1958年首次報道在長江下游發(fā)現(xiàn)白鱀豚，1977年查明其分布范圍，糾正了國際流傳數(shù)十年的白鱀豚分布在洞庭湖及相鄰長江段的認識。被海洋哺乳動物學(xué)會主席Perrin在第7屆海獸生物學(xué)雙年會的致詞中贊為"白鱀豚的重新發(fā)現(xiàn)者"；美國Miller曾將白鱀豚歸于Iniidae。但我們發(fā)現(xiàn)它是另一類古老齒鯨的現(xiàn)生代表，通過其骨骼和胃的研究，建立了白鱀豚科Lipotidae。這是20世紀在現(xiàn)生鯨類中唯一的新建科級階元。白鱀豚科的建立獲得了20世紀末和本世紀初各國學(xué)者的分子系統(tǒng)學(xué)研究的有力支持。我們也于2005年根據(jù)線粒體全基因組的研究在Molecular Phylogenetics and Evolution報道了支持白鱀豚科的新證據(jù)。根據(jù)形態(tài)學(xué)性狀首先指出中國海域的瓶鼻海豚包括2個種，江豚包括3個亞種。在亞洲首次發(fā)現(xiàn)淡水豚化石Prolipotes yujiangensis Zhou et al（新屬新種），是我國唯一已知的中新世鯨類化石，證明白鱀豚類在約2000萬年前曾生活在中國南方的江河中。
1979年開始進行白鱀豚的分布、集群、潛水、遷移等生態(tài)和生物學(xué)的研究。在1982年第三屆國際獸類學(xué)大會提出”白鱀豚的現(xiàn)存數(shù)少于400頭，瀕臨滅絕”的觀點，分析了導(dǎo)致白鱀豚死亡的原因，并首次提出遷地養(yǎng)護的保護設(shè)想。據(jù)此而建立的銅陵白鱀豚養(yǎng)護場現(xiàn)已成為長江下游豚類保護的主要基地。20世紀90年代用照相識別技術(shù)研究白鱀豚的遷移和種群數(shù)量，成功地識別了白鱀豚個體，首次獲得它長距離遷移達200 km的證據(jù)，并基于照相識別數(shù)據(jù)估算種群數(shù)量已下降到100頭左右。21世紀初，在香港海洋公園保護基金的支持下，初步建立了中國沿岸的海獸類擱淺網(wǎng)絡(luò)。2005年在雷州灣發(fā)現(xiàn)了1個中華白海豚種群并進行了種群數(shù)量的初步考察。根據(jù)我們的調(diào)查結(jié)果，湛江市已經(jīng)于2006年在雷州灣建立了中華白海豚自然保護區(qū)。
報道了白鱀豚的皮膚、骨骼、肌肉、消化、排泄、神經(jīng)及感官等器官系統(tǒng)的結(jié)構(gòu)，保留了此極危物種的極珍貴的科學(xué)資料，并對其他海豚進行了功能形態(tài)學(xué)研究：1）發(fā)現(xiàn)白鱀豚胃的結(jié)構(gòu)在鯨類中獨一無二；2）對3種齒鯨蝸神經(jīng)纖維數(shù)量和大小的研究，報道了脊椎動物中已知直徑最大的神經(jīng)纖維；3）通過視神經(jīng)纖維數(shù)量和大小的研究，首次指出脊椎動物的腦神經(jīng)中僅海獸有大于15μm的纖維，白鱀豚視神經(jīng)纖維數(shù)僅相當(dāng)于海豚科的1/7；4）鑒定了15頭白鱀豚的年齡，得到了兩性的生長曲線，用協(xié)方差分析和判別分析研究了白鱀豚的性二型；5）首次報道了白鱀豚等的脊髓灰質(zhì)細胞分層模式，在白鱀豚脊髓的腔隙中發(fā)現(xiàn)了觸液神經(jīng)元；6）首次報道鯨類鼻道肌的構(gòu)筑；7）首次把腎結(jié)構(gòu)指數(shù)測定應(yīng)用到鯨類腎臟研究。
在兩棲爬行動物研究中，鑒定中國海域的麗龜，證實我國有5種海龜。描記了壁虎屬新種和云南半葉趾虎新亞種，指出我國和日本的多疣壁虎實際包括2個不同的種——鉛山壁虎和多疣壁虎。近年測定了壁虎類30個屬長378 bp的核c-mos 基因片段的序列，根據(jù)系統(tǒng)發(fā)生分析的結(jié)果，提出了壁虎類高級階元新分類系統(tǒng)的建議，把Kluge (1987)的鱗腳虎科改訂為三個科，即鱗腳虎科（限四肢退化的種類）、絮趾虎科和刺尾虎科。測定了大壁虎（Gekkogecko）線粒體基因組全序列，全長16435 bp。這是壁虎類蜥蜴中首例測定的線粒體基因組全序列。再從GenBank下載20種爬行動物的線粒體基因組全序列，共21個序列用于系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系分析。得到了蜥蜴亞目和其中的五大類群(壁虎類，蚓蜥類，石龍子類，鬣蜥類和蛇蜥類)都為單系；蛇亞目和蜥蜴亞目為姐妹群等結(jié)果。提出了蚓蜥類是壁虎類的姐妹群、蜥蜴亞目為單系、硬舌類為并系等新的蜥蜴亞目系統(tǒng)發(fā)生。

周開亞 - 主要作品

發(fā)表論文327篇，其中發(fā)表在Journal of Molecular Evolution, Molecular Phylogenetics and Evolution, Biological Journal of the Linnean Society, Marine Mammal Science等國際刊物的56篇，出版了《中國動物志哺乳綱第九卷·鯨目、食肉目、海牛目》、《中國的海獸》、《江蘇省志·生物志·動物篇》等專著、論文集14本，獲國家發(fā)明專利3項。創(chuàng)建了南京師范大學(xué)遺傳資源研究所。培養(yǎng)了博士26名和碩士22名。           
論文（著）發(fā)表情況：
Zhou KY*, et al. 2006. The complete mitochondrial genome of Gekko gecko (Reptilia: Gekkonidae) and support for the monophyly of Sauria including Amphisbaenia. Mol. Phylogenet. Evol. 40(3): 887-892. *通訊作者
Yan J, Zhou KY*, Yang G. 2005. Molecular phylogenetics of ’river dolphins’ and the baiji mitochondrial genome. Mol Phylogenet Evol, 37(3): 743-750.*通訊作者
Sun HY, Zhou KY*, Song DX. 2005. Mitochondrial genome of the Chinese mitten crab Eriocheir japonica sinenesis (Brachyura: Thoracotremata: Grapsoidea) reveals a novel gene order and two target regions of gene rearrangements. Gene, 349:207-217. *通訊作者
Qiu Y, Song DX, Zhou KY*, Sun HY. 2005. The mitochondrial sequences of Haptathela hangzhouensis and Ornithoctonus huwena reveal unique gene arrangements and atypical tRNAs. J Mol Evol, 60(1): 57-71. *通訊作者
Jiang JP, Zhou KY*. 2005. Phylogenetic relationships among Chinese Ranids: Inferred from sequence data set of 12S and 16S rDNA. Herpetological Journal, 15(1): 1-8.*通訊作者
Han DM, Zhou KY*, Bauer AM. 2004. Phylogenetic relationships among gekkotan lizards inferred from C-mos nuclear DNA sequences and a new classification of the Gekkota. Biol J Linn Soc, 83(3):353-368. *通訊作者
Norris RW, Zhou KY**, et al. 2004. The phylogenetic position of the zokors (Myospalacinae) and comments on the families of muroids (Rodentia). Mol Phylogenet Evol, 31(3): 972-978. **并列第一作者
Pan HC, Zhou KY*, et al. 2004. Phylogenetic placement of the genus Nephila inferred from rRNA and MaSp1 gene sequences. Zool Sci, 21(3): 343-351. *通訊作者
Zhou CQ, Zhou KY*, Zhang SL. 2004. Molecular authentication of the animal crude drug Sailonggu (bone of Myospalax baileyi). Biol. Pharm. Bull, 27(11): 1850-1858. *通訊作者
Tang BP, Zhou KY*, et al. 2003. Molecular systematics of the Asian mitten crabs, genus Eriocheir (Crustacea: Brachyura). Mol Phylogenet Evol, 29(2):309~316. *通訊作者
Zhou KY, et al. 1998. Baiji (Lipotes vexillifer) in the lower Yangtze River: movements, numbers, threats and conservation needs. Aquatic Mammals, 24(2): 123-132.
Zhou KY, et al. 1995. Records of small cetaceans in Chinese waters: A review. Asian Marine Biology, 12(199):119-139
周開亞. 2004. 中國動物志哺乳綱第九卷·鯨目、食肉目海豹總科、海牛目. 北京：科學(xué)出版社. 1-326..
周開亞，解斐生，黎德偉，王丕烈，王丁，周蓮香. 2001. 中國的海獸. 羅馬：聯(lián)合國糧食及農(nóng)業(yè)組織. 1-200.
周開亞主編. 2002. 兩棲爬行動物學(xué)研究，第9輯. 西寧：青海人民出版社. 1-235.[1]