祝書元生于清朝光緒八年（1882年）。畢業(yè)于京師同文館。歷任京師馬路工程局局長、湖北高等學(xué)堂監(jiān)督、湖北提法使、按察使、北京政府交通部秘書、內(nèi)務(wù)部次長、天津電報(bào)局局長、故宮博物院代理院長等職務(wù)。

1912年，朱璞、祝書元、韓寶賢、朱承杰、蕭增煒、洪百鎏、湯綸、恵恩濟(jì)、龔守仁、王郁睽、林升慈、范桐茂、李升培、羅兆鳳、李德銓、定耀、張孝慈、馮鳳鳴、王紹祖等19人作為發(fā)起員在北京發(fā)成成立立儉德會。

1937年抗日戰(zhàn)爭爆發(fā)后，日軍占領(lǐng)北平，隨后王史敏于同年抵達(dá)北平，召集董康、湯爾和、朱深、王揖唐、齊燮元等人，在北京飯店成立一個以朱深為主、俞家驥為軍師、原北洋政府二等官僚祝書元負(fù)責(zé)日常工作的“政府籌備處”。后來在此基礎(chǔ)上成立了日本控制下的傀儡政權(quán)中華民國臨時政府。1940年4月1日，臨時政府改組為汪精衛(wèi)的南京國民政府下的華北政務(wù)委員會，其秘書廳是由原臨時政府行政委員會秘書廳改組而成，下設(shè)文案、事務(wù)兩處，祝書元任秘書廳廳長。

1940年6月7日 ，汪精衛(wèi)政權(quán)批準(zhǔn)王克敏辭去本兼各職，推選為中央政治會議委員和國民政府委員，任命王揖唐為華北政務(wù)委員會委員長兼常務(wù)委員及內(nèi)務(wù)總署督辦。6月9日王揖唐接任后，將秘書廳長祝書元改聘為華北政務(wù)委員會顧問，以后文案處長瞿益鍇暫代秘書廳廳長。

1942年底至1943年初之間，華北政務(wù)委員會派祝書元等人接管了故宮博物院。1943年2月9日，日本人通知汪精衛(wèi)政權(quán)將王揖唐免職，由朱深繼任華北政務(wù)委員會委員長。王揖唐的親信、政務(wù)廳長兼秘書廳長夏肅初隨王揖唐下臺，朱深改派張仲直為政務(wù)廳長兼秘書廳長。同年2月，朱深病死，王克敏繼任委員長，直至1944年2月8日云職。此后，汪精衛(wèi)政權(quán)改組華北政務(wù)委員會，王蔭泰繼任委員長，祝書元任總務(wù)廳次長。

1944年，戰(zhàn)略物資開始緊缺的日軍在北平發(fā)動了一場“金品獻(xiàn)納”運(yùn)動，強(qiáng)制征收各類銅鐵制品，用來造炮彈殼和子彈。據(jù)故宮博物院的院史檔案，日方早就注意到故宮內(nèi)陳列多處的銅缸等物件，借游覽之名來調(diào)查銅器者不乏其人。

此時，故宮博物院的院長已是隸屬日偽政權(quán)的祝書元，據(jù)黃金的研究論文，這位日偽政權(quán)的院長并未積極響應(yīng)運(yùn)動，反而多次強(qiáng)調(diào)故宮中的銅器是古物，即使碎了鐵環(huán)也不能擅自處置。但最終不敵壓力，為避免日軍隨意沖入故宮搶去，不得不交出部分銅缸。

1945年日本投降后，作為華北政務(wù)委員會委員兼總務(wù)廳長的祝書元因辦理交代有功，被國民政府軍事委員會北平行營主任李宗仁從待懲辦的漢奸名單中除名。