光緒二十七年（1901）冬，時(shí)任河南候補(bǔ)縣丞的秦輝祖受河南總督的派遣，到北京留東文學(xué)社學(xué)習(xí)日文，從此眼界大開(kāi)。翌年夏天，京師大學(xué)堂總教習(xí)吳汝綸奉派赴日本考察教育。秦輝祖聞?dòng)嵑�，自費(fèi)偕往。在日本期間，秦輝祖隨吳汝綸考察了各種學(xué)堂、工廠，目睹了日本教育、工業(yè)的發(fā)達(dá)。他不愿空手回國(guó)，看到中國(guó)“紙煙尚無(wú)人創(chuàng)造，乃專心致志考究制煙”。幾經(jīng)周折，先在日本巖谷煙草株式會(huì)社學(xué)習(xí)，又入大阪村井兄弟商會(huì)學(xué)習(xí)，由于學(xué)習(xí)耗資過(guò)大，不得不中途歸國(guó)。光緒二十九年（1903），秦輝祖再赴日本，終于掌握了卷煙制造工藝。此次留學(xué)，恰巧遇到在日本考察農(nóng)務(wù)的直隸農(nóng)務(wù)局道員黃景，其正籌辦北洋煙草公司，見(jiàn)到秦輝祖則一拍即合。　當(dāng)年十月，北洋煙草公司在天津正式成立，秦輝祖被黃景委任為工廠總董，專管卷煙制造工藝技術(shù)。工場(chǎng)在他的管理下本來(lái)經(jīng)營(yíng)正常，但官方的多方干涉使他備受掣肘。光緒三十年（1904），盛宣懷在上海開(kāi)辦三星煙公司，聘請(qǐng)他擔(dān)任三星煙公司工場(chǎng)總董。三星煙公司維持了四年，也在與英美煙公司的競(jìng)爭(zhēng)中敗下陣來(lái)。這些經(jīng)歷使秦輝祖認(rèn)識(shí)到，中國(guó)人辦煙廠之所以艱難，究其原因，主要是中外煙稅不平等，遂寫(xiě)出《煙草芻議》一書(shū)。

據(jù)統(tǒng)計(jì)，光緒二十九年（1903），上海浦東卷煙廠生產(chǎn)6萬(wàn)大箱卷煙，每箱按70兩均價(jià)計(jì)算，約值銀420萬(wàn)兩，按價(jià)值百抽五計(jì)稅，應(yīng)繳納正稅21萬(wàn)兩，而實(shí)際上卻是按煙絲稅抽收，納稅銀僅20400兩。而且“洋貨素不完厘”的規(guī)定致使國(guó)家每年虧損約20萬(wàn)兩。針對(duì)中外煙稅的不平等，秦輝祖提出“關(guān)稅自主”的建議：“夫中國(guó)，華人之中國(guó)也。所完之稅，中國(guó)之庫(kù)帑也。中國(guó)政府欲保護(hù)其本國(guó)商人，或準(zhǔn)免稅，或令從輕，自系固有主權(quán)。乃稅務(wù)司以受雇之外人，出而干涉，從知我國(guó)關(guān)稅操縱在人，遇洋商則保護(hù)之，遇華商則摧殘之，與各國(guó)適成反比例。現(xiàn)又令各省商辦鐵路所用物料，皆須征稅矣。以此類推，關(guān)稅如果長(zhǎng)期授于外人，不設(shè)法收回自管，我國(guó)工商前途，尚何振興之望�！�

這是一個(gè)愛(ài)國(guó)者發(fā)自內(nèi)心的感嘆與呼喚，但是，在半殖民地、半封建的社會(huì)，秦輝祖的建議根本不會(huì)被喪權(quán)辱國(guó)的統(tǒng)治者所采納。