鎮(zhèn)名源于境內(nèi)水師營(yíng)屯名。清初，齊齊哈爾駐有水師營(yíng)，此地借用水師為名。是時(shí)，水師營(yíng)一帶已有小阿勒街屯、大巴爾虎屯、小巴爾虎屯等，隸屬齊齊哈爾副都統(tǒng)管轄。清末，先后隸屬黑水廳和龍江府管轄。中華民國(guó)時(shí)期，隸屬龍江縣管轄。東北淪陷后期，水師營(yíng)一帶，分隸大民村和小阿拉街村。1945年“九三”抗日戰(zhàn)爭(zhēng)勝利后，1946年6月，劃歸龍東縣管轄。1948年3月撤銷龍東縣，復(fù)歸龍江縣，隸屬第十一區(qū)管轄。1951年7月，劃歸齊齊哈爾市，隸屬農(nóng)村區(qū)管轄，1954年10月改隸榆樹屯區(qū)。1956年5月，并村劃鄉(xiāng)，設(shè)置水師營(yíng)鄉(xiāng)。1958年12月，改稱和平人民公社水師管理區(qū)。1961年8月，并人大民農(nóng)業(yè)分社。1962年從大民農(nóng)業(yè)分社劃出設(shè)置水師營(yíng)農(nóng)業(yè)分社，1965年改為水師營(yíng)公社，隸屬郊區(qū)管轄。1973年劃歸昂昂溪區(qū)管轄。1984年1月，改為水師營(yíng)鄉(xiāng)。1990年9月，改設(shè)水師營(yíng)滿族鎮(zhèn)。

全鎮(zhèn)共轄水師營(yíng)、崔門、衙門、大巴虎、小巴虎、崔家店、平房、小阿拉街、哈欽崗子、小三家子等10個(gè)自然村，行政村為水師營(yíng)村、崔門村、衙門村、巴虎村（大巴虎、小巴虎）、平房村（平房、三家子又名農(nóng)科、哈欽崗子）、小阿拉街村（小阿拉街、崔家店）。常住人口10231人（2017年），滿族人口占總?cè)丝诘?1.5%，非農(nóng)業(yè)人口約5500人。鎮(zhèn)政府駐地水師營(yíng)村。

截止2016年全鎮(zhèn)共轄6個(gè)村（其中兩個(gè)少數(shù)民族村）水師營(yíng)村、衙門滿族村、崔門村、小阿拉街滿族村、平房村、巴虎村。

水師營(yíng)滿族鎮(zhèn)一帶地處嫩江平原西部，地勢(shì)平坦，葦草資源豐富，為齊齊哈爾市畜牧業(yè)生產(chǎn)基地之一。全鎮(zhèn)總面積199平方公里，現(xiàn)有耕地面積33859.53萬(wàn)畝，草原面積11．6萬(wàn)畝，葦塘8萬(wàn)畝，奶牛存欄9500頭，年產(chǎn)鮮奶24000噸，生豬存欄19500，年出欄生豬33000頭，肉牛存欄2000頭，年出欄肉牛3200頭，羊飼養(yǎng)量2500只，家禽飼養(yǎng)量65萬(wàn)羽，年出欄50萬(wàn)羽。全鎮(zhèn)養(yǎng)魚水面28000畝，其中精養(yǎng)塘面積16000畝，自然水面12000畝，淡水魚產(chǎn)量700萬(wàn)斤，鮮奶收購(gòu)站點(diǎn)20個(gè)，2010年全鎮(zhèn)社會(huì)生產(chǎn)總值50000萬(wàn)元，農(nóng)業(yè)生產(chǎn)總值21000萬(wàn)元，工業(yè)總產(chǎn)值23000萬(wàn)元，第三產(chǎn)業(yè)產(chǎn)值6000萬(wàn)元，農(nóng)民人均收入8105元（2011年初數(shù)據(jù)）。

1993年被國(guó)家林業(yè)部列為全國(guó)22個(gè)治沙試驗(yàn)示范基地之一。

1994年被國(guó)家計(jì)委列為百個(gè)農(nóng)村小城鎮(zhèn)建設(shè)試點(diǎn)單位。

2000年被國(guó)家體改委列為國(guó)家級(jí)小城鎮(zhèn)綜合改革試點(diǎn)鎮(zhèn)。

2005年被評(píng)為省級(jí)文明鎮(zhèn)。