1949年8月19日，王平水和十四兵團(tuán)司令部參謀處處長何廷一，經(jīng)千里跋涉，將十四兵團(tuán)機關(guān)及直屬隊共2155人帶回北平。11月11日，空軍司令部成立，王平水任空軍政治部組織部部長。

在劉亞樓司令員，蕭華政委的領(lǐng)導(dǎo)下，王平水參與了空軍干部的遴選、調(diào)配工作，為人民空軍的組建作出了貢獻(xiàn)。

為了早日建成強大的空軍，中央軍委批準(zhǔn)創(chuàng)建6所航空學(xué)校。1949年12月1日，6所航空學(xué)校如期開學(xué)。

1950年11月，富有政工經(jīng)驗的王平水被任命為空軍第一航空學(xué)校政委。王平水為培養(yǎng)新中國空軍空、地勤人才嘔心瀝血地操勞，培養(yǎng)出了一批又一批空軍英雄。在朝鮮戰(zhàn)場上，在臺海空戰(zhàn)中，為保衛(wèi)祖國領(lǐng)空的較量中，取得輝煌戰(zhàn)績，為空軍的歷史添上濃墨重彩之筆。其中的佼佼者，成長為黨政軍高級干部，如國家教委原主任、九屆全國人大常委朱開軒，就是1951年考入第一航空學(xué)校的。

1953年3月，王平水擔(dān)任空軍干部部副部長，后擔(dān)任空軍政治部副主任兼干部部部長。他嚴(yán)格執(zhí)行干部制度，做了大量的工作，為空軍的建設(shè)再立新功。

1967年2月，王平水慘遭林彪反革命集團(tuán)的迫害，被監(jiān)禁起來，后來又被“勞動改造”。1971年9月，林彪反革命集團(tuán)垮臺。其后不久，王平水被徹底平反，返回空軍機關(guān)。

1973年，王平水奉命到空軍學(xué)院主持清查和復(fù)查工作。期間，他正確執(zhí)行黨的政策，并積極落實、解決各項問題，空軍學(xué)院解放了一批受林彪反革命集團(tuán)迫害的老同志。

1974年4月起，王平水先后擔(dān)任濟(jì)南軍區(qū)空軍第二政委、蘭州軍區(qū)空軍政委。1979年4月，王平水被調(diào)回北京，任解放軍軍事學(xué)院副政委，為培養(yǎng)新型的軍事人才而竭盡忠誠。