于瑞海主要研究的方向是貝類繁育與遺傳育種，以及貝類苗種高產(chǎn)穩(wěn)產(chǎn)生產(chǎn)技術(shù)及養(yǎng)殖方面的研究工作。先后參加了九五國家高新研究發(fā)展計劃（ 863 計劃） -- 牡蠣三倍體育苗與養(yǎng)殖技術(shù)的研究，國家攀登 B 計劃 — 貝類性腺發(fā)育研究，國家自然科學(xué)基金：牡蠣三倍體快速生長機理的研究和櫛孔扇貝雌核發(fā)育二倍體誘導(dǎo)技術(shù)研究；參加了十五國家 863 重大項目 — 扇貝優(yōu)良品種的改良；國家 863 青年基金：牡蠣四倍體培育技術(shù)，以及省市項目 3 項；在國家核心期刊上共發(fā)表論文 60 多篇，編寫和參編著作 5 部。先后獲得省部級科技進步一等獎 2 項，三等獎 2 項，市級 3 項，發(fā)明專利 2 項。