五院承擔的神舟飛船研制任務，是我國載人航天工程中的核心任務。當時擔任五院院長的徐福祥是神舟飛船研制的第一責任人，他在神舟飛船整體研制中擔負組織、保證、監(jiān)督、把關的領導責任。他在組織神舟飛船的研制隊伍，確定整體研制程序，保證全部研制條件，培養(yǎng)和鍛煉一大批年輕的指揮和技術骨干人才，決策院內(nèi)重大問題等方面起著決定性的作用。在進行神舟飛船第一次桌面聯(lián)合試驗遇到重大困難時，他親自組織研制隊伍采用“并行工程”工作法，集中飛船各大系統(tǒng)的主要技術人員，聯(lián)合辦公，親自動員，發(fā)揮了專家的群體作用，用4天的時間解決了平時需要半年時間都很難解決的難題，從而確保了神舟一號飛船按期發(fā)射。當神舟三號飛船在發(fā)射現(xiàn)場出現(xiàn)插頭座技術故障后，他親赴插頭座制造廠，審查修改技術方案，以確保神舟三號的高質(zhì)量。當神舟四號在發(fā)射現(xiàn)場出現(xiàn)插頭插歪的故障后，他又要求總師、總指揮系統(tǒng)盡快組織研制隊伍，對飛船上所有插頭座進行分析和檢查。他為飛船的多次成功做出了重大貢獻。

江澤民接見空間研究院第九任院長徐福祥