永祿8年(1565年)， 三好三人眾與 松永久秀殺害將軍足利義輝，其弟 足利義昭逃亡藏身在六角家中。于是 三好三人眾用管領的職位引誘義治，義治答應所以義昭遭到流放。也因此流落到織田家的足利義昭成為了 織田信長對六角家發(fā)動攻略、 上洛的最好借口。

此后，在與 淺井氏的戰(zhàn)爭進一步失利的情況下，為了解決六角家對領國控制的危機，六角義治于永祿十年（1567年）制訂頒布了非常有名的戰(zhàn)國 大名分國法《六角氏式目》。式目是承禎、義治父子與二十名有力的家臣起誓同遵條例的起請文。與同時代其它國領完全不同的，《六角氏式目》實質上是六角家當主與家臣相互制約權力的約定，家臣團的權益有了有力的保障。雖然義治想以此方式挽回人心，但沒有發(fā)揮太大的作用。

永祿十一年（1568年）9月，擁立 足利義昭 上洛進京的 織田信長親統(tǒng)大軍進攻 觀音寺城，六角父子以觀音寺為中心召集各地支城的軍力以籠城戰(zhàn)來抗擊信長。六角氏的宿敵淺井長政也領兵前來會合信長，因為前此的分化瓦解工作做得好，六角麾下以 蒲生氏為首的家臣們紛紛倒戈來投，一天之內(nèi)兩座城池失守，織田、淺井聯(lián)軍一路勢如破竹，如入無人之境， 六角義賢、義治父子無奈，只得棄城逃往 伊賀國甲賀，這樣近江六角氏事實上宣告滅亡了，雖然義賢、義治父子之后也曾率領殘余的部眾進行了一些抵抗，比如有名的杉谷善住坊暗殺信長未遂事件等，但是到了信長建造起 安土城，確立了霸權后，六角義治就只能前往投靠 武田信玄，天正十年（1582年） 武田家滅亡又開始逃亡，最后義治投靠 豐臣秀吉與 豐臣秀次，并且出任 豐臣秀賴的弓道師傅而結束一生。