后來他在新墨西哥州做農(nóng)場主。在南北戰(zhàn)爭中他幫助聯(lián)邦軍組織新墨西哥志愿軍。后來納瓦霍族乘內(nèi)戰(zhàn)導致的軍事削弱進攻，美國政府派他去鎮(zhèn)壓這次起義。他的任務是把納瓦霍族聚集起來遷移到薩姆納堡。但是印第安人拒絕遷移躲藏入謝伊峽谷后，卡森開始對印第安人進行經(jīng)濟戰(zhàn)，摧毀他們的作物、牲畜和村落。通過摧毀他們的食物來源他最后逼迫納瓦霍族認識到遷移到保護區(qū)是唯一的生路。1864年約八千名納瓦霍族向美軍投降，其他八千名依然躲藏在偏遠地區(qū)。此后卡森回到自己家里。南北戰(zhàn)爭結束后卡森遷徙到科羅拉多州并在那里逝世。