伏耀祖于民國37年（1948年）肄業(yè)于國立北京大學西方語言文學系。1952年至1956年在《甘肅日報》社工作，曾任理論組副組長。1956年至1970年在甘肅省委黨校任經(jīng)濟學教研室副主任。1972年至1980年任甘肅省體委辦公室副主任。1980年后任甘肅省社會科學院副院長、院長，甘肅省政法學院院長、研究員。兼任蘭州商學院教授，甘肅省人民政府研究中心特約研究員，甘肅省社會科學聯(lián)合會副主席，中國社會學會理事，甘肅社會學會名譽會長，甘肅經(jīng)濟學會顧問，甘肅人口學會、老年學會副會長等職 。他曾當選為政協(xié)甘肅省委員會第五屆委員和第六屆常委。

伏耀祖的研究成果多次受到國家和甘肅省的獎勵。他參與的《中國少年兒童素質(zhì)研究》于1986年獲國家級科學技術(shù)進步二等獎。他主編的國家重點研究項目成果《中國工業(yè)經(jīng)濟責任制概論》一書，于1987年獲第二屆北方15省、市、自治區(qū)社會科學優(yōu)秀圖書二等獎，1988年獲甘肅省首屆社會科學優(yōu)秀成果一等獎。1991年獲甘肅省委、省人民政府頒發(fā)的第二屆優(yōu)秀圖書獎，他的傳記被收入《當代中國專家學者傳略選》、《北大人》和《中國當代教壇名人傳略選》。后經(jīng)英國國際傳記研究中心評議決定，將伏耀祖的傳記收入1994年版《國際傳記辭典》和1994年版《國際知識分子名人錄》。1992年經(jīng)國務院批準享受政府特殊津貼。