倪于1919年至1928年在北京協(xié)和醫(yī)院任醫(yī)生。1929年-1931年在南京中央醫(yī)院任外科總醫(yī)生，1931年-1932年在美國巴爾的摩霍金斯大學(xué)公衛(wèi)系學(xué)習(xí)，1932年-1935年在南京市衛(wèi)生事務(wù)所及附屬醫(yī)院任課長、院長。1940年-1944年在重慶坎拿大教會仁濟(jì)醫(yī)院任內(nèi)科首席醫(yī)生。1950年-1966年在南京市立傳染病醫(yī)院任醫(yī)務(wù)主任。1966年退休，1979年病逝。

倪曾為南京市政協(xié)委員、中華醫(yī)學(xué)會江蘇省分會理事。

倪于1951年第一批參加抗美援朝志愿醫(yī)療團(tuán)，任第三醫(yī)療隊(duì)隊(duì)長，在此期間，倪穎源用豬油，白陶土及面粉制成油膏，用于創(chuàng)傷，使傷口很快長皮，收到了很好的效果，獲得三等獎。