嘉靖四十三年（一五六四年），他謁云谷（法會(huì)）於攝山棲霞寺，獲讀「中峰廣錄」，大為感動(dòng)，因決意學(xué)禪。同年冬又從無(wú)極（明信）聽(tīng)講「華嚴(yán)玄談」并受具足戒；因仰慕清涼，自號(hào)為「澄印」。過(guò)了幾年，報(bào)恩寺設(shè)立義學(xué)，教育僧徒，他被延為教師，其後又應(yīng)聘至鎮(zhèn)江金山寺教館二年。

　　隆慶五年（一五七一年），他北游參學(xué)，先至北京聽(tīng)講「法華」和唯識(shí)，并參偏融（真圓）、笑巖（德寶）二巨匠，請(qǐng)示禪要。繼往游五臺(tái)山，見(jiàn)北臺(tái)憨山風(fēng)景奇秀，即有取為自號(hào)之意。不久又回北京西山，獲識(shí)當(dāng)時(shí)名士王鳳洲、汪次公、歐楨伯等，以詩(shī)文相唱酬。

　　萬(wàn)歷二年（一五七四年）他又離京行腳，游嵩山、洛陽(yáng)，至山西蒲州會(huì)見(jiàn)妙峰，和他同上五臺(tái)山，居北臺(tái)之龍門(mén)，專(zhuān)事參禪。萬(wàn)歷四年（一五七六年）（衣+朱）宏法師游五臺(tái)山，特訪他敍談五日而別。萬(wàn)歷九年（一五八一年）神宗慈圣太后派人至五臺(tái)山設(shè)「祈儲(chǔ)道場(chǎng)」并修造舍利塔，他和妙峰共建無(wú)遮會(huì)為道場(chǎng)回向。越年在山講「華嚴(yán)玄談」，聽(tīng)眾近萬(wàn)人。

　　萬(wàn)歷十一年（一五八三年），他赴東海牢山（山東勞山）那羅延窟結(jié)廬安居，開(kāi)始用憨山為別號(hào)�；侍�后遣使送三千金為他建庵居住，時(shí)山東遭災(zāi)荒，他即建議將此費(fèi)全數(shù)施與孤苦。萬(wàn)歷十四年（一五八八年）神宗印刷大藏經(jīng)十五部分送全國(guó)名山，慈圣太后特送一部與東海牢山，因無(wú)處安置，又施財(cái)修寺，稱(chēng)海印寺。這一年真可（達(dá)觀）與弟子道開(kāi)為刻藏事特來(lái)訪他，住了兩旬而去。萬(wàn)歷二十年（一五九二年），他訪達(dá)觀於房山上方山，同游石經(jīng)山，巡禮隋靜琬所刻石經(jīng)。時(shí)靜琬塔院為僧所賣(mài)，達(dá)觀出資贖回，德清為撰「復(fù)涿州石經(jīng)山琬公塔院記」（現(xiàn)存）。

　　萬(wàn)歷二十三年（一五九五年），神宗不滿(mǎn)意皇太后為佛事耗費(fèi)鉅資，恰恰太后又派了個(gè)當(dāng)時(shí)大臣所忌的使者送經(jīng)到牢山，這樣就遷罪於德清。他剛從北京回來(lái)，就被捕下獄，結(jié)果以私創(chuàng)寺院罪名充軍去廣東雷州。他於十月間攜侍者福善南行，至韶關(guān)，入曹溪南華寺禮六祖肉身，越三年三月到達(dá)雷州。時(shí)雷州旱荒，饑民死亡載道，他發(fā)動(dòng)群眾掩埋并建濟(jì)度道場(chǎng)。八月間，鎮(zhèn)府令他還廣州，當(dāng)?shù)毓倜裱瞿剿�的學(xué)德，經(jīng)常有人去訪問(wèn)他。他即以罪犯服裝登座為眾說(shuō)法，創(chuàng)開(kāi)嶺南的佛教風(fēng)氣。

　　萬(wàn)歷二十八年（一六○○年）秋，南韶長(zhǎng)官祝公請(qǐng)他入曹溪，時(shí)南華寺衰落已久，他到寺後，開(kāi)辟祖庭，選僧受戒，設(shè)立僧學(xué)，訂立清規(guī)，一年之間，百?gòu)U俱興。萬(wàn)歷三十一年（一六○三年），達(dá)觀在京師因「妖書(shū)」事，被捕下獄，又累及德清，仍被遣還雷州。這中間他曾渡海游海南島，訪蘇東坡故居，作「瓊海探奇記」。

　　萬(wàn)歷三十四年（一六○六年）八月，明廷大赦，德清於是再回曹溪。他為復(fù)修南華寺大殿，自往端州采運(yùn)大木。有僧挾嫌誣他私用凈財(cái)，訟於按察院，他船居芙蓉江上二年待訊，大病幾死。後來(lái)雖真相大白，他卻堅(jiān)決辭去曹溪的住持，至廣州長(zhǎng)春庵，為眾講經(jīng)。

　　萬(wàn)歷四十一年（一六一三年），他從廣州至衡陽(yáng)，居靈湖萬(wàn)圣寺。緇素又在寺傍為他建成曇華精舍。他在衡陽(yáng)寫(xiě)成了「楞嚴(yán)通議」、「法華通議」、「起信論略疏」，并自開(kāi)講。

　　萬(wàn)歷四十四年（一六一六年）四月，他離湖南，至九江，登廬山。九江四眾弟子為建靜室於五乳峰下，他很愛(ài)其環(huán)境幽寂，有終老其地之意。後到徑山，即為達(dá)觀舉行荼毗佛事并撰塔銘。

　　萬(wàn)歷四十五年（一六一七年）正月，他又去杭州云棲寺為（衣+朱）宏法師作「蓮池大師塔銘」。時(shí)各地僧徒領(lǐng)袖在西湖集會(huì)歡迎他，盛況一時(shí)。歸途經(jīng)蘇州，華嚴(yán)學(xué)者巢松、一雨請(qǐng)入華山游覽。又被弟子洞聞、漢月及居士錢(qián)謙益迎至常熟虞山，說(shuō)法於三峰清涼寺。同年五月回廬山。

　　這時(shí)九江眾弟子為他在五乳峰下擴(kuò)建道場(chǎng)，他即命名為法云寺，於此為眾開(kāi)講「法華」、「楞嚴(yán)」、「金剛」、「起信」、「唯識(shí)」諸經(jīng)論，并效遠(yuǎn)公六時(shí)禮年，專(zhuān)心凈業(yè)。又為繼續(xù)華嚴(yán)一宗的遺緒，據(jù)「清涼疏鈔」撰成「華嚴(yán)經(jīng)綱要」八十卷。

　　天啟二年（一六二二年）十二月他受請(qǐng)回到曹溪，為眾說(shuō)戒講經(jīng)，次年（一六二三年）十月十一日?qǐng)A寂於南華寺，壽七十八歲。崇禎十三年（一六四○年），弟子等將其遺骸漆布升

　　座，安放塔院，即今曹溪南華寺內(nèi)供奉的憨山肉身像（劉起相「本師憨山大和尚靈龕還曹溪供奉始末」）。

　　曹溪原是中國(guó)禪宗的祖庭，但到了明末久已荒廢，經(jīng)德清銳意經(jīng)營(yíng)，始恢復(fù)舊觀，因此，他被稱(chēng)為曹溪中興祖師。

　　德清一生弘法，所度弟子很多。經(jīng)常隨侍他的，出家弟子有福善、通炯等。顓愚（觀衡）入曹溪請(qǐng)益後，退居南岳，為一方宗師，也是他的弟子（觀衡「華嚴(yán)經(jīng)綱要序」）。當(dāng)時(shí)士大夫如汪德玉、吳應(yīng)賓、錢(qián)謙益、董其昌、屠赤水等，也都對(duì)他非常敬仰。

　　德清早年詩(shī)文和書(shū)法都很知名。他說(shuō)古人都以禪比詩(shī)，不知詩(shī)乃真禪。他認(rèn)為陶淵明、李太白的詩(shī)境玄妙，在不知禪而有禪味，若王維的詩(shī)多雜佛語(yǔ)，後人雖夸他善禪，不過(guò)是文字禪而已（「夢(mèng)游集」卷三十九「雜說(shuō)」）。他在「夢(mèng)游集」的「雜說(shuō)」中敘自己的書(shū)法說(shuō)∶「余生平愛(ài)書(shū)晉唐諸帖，或雅事之。宋之四家（即蘇、黃、米、蔡）猶未經(jīng)思。及被放海外，每想東坡居儋耳時(shí)桄榔庵中風(fēng)味，不覺(jué)書(shū)法近之�！沟虑逡簧�很有文名，他往來(lái)南北，多為人撰寫(xiě)碑記塔銘，所作序跋題贊亦不少。

　　他博通內(nèi)外學(xué)，他的著作有∶「觀楞伽經(jīng)紀(jì)」八卷、「楞伽補(bǔ)遺」一卷、「華嚴(yán)經(jīng)網(wǎng)要」八十卷、「法華擊節(jié)」一卷、「金剛經(jīng)決疑」一卷、「圓覺(jué)經(jīng)直解」二卷、「般若心經(jīng)直說(shuō)」一卷、「大乘起信論疏略」四卷、「大乘起信論直解」二卷、「性相通說(shuō)」二卷（卷上為「百法明門(mén)論論義」，卷下為「八識(shí)規(guī)矩頌通說(shuō)」）、「肇論略注」六卷、「道德經(jīng)解」（一名「老子解」）二卷、「觀老莊影響說(shuō)」一卷、「莊子內(nèi)篇注」四卷、「大學(xué)、中庸直解指」一卷、「春秋左氏心法」一卷、「夢(mèng)游詩(shī)集」三卷、「曹溪通志」四卷、「八十八祖道影傳贊」一卷、「憨山老人自敍年譜實(shí)錄」二卷等。德清寂後，由門(mén)人福善、通炯、劉起相編輯刊行的有「憨山老人夢(mèng)游集」四十卷（現(xiàn)流通本五十五卷）。這些著作都被收入明方冊(cè)本「續(xù)藏」。

　　他的思想學(xué)說(shuō)，表現(xiàn)在許多方面，并不拘守一宗一派。吳應(yīng)賓認(rèn)為「縱其樂(lè)說(shuō)無(wú)礙之辯，曲示單傳，而熔入一塵法界，似圭峰（宗密）；解脫文字般若，而多得世間障難，似覺(jué)范（慧洪）；森羅萬(wàn)行以宗一心，而產(chǎn)無(wú)生往生之土，又似永明（延壽）�！梗▍菓�(yīng)賓「憨山大師塔銘」見(jiàn)「夢(mèng)游集」卷五十五）

　　他最初在南京從無(wú)極聽(tīng)「華嚴(yán)玄談」，繼入攝山從云谷學(xué)禪。云谷是禪凈兼修而又深達(dá)華嚴(yán)的大德，德清受他的影響最深（德清「云谷先大師傳」）。所以他雖是禪門(mén)宗匠，而極力倡導(dǎo)禪凈一致，尤致意於華嚴(yán)。他說(shuō)∶古人說(shuō)參禪、提話頭，都是不得已。公案雖多，唯獨(dú)念佛審實(shí)的話頭，塵牢中極易得力（「夢(mèng)游集」卷二「答鄭頌巖中丞」）。他謫居廣州時(shí)，即集信徒結(jié)社，授以念佛三昧，教以專(zhuān)心凈業(yè)，月會(huì)以期，立有規(guī)制。晚年在廬山法云寺，又效慧遠(yuǎn)修六時(shí)凈業(yè)。他主張禪凈雙修，認(rèn)為∶「參禪看話頭一路，最為明心切要。．．是故念佛參禪兼修之行，極為穩(wěn)當(dāng)法門(mén)�！梗ā笁�(mèng)游集」卷五「示劉存赤」）

　　德清對(duì)坐禪念佛也有他的特別見(jiàn)解，他說(shuō)∶「所云坐禪，而禪亦不屬坐。若以坐為禪，則行住四儀又是何事？殊不知禪乃心之異名，若了心體寂滅，本自不動(dòng)，又何行住之可拘？茍不達(dá)自心，雖坐亦剩法耳。定亦非可入，若有可入，則非大定。所謂『那伽常在定，無(wú)有不定時(shí)』，又何出入之有？」（「夢(mèng)游集」卷十五「答許鑒湖錦衣」）他教人念佛說(shuō)∶「今所念之佛，即自性彌陀，所求凈土，即唯心極樂(lè)。諸人茍能念念不忘，心心彌陀出現(xiàn)，步步極樂(lè)家鄉(xiāng)，又何必遠(yuǎn)企於十萬(wàn)億國(guó)之外，別有凈土可歸耶？」（「夢(mèng)游集」卷二「示優(yōu)婆塞結(jié)社念佛」）

　　德清在佛教內(nèi)主張禪凈雙修，對(duì)外又宣傳儒、道、釋三教的調(diào)和。他在「道德經(jīng)解」卷頭「觀老莊影響論」中，極力主張調(diào)和三教的思想。他說(shuō)∶「為學(xué)有三要∶所謂不知『春秋』，不能涉世；不精老莊，不能忘世；不參禪，不能出世�！梗ā笁�(mèng)游集」卷三十九「學(xué)要」條）