他從學(xué)生時代即被臺灣原住民文化所吸引，每年暑假入山進(jìn)行田野調(diào)查，畢業(yè)后留校擔(dān)任助教，后來升到副教授，戰(zhàn)后回到日本，歷經(jīng)東京都立大學(xué)等校教授。

馬淵東一在臺灣長達(dá)18年，調(diào)查對象鎖定于鄒族與布農(nóng)族，調(diào)查內(nèi)容著重于社會構(gòu)造、宗教、咒術(shù)等，尤其是神話和宗教儀式或與社會組織的關(guān)系。他曾主張臺灣原住民文化與南洋、琉球等地文化具有關(guān)連性。他在臺灣進(jìn)行原住民田野調(diào)查所寫下的許多著作，都已成為臺灣現(xiàn)今研究人類學(xué)及民族學(xué)的重要參考文獻(xiàn)。

馬淵東一對臺灣懷有深厚情感，逝世后葬于臺灣臺東縣池上鄉(xiāng)。