1917年9月，恰巴耶夫加入布爾什維克黨，同年12月被第138步兵師的戰(zhàn)士們選成司令員。后來他又指揮了第二尼古拉夫師和第二十五來復(fù)槍師，在1919年國內(nèi)戰(zhàn)爭(zhēng)爆發(fā)后在伏龍芝的指揮下在東線和高爾察克的白軍作戰(zhàn)。

1919年9月5日，師部在利比時(shí)申斯克（后來此地改名“恰巴耶夫”以紀(jì)念）附近遭到白軍的埋伏。恰巴耶夫試圖泅渡烏拉爾河脫險(xiǎn)，但從此失蹤，再也沒有被發(fā)現(xiàn)。