嘉靖四十三年（1564年），舒爾哈齊出生于遼東。父親塔克世為指揮使。母親為建州右衛(wèi)都指揮使王杲的長女額穆齊。舒爾哈齊5歲時，生母不幸去世，家事開始由繼母納喇氏主持。繼母為人刻薄，對舒爾哈齊兄弟冷若冰霜。剛剛五六歲的舒爾哈齊便跟隨哥哥努爾哈赤到深山野林中，采集松子、木耳、蘑菇，獵取野禽，然后再將這些山貨送往撫順的馬市出售，貼補(bǔ)家用。然而，他們的奔波和勞作并沒有換得繼母的絲毫憐憫。無奈，10歲時，舒爾哈齊便跟隨哥哥離開家，寄居在外祖父王杲門下。

萬歷二年（1574年），明朝遼東總兵李成梁率軍破王杲的古勒寨時，努爾哈赤和舒爾哈齊雙雙被俘，被充作幼丁，隨軍征戰(zhàn)。每次作戰(zhàn)，明軍都讓女真俘虜打頭陣，往對方的刀陣?yán)餂_。幾仗下來，大部分的女真俘虜都戰(zhàn)死，只有努爾哈赤兄弟僥幸活了下來，并且練就一身健壯的體魄和精湛的武藝。

萬歷十一年（1583年），舒爾哈齊的祖父和父親死在了明朝的亂軍之中。舒爾哈齊與兄長努爾哈赤兩人悲痛欲絕，一起離開了明軍，回到了家中。

經(jīng)過一番深思之后，兩人決定為死去的親人報仇，依靠著祖父遺留下來的十三副鎧甲起兵，拉起了一支百余人的隊伍，開始了創(chuàng)建后金的偉大事業(yè)。在創(chuàng)業(yè)歲月中，舒爾哈齊成為了兄長努爾哈赤的得力助手和主要戰(zhàn)將。

萬歷二十三年（1595年）八月，舒爾哈齊首次帶領(lǐng)建州女真朝貢使團(tuán)前往北京進(jìn)貢，這次的經(jīng)歷使他眼界大開。他對自己屈居在兄長的屬下的地位感到不滿，他希望有朝一日當(dāng)上建州女真的最高統(tǒng)治者。與此同時他對先進(jìn)的農(nóng)耕文明和文化產(chǎn)生了濃厚的興趣。

萬歷二十五年（1597年）七月，舒爾哈齊第二次進(jìn)北京朝貢，這次的經(jīng)歷更助長了他的野心。他到達(dá)北京后受到了明朝廷熱烈隆重的接待，并被賞賜給了豐厚的金銀綢緞等禮物。同時，明廷還授予了他都指揮的高級武職。明朝以此做為一種戰(zhàn)略對策，盡力拉攏和收買努爾哈赤的對手及反對者，在兩者間進(jìn)行挑撥，以激化彼此的矛盾。為此舒爾哈齊也確實感激明朝的恩寵，他感恩于明朝，在政治態(tài)度上越來越傾向于明朝。舒爾哈齊除了積極的與明朝發(fā)展密切關(guān)系之外，他還通過政治聯(lián)姻的形式加強(qiáng)與其他各個女真部落的聯(lián)系，借以擴(kuò)大他的個人實力和影響。萬歷二十四年（1596年）他娶了烏拉部落的貝勒布占泰的妹妹為妻，第二年他又將自己的女兒額實泰嫁給了布占泰。舒爾哈齊同樣也與朝鮮保持著相當(dāng)密切的關(guān)系，朝鮮使者到建州，對于努爾哈赤和舒爾哈齊見面行相同的禮儀，并向兩人饋贈同樣的禮物。他們二人也分別屠宰豬羊，各自在帳中款待朝鮮使者，并回贈禮物。朝鮮國王也樂意在兩位建州首領(lǐng)之間周旋，對他們實行雙重承認(rèn)的原則，這與明朝的手法如出一轍。

隨著女真各部的統(tǒng)一，努爾哈赤擁有了足夠的力量與明朝對抗，他對明朝的敵視態(tài)度也日益明顯，他的下屬也時常和明軍發(fā)生武裝沖突。明朝對遼東的局勢感到不安。萬歷二十九年（1601年）明廷又起用了被罷免的前遼東總兵李成梁，希望他能扭轉(zhuǎn)當(dāng)時那惡劣的局勢。李成梁上任伊始，就采用了原來對女真各部的分化瓦解政策。他利用了舒爾哈齊和他兄長的矛盾，大力拉攏他，對他恩禮有加，格外器重。李成梁讓兒子李如柏娶了舒爾哈齊的女兒為妾，使雙方關(guān)系更為緊密。萬歷三十三年（1605年），舒爾哈齊的妻子病故，李成梁父子準(zhǔn)備了豐厚的祭禮前去治喪，備極隆重。面對明朝的恩寵，舒爾哈齊更加感激，他決心依靠明朝為后臺，樹立自己的女真最高領(lǐng)袖的地位。

舒爾哈齊明目張膽地樹立個人的權(quán)威，逐漸構(gòu)成了對努爾哈赤地位的挑戰(zhàn)，兩人的關(guān)系也日益緊張，在諸貝勒共同參加的會議上，兩人常因意見相左而激烈爭吵，努爾哈赤開始意圖除去他這個潛在的對手。

萬歷三十五年（1607年）三月，居住在蜚悠城的一小支女真部落，由于不堪忍受臨近的烏拉部的奴役，想來依附努爾哈赤。努爾哈赤派出了舒爾哈齊和自己的兒子褚英、代善，將領(lǐng)費英東、揚古利、常書、扈爾漢領(lǐng)兵三千，前往蜚悠城收編該部。當(dāng)舒爾哈齊等人行至半途的時候，他就滿腹狐疑的對同行的將領(lǐng)說看到帥旗上有一層淡淡的幽光，想要退兵。不過在褚英、代善的反對下，只能作罷。到達(dá)蜚悠城后，該部落酋長策穆特黑帶領(lǐng)的五百戶人丁早以做好了出發(fā)的準(zhǔn)備，于是很快這支隊伍就踏上了返回的道路。

烏拉貝勒布占泰得知消息后，立即帶領(lǐng)一萬騎兵趕來攔擊，雙方軍隊擺出了交戰(zhàn)的陣勢。但這時，舒爾哈齊卻帶著自己屬下的五百人退到了一邊，他不想破壞與姻親的友好關(guān)系。只有褚英、代善率軍英勇奮戰(zhàn)，舒爾哈齊只在一邊觀看，他的部下常書、納齊布也沒有加入戰(zhàn)斗。正是由于舒爾哈齊的消極退避，最后褚英、代善雖然打敗烏拉騎兵，但是沒能給以致命打擊。

舒爾哈齊班師回朝之后，努爾哈赤準(zhǔn)備將他的下屬常書、納齊布以臨陣脫逃的罪名處死，以剪除他的左膀右臂同時也是殺雞儆猴。但是舒爾哈齊的反應(yīng)十分強(qiáng)烈，說殺他們就是等于殺我，誓不低頭，大有決以死戰(zhàn)的陣勢。最后努爾哈赤為了避免公開的沖突，便做出了讓步。他只罰了常書一百兩黃金，奪了納齊布下屬的人馬，并且從此以后剝奪了舒爾哈齊指揮軍隊的權(quán)利，將他排擠出了最高軍事領(lǐng)導(dǎo)層。

萬歷三十五年（1607年），舒爾哈齊的地位一落千丈，變成了一個有名無實的人物，他痛感自己與努爾哈赤勢難并存。于是，他與長子阿爾通阿，三子扎薩克圖商議，圖謀另立門戶，與兄長分庭抗禮。

于是舒爾哈齊帶著幾個兒子和少數(shù)部下來到了鐵嶺東南的黑扯木，在那里伐木建造房屋，開辟新的根據(jù)地。而黑扯木臨近明朝的軍事重鎮(zhèn)鐵嶺，可以直接依靠明朝的軍事保護(hù)，在他的東面又與烏拉部落接鄰，能隨時得到盟友的援助。

舒爾哈齊開始與努爾哈赤越來越疏遠(yuǎn)，轉(zhuǎn)而靠近明朝了。李成梁看到這一分化女真的大好機(jī)會，于是火上澆油，故意挑起矛盾沖突。他上奏朝廷冊封舒爾哈齊為建州右衛(wèi)首領(lǐng)，這是明朝在遼東地區(qū)設(shè)立的最高地方軍事長官。

努爾哈赤首先是責(zé)令舒爾哈齊放棄自立為王的念頭，在勸說無效的情況下，他斷然采取了強(qiáng)硬措施，于萬歷三十七年（1609年）三月，舒爾哈齊的兩個兒子阿爾通阿、扎薩克圖被努爾哈赤誅殺，部將武爾坤也被處死。努爾哈赤余怒未消，仍打算將他的次子阿敏處死，只是在皇太極等人的極力求情下，阿敏才逃過一劫，免于一死，不過他的一半家產(chǎn)被沒收。

面對兄長咄咄逼人的姿態(tài)，舒爾哈齊失去了繼續(xù)抗?fàn)幍挠職�。他知道自己的實力遠(yuǎn)遠(yuǎn)不如兄長，而且他所指望的靠山，駐扎在遼東的明軍，也處在岌岌可危的境地，根本不是努爾哈赤的對手。在萬念俱灰的絕望處境下，舒爾哈齊回到了兄長的帳下。但是這次的努爾哈赤對他不再講兄弟情誼了，舒爾哈齊被囚禁在一間暗室之中，用鐵鎖鎖住，僅有兩個孔穴給他送食物。

萬歷三十九年（1611年）八月十九日，舒爾哈齊在囚禁中死去，時年四十八歲。有一說他是被兄長努爾哈赤秘密殺害的。舒爾哈齊死后，初葬于永陵（今遼寧新賓），天命九年（1624年）遷葬于遼陽東京陵。他的后代并沒有因他的反叛行為而獲罪，六子濟(jì)爾哈朗成為了以后的輔政王，掌管清廷政權(quán)一時。順治十年（1653年），清廷追封他為和碩莊親王。

舒爾哈齊是清朝創(chuàng)立的第二號功臣，他原來的地位就是僅下努爾哈赤一等，各部酋長拜見的時候，兩兄弟是同時受賀的，分南北落座。明朝的邊將稱努爾哈赤是二都督。舒爾哈齊同樣是在起兵之初就很能打仗的人物，他屢立戰(zhàn)功，是努爾哈赤的不可缺少的臂膀。而且，舒爾哈齊也是以努爾哈赤的繼承人自居的。

自從萬歷十一年（1583年）五月，努爾哈赤起兵以后，舒爾哈齊幫助努爾哈赤不但滅掉殺父仇人、圖倫城主尼堪外蘭的勢力，還征服了渾河部、董鄂部、蘇克素滸部、哲陳部、完顏部、朱舍里部、訥殷部，統(tǒng)一了建州女真。萬歷十五年（1587年），努爾哈赤稱王，舒爾哈齊稱船將，是滿洲的第二號人物，手下精兵5000多人，將領(lǐng)40多人，勢力相當(dāng)龐大。

《清史稿》：莊親王佐太祖建業(yè)，將出師，登垅而謀，策定馳而下，黃道周亟稱其驍勇。