毛惇元(1529~?),字裕仁,號春臺,浙江余姚人。明世宗嘉靖三十八年己未科(1559)榜眼。
毛惇元于嘉靖三十一年(1552)奪得鄉(xiāng)試第三十七名,會試第三名,殿試第二名,授翰林院編修。終于翰林編修。毛惇元的資料極少,今天也只能見到他的《殿試策》一卷。其生平事跡待考。