太元年間，晉孝武帝下詔以司馬柔之襲封齊王，延續(xù)司馬攸和司馬冏的祭祀，司馬柔之歷任散騎常侍。元興元年二月丁巳（402年4月6日），會稽王司馬道子將要討伐桓玄，命令司馬柔之兼任侍中，帶著騶虞幡的旗幟宣布告慰江州和荊州。二月丁卯（402年4月16日），桓玄的前鋒部隊在姑孰擊敗了東晉的中央軍，司馬柔之和譙王司馬尚之被殺害，朝廷追贈他為光祿勛。司馬柔之的兒子司馬建之被立為齊王，劉裕接受禪讓建立劉宋后，封國被撤除。