控制下的傀儡政權(quán)中華民國(guó)臨時(shí)政府。1940年4月1日，臨時(shí)政府改組為汪精衛(wèi)的南京國(guó)民政府下的華北政務(wù)委員會(huì)，其秘書(shū)廳是由原臨時(shí)政府行政委員會(huì)秘書(shū)廳改組而成，下設(shè)文案、事務(wù)兩處，祝書(shū)元任秘書(shū)廳廳長(zhǎng)。

1940年6月7日 ，汪精衛(wèi)政權(quán)批準(zhǔn)王克敏辭去本兼各職，推選為中央政治會(huì)議委員和國(guó)民政府委員，任命王揖唐為華北政務(wù)委員會(huì)委員長(zhǎng)兼常務(wù)委員及內(nèi)務(wù)總署督辦。6月9日王揖唐接任后，將秘書(shū)廳長(zhǎng)祝書(shū)元改聘為華北政務(wù)委員會(huì)顧問(wèn)，以后文案處長(zhǎng)瞿益鍇暫代秘書(shū)廳廳長(zhǎng)。

1942年底至1943年初之間，華北政務(wù)委員會(huì)派祝書(shū)元等人接管了故宮博物院。1943年2月9日，日本人通知汪精衛(wèi)政權(quán)將王揖唐免職，由朱深繼任華北政務(wù)委員會(huì)委員長(zhǎng)。王揖唐的親信、政務(wù)廳長(zhǎng)兼秘書(shū)廳長(zhǎng)夏肅初隨王揖唐下臺(tái)，朱深改派張仲直為政務(wù)廳長(zhǎng)兼秘書(shū)廳長(zhǎng)。同年2月，朱深病死，王克敏繼任委員長(zhǎng)，直至1944年2月8日云職。此后，汪精衛(wèi)政權(quán)改組華北政務(wù)委員會(huì)，王蔭泰繼任委員長(zhǎng)，祝書(shū)元任總務(wù)廳次長(zhǎng)。

1944年，戰(zhàn)略物資開(kāi)始緊缺的日軍在北平發(fā)動(dòng)了一場(chǎng)“金品獻(xiàn)納”運(yùn)動(dòng)，強(qiáng)制征收各類銅鐵制品，用來(lái)造炮彈殼和子彈。據(jù)故宮博物院的院史檔案，日方早就注意到故宮內(nèi)陳列多處的銅缸等物件，借游覽之名來(lái)調(diào)查銅器者不乏其人。

此時(shí)，故宮博物院的院長(zhǎng)已是隸屬日偽政權(quán)的祝書(shū)元，據(jù)黃金的研究論文，這位日偽政權(quán)的院長(zhǎng)并未積極響應(yīng)運(yùn)動(dòng)，反而多次強(qiáng)調(diào)故宮中的銅器是古物，即使碎了鐵環(huán)也不能擅自處置。但最終不敵壓力，為避免日軍隨意沖入故宮搶去，不得不交出部分銅缸。

1945年日本投降后，作為華北政務(wù)委員會(huì)委員兼總務(wù)廳長(zhǎng)的祝書(shū)元因辦理交代有功，被國(guó)民政府軍事委員會(huì)北平行營(yíng)主任李宗仁從待懲辦的漢奸名單中除名。