1966年進入手冢治蟲的蟲制作株式會社工作，并擔當動畫制片人和導演。1969年小林先生參加制作了手冢治蟲工作室的動畫電影《千夜一夜物語》(A THOUSAND AND ONE NIGHTS)，1978年他參加創(chuàng)設了手冢治蟲制作公司動畫部。

1984年他擔任手冢治蟲的實驗短片《跳》(JUMPING)的作畫，并在薩格勒布國際動畫電影節(jié)上榮獲最高獎項。

除了為動畫擔任導演外，小林準治還在2009年執(zhí)筆手冢治蟲的《動物徒然草》，并于2016年出版其執(zhí)筆的動漫教科書《動物的運動》。