父親是高知藩鄉(xiāng)士。文久元年（1861年）參加土佐勤王黨，文久3年奉藩命上京，深得三條實(shí)美的信賴。同年八月十八日政變，激進(jìn)派公卿遭流放（七卿落難），他隨三條出京都經(jīng)長(zhǎng)州移至太宰府。在此期間，他與中岡慎太郎等極力推動(dòng)薩長(zhǎng)同盟的實(shí)現(xiàn)。維新后任東京府判事等在太政官出仕，以后歷任宮內(nèi)少輔、內(nèi)務(wù)大輔、內(nèi)閣書記官長(zhǎng)、元老院議官、宮中顧問官等職。明治20年（1887年）第1次伊藤內(nèi)閣農(nóng)商務(wù)相、同年轉(zhuǎn)任宮相、翌年兼任樞密顧問官。大正3年（1914年）任宮內(nèi)省臨時(shí)帝室編修局總裁。還曾擔(dān)任國(guó)學(xué)院大學(xué)長(zhǎng)、東京女學(xué)館館長(zhǎng)等職。

天保4年（1833年）生于高知，是土佐藩上士土方久用（200石）的長(zhǎng)男。安政4年（1857年）游學(xué)江戶，拜在儒者大橋訥庵門下求學(xué)，傾向尊王攘夷思想。回歸藩國(guó)后，與武市瑞山等人結(jié)成土佐勤皇黨。文久3年（1863年）以后奉藩命上京都，結(jié)交尊攘派的牙城長(zhǎng)州藩以及諸藩的勤王志士。不久受到激進(jìn)派公家三條実美的知遇為徴士，任學(xué)習(xí)院御用掛。同年的八月十八日政變中，長(zhǎng)州藩和三條失勢(shì)，被逐出京都。久元在“七卿落難”時(shí)隨三條實(shí)美和澤宣嘉逃亡至長(zhǎng)州。

元治元年（1864年），幕府發(fā)動(dòng)第一次長(zhǎng)州征伐之際，三條從九州（福岡藩）渡海逃至太宰府避難。土方久元同土佐浪士中岡慎太郎、田中光顯和坂本龍馬等人聯(lián)絡(luò)，作為中介積極推動(dòng)薩長(zhǎng)同盟，并為木戶孝允與西鄉(xiāng)隆盛在馬關(guān)的會(huì)談斡旋（然而，聯(lián)絡(luò)之行因身體不適而未能成行）。

關(guān)于在七卿落難至明治元年（1868年）這段時(shí)間內(nèi)土方久元的活動(dòng)，在他自己的日記《回天實(shí)紀(jì)》有十分詳細(xì)的記述。

明治維新成功后在維新政府出仕。明治元年5月2日（1868年6月21日）任軍監(jiān)補(bǔ)助。明治元年5月11日（1868年6月30日）任江戶府判事，明治元年6月17日（1868年8月5日）被任命為江戶鎮(zhèn)臺(tái)府判事，同年7月17日（1868年9月3日）裁撤鎮(zhèn)臺(tái)府，改任鎮(zhèn)將府判事。同年7月22日（1868年9月8日）兼任開市御用掛。明治元年7月29日（1868年9月15日）任東京府判事，同年8月19日（1868年10月4日）任鎮(zhèn)將府弁事。明治元年12月12日（1869年1月24日） 任東京皇居御造營(yíng)掛。

明治2年7月8日（1869年8月15日）——明治4年7月14日（1871年8月29日）任太政官中弁，明治4年7月29日（1871年9月13日）——明治4年8月10日（1871年9月24日）任太政官樞密大史，明治4年8月10日（1871年9月24日）——明治8年（1875年）9月22日任太政官大內(nèi)史。明治4年10月25日（1871年12月7日）任監(jiān)部御用掛。明治6年（1873年）5月6日兼任履歷監(jiān)部庶務(wù)課長(zhǎng)。明治8年（1875年）9月22日——明治10年（1877年）1月18日任太政官大史。明治9年（1876年）12月6日兼任議定官。明治10年（1877年）2月6日兼任調(diào)查局長(zhǎng)官和大書記官。

明治10年（1877年）8月29日——明治11年（1878年）12月24日兼任宮內(nèi)省一等侍補(bǔ)，明治11年（1878年）12月24日任宮內(nèi)少輔兼侍補(bǔ)兼議定官。明治14年（1881年）5月7日——明治17年（1884年）12月16日任內(nèi)務(wù)大輔，仍兼議定官。明治15年（1882年）7月19日任東京檢疫局總理。明治17年（1884年）4月23日——明治18年（1885年）7月13日任中央衛(wèi)生會(huì)會(huì)長(zhǎng)、日本藥局方編纂總裁。明治17年（1884年）12月16日——明治18年（1885年）12月22日任參事院議官。明治17年（1884年）12月16日——明治18年（1885年）7月29日任太政官內(nèi)閣書記官長(zhǎng)、太政官會(huì)計(jì)并庶務(wù)主管。明治17年（1884年）12月19日兼理內(nèi)務(wù)部勤務(wù)，明治18年（1885年）6月23日兼任文書局監(jiān)督。明治18年（1885年）12月22日——明治19年（1886年）9月2日元老院議官。明治19年（1886年）9月3日任宮中顧問官。土方久元多次履任宮中職，與元田永孚、佐佐木高行、高崎正風(fēng)、谷干城倡導(dǎo)皇權(quán)伸張（天皇親政），是宮中保守派（中正派）的頭面人物。明治17年（1884年）7月7日根據(jù)華族令，土方久元依維新功勛敘爵為子爵，特旨列入華族。

明治18年（1885年）日本內(nèi)閣制度建立后，1887年（明治20年）7月26日——1887年（明治20年）9月17日任第一次伊藤博文內(nèi)閣農(nóng)商務(wù)大臣。1887年（明治20年）9月17日——1898年（明治31年）2月9日任宮內(nèi)大臣，擔(dān)任宮內(nèi)相長(zhǎng)達(dá)11年。明治21年（1888年）為審議大日本帝國(guó)憲法而設(shè)置樞密院審議憲法草案，土方久元于1888年（明治21年）5月10日——1893年（明治26年）3月9日兼任樞密顧問官。

中正派（天皇親政派）與主張確立限制君權(quán)的立憲君主制的伊藤博文展開激烈爭(zhēng)論。憲法制定后，明治22年（1889年）的嘉仁親王（后來(lái)的大正天皇）立太子式、翌年的帝國(guó)議會(huì)成立、明治27年（1894年）中日甲午戰(zhàn)爭(zhēng)之際，明治天皇均通過宮內(nèi)大臣土方久元具體辦理相關(guān)事宜。

明治28年（1895年）10月7日伯爵陞爵。明治31年（1898年）2月9日辭任宮內(nèi)大臣，賜予大臣之“前官禮遇”（重臣），由田中光顯繼任宮相。

晩年，土方久元任宮內(nèi)省帝室制度取調(diào)局總裁、皇典講究所所長(zhǎng)、國(guó)學(xué)院大學(xué)長(zhǎng)、東京女學(xué)館館長(zhǎng)等職，從事教育方面事務(wù)，進(jìn)行圣德講話，致力于國(guó)民教化。明治天皇崩御后，大正天皇治世時(shí)，1914年（大正3年）11月30日，土方久元任臨時(shí)帝室編修局總裁，致力于《明治天皇紀(jì)》的編纂。

大正7年（1918年）11月4日，土方久元逝世，享年86歲。墓所在染井墓地（現(xiàn)：染井霊園）。嗣孫是新劇運(yùn)動(dòng)發(fā)起人土方與志（紅色伯爵、日共黨員）。

1868年6月11日（明治元年9月3日）-從五位下；

1872年1月17日（明治4年12月8日）-正五位；

1881年（明治14年）7月16日-勛二等；

1881年（明治14年）7月20日-從四位；

1884年（明治17年）7月7日-子爵；

1885年（明治18年）10月1日-正四位；

1886年（明治19年）10月20日-從三位；

1887年（明治20年）10月19日-從二位；

1887年（明治20年）10月25日-勛一等旭日大綬章；

1889年（明治22年）12月25日-大日本帝國(guó)憲法發(fā)布記念章；

1895年（明治28年）10月7日-伯爵；

1898年（明治31年）2月9日-正二位。

1903年（明治36年）7月16日-勛一等旭日桐花大綬章；

1918年（大正7年）11月4日-從一位。

1886年（明治19年）10月18日-瑞典-挪威聯(lián)盟一級(jí)北極星勛章；

1891年（明治24年）5月4日-暹羅王國(guó)王冠勛章；

1891年（明治24年）6月1日-奧斯曼帝國(guó)美治慈惠第一等勛章；

1892年（明治25年）4月11日-俄羅斯帝國(guó)白鷲大綬章；

1892年（明治25年）7月26日-夏威夷王國(guó)卡拉卡瓦勛章；

1892年（明治25年）11月15日-意大利王國(guó)一級(jí)王冠勛章。

土方久元著有《明治天皇圣德錄》、《日本國(guó)民訓(xùn)》、《天皇及偉人を祀れる神社》、《明治之御門》、《歐美游草》、《秦山遺稿》、日記《回天實(shí)紀(jì)》等。