司馬申，字季和，河內郡溫人。司馬申早年有風采氣概，十四歲便善于下棋，曾經隨同父親去問候吏部尚書到溉，其時梁州刺史陰子春、領軍朱異同在那里。陰子春一向了解司馬申，便在坐處呼與他下棋，司馬申常有妙思，朱異觀而嘆奇，便引申游處。梁邵陵王為丹陽尹，以司馬申為主簿。

梁元帝承制，他被起用為開遠將軍，改任鎮(zhèn)西外兵記室參軍。到侯景犯亂郢州，司馬申隨都督王僧辯占據(jù)旦墮，每次進諫籌劃之策，都被采納運用。王僧辯嘆道：“此生若要策馬疆場，或許不是所長，但若派他安撫眾人守城，必定會有奇續(xù)�！蓖跎�搓征討陸鈞，司壓史在軍中，當時賊眾突然到來，左右皆潰逃，司馬申以身遮蔽王僧巒，持盾向前，恰好裴之橫救兵到，賊軍才退，王僧辯看著司馬申笑著說：“仁者必有勇，這豈是虛言!”封散騎侍郎。紹泰初年，改任儀同侯安都從事中郎。

陳高祖受憚，封為安東臨川王諮議參軍。天嘉三年，改為征北諮議參軍，兼廷尉監(jiān)。五年，任鎮(zhèn)東諮議參軍，兼起部郎。出為戎昭將軍、江乘令，很有治績。入為尚書金部郎。改任左民郎，以公事免。太建初年，起用為貞威將軍、征南鄱陽王諮議參軍。太建九年，任秣陵令，在職期間以清明能干見稱，有白雀巢于縣庭。任官期滿，不久，預東宮賓客，接著兼東宮通事舍人。改任員外散騎常侍，舍人照舊。

到叔陵作亂時，事情既已不成功，出而占據(jù)東府，司馬申馳馬速召右衛(wèi)蕭摩訶率兵先到，追而斬之，便入城中，沒收了叔陵的府庫，陳后主深加嘉獎。以功任命司馬申為太子左衛(wèi)率，封為文招縣伯，邑四百戶，兼中書通事舍人。不久改任右衛(wèi)將軍，加通直散騎常侍。因患病還府第，就加散騎常侍，右衛(wèi)、舍人照舊。

至德四年去世，陳后主悲悼良久。

陳后主下詔書道：“慎于終追之遠，欽命如遵舊則，蓋棺可定謚號，抑或此乃效法前典。已故散騎常侍、右衛(wèi)將軍、文招縣開國伯司馬申，忠誠肅穆于公事，以清明正直立己，整治處理繁雜簡約事務，投身殉義。我對他寄情甚深，才康顯功績，卻突然化身而去，令人傷心于懷�？少浰�侍中、護軍將軍，進爵為侯，增邑為五百戶，謐號為忠。給朝服一具，衣一襲，限日舉行哀事，喪事所需物品，隨需要資予。”到葬禮之日，后主親自撰寫墓志銘，辭意情感傷心悲切。末章道：“啊!天不給人善。滅我良臣�！弊阋娛軐櫺诺某潭取�

史臣曰：宗元饒夙夜匪懈，濟務益時。司馬申清恪在朝，攻苦立行，加之以忠節(jié)，美矣。毛喜深達事機，匡贊時主。蔡徵聰敏才贍，而擅權自躓，惜哉！

司馬申歷事三個皇帝，內掌機密，乃至于倉猝之間，軍國大事，指揮決斷，都沒有滯留的情況。

司馬申前救王僧辯，后救陳后主，他與蕭摩珂友好，鄱陽王的參軍，還是毛喜的妹夫，為政“清能”，是一個人才。

祖父：司馬慧遠，梁都水使者。

父親：司馬玄通，梁尚書左民郎。

兒子：司馬琇，繼承，官至太子舍人。

《陳書 卷二十九 列傳第二十三》

值太清之難，司馬申的父母都逝去，他因此發(fā)誓，終身食蔬。