辛亥革命后，臨時(shí)政府教育部委派毛邦偉任全國(guó)編籌委員會(huì)主任，主編中、小學(xué)教科書(shū)。1912年5月，任 北京高等師范學(xué)校(后改為北京師范大學(xué))教授；1919年7月至1920年9月?lián)��?北京女子高等師范學(xué)校校長(zhǎng)（1925年改名 北京女子師范大學(xué)）；1921年10月至1922年7月再次任代理校長(zhǎng)。

1927年6月18日， 張作霖在北京建立 大元帥府。把國(guó)立九院校合并于京師大學(xué)校，改女師大為京師大學(xué)校內(nèi)的師范學(xué)院第二部。毛邦偉任第二部學(xué)長(zhǎng)。

1928年，師范學(xué)院第二部改名北平女子師范大學(xué)，11月毛邦偉病逝于北京,享年五十五歲。

著有《教育大綱》，后編述為《中國(guó)教育史》(縮微品)等,1932年由“北平文化學(xué)社出版”,