明嘉靖十九年（1540）鄉(xiāng)試舉人。授任江西都昌知縣。為官公正廉明，有政績。因不肯奉承上官，改任浙江泰順知縣時，日本海盜常到我國福建、浙江沿海劫掠。區(qū)益剛上任，海賊5000突來侵襲。泰順位于山區(qū)，向無準(zhǔn)備，縣人驚惶萬狀，以為必遭動難。區(qū)益安撫人民，將城外居民遷入城里安置，堅壁清野，焚毀房舍，不讓賊人利用。同時帶領(lǐng)士兵修筑墻堡壘，加緊巡邏，嚴(yán)密防衛(wèi)。又募集壯丁數(shù)，襲擊賊營。斬賊300多人，海盜大敗逃遁。時，倭寇氣焰極其器張，泰順防守戰(zhàn)挫其鋒芒，使東甌一帶地方得以安寧，區(qū)益的功勞最大。戰(zhàn)后，幕府官員上報軍功，向他索賄千金才給報最高功，區(qū)益因沒有籌金交納，后只調(diào)升為廣西慶遠(yuǎn)府同知。

區(qū)益在慶遠(yuǎn)時，參加古田討賊，他督率的西路兵又立了戰(zhàn)功，此時，遇親喪，他按禮制離任歸家守喪。服滿，補(bǔ)授浙江溫州府同知。溫州人民歡欣相告：“區(qū)公正是先前領(lǐng)導(dǎo)泰順百姓打退倭寇的好官！”不久，他因與當(dāng)?shù)匾獑T政見不合，請求辭官歸里。

區(qū)益4次出任府、縣長官，為當(dāng)?shù)匕傩沾筠k了許多好事，清廉正直，但都因不肯迎合上官而離職。去世后，溫州、泰順兩地人民為了紀(jì)念他的德政，在名宦祠為他立祀。在家鄉(xiāng)則入祀鄉(xiāng)賢祠。區(qū)益生平喜讀《左傳》、兩漢文章和杜甫詩篇，撰述頗多，蓍有《阮溪草堂集》。其子區(qū)大樞、 區(qū)大相、 區(qū)大倫都成為理學(xué)和文詞的名家。