生于德國波茨坦。早年在柏林、維爾茨堡和維也納學醫(yī)，獲柏林大學醫(yī)學博士學位。曾任耶魯大學動物學教授。是最早繪制動物系譜圖的學者之一。大力支持達爾文的進化論，推動了繼達爾文之后生物學研究的開展，并通過對胚胎學、形態(tài)學與細胞理論的研究使生物學研究的范圍不斷擴展。提出了“生態(tài)學”一詞。著有《生物體普通形態(tài)學》、《創(chuàng)造的歷史》、《 人類的進化》、《宇宙之謎》、《放射蟲目》�！『？藸柋緛淼穆殑帐轻t(yī)生，后來任比較解剖學的教授。他是最早將心理學看作是生理學的一個分支的人之一。他引入了一些今天在生物學中非常普遍的術語如 生態(tài)學、門等，他將政治學稱為是“應用生物學”。他的一些理論和主張后來被納粹理論家利用，成為其種族主義和社會達爾文主義的理由。海克爾也是優(yōu)生學的先驅。

海克爾比較知名的文章主要是他的科普、嘲諷文章或者他的游記，但他的學術文章今天依然可以提供新的啟發(fā)。比如他1866年的《形態(tài)學大綱》是世界上第一部達爾文的進化論的教科書，在他的1874年的《人類學》中他使用比較解剖學的方法來探討人從動物世界的進化和人的來源。他的三卷長的《系統(tǒng)發(fā)生學》至今很少有人讀，這是一部從1894年到1896年發(fā)表的巨著，其中�？藸柮枋隽怂麑φ麄�動物世界的進化和親屬關系的認識。

1862年， �？藸栆驗閷Ψ派湎x的出色研究，升為德國耶拿大學的教授，并在這個職位上呆了足足四十二年。他是一位很有激情的演講者和作者，致力于推廣普及形態(tài)學研究和進化論（達爾文的《物種起源》在1859年才發(fā)表，進化論在當時的德國基本上還是全新的）。然而，作為一個可能是過度文藝了的科學青年（1862年他只有二十八歲），他在嚴謹的科研、科學推廣還有藝術創(chuàng)作之間有些搖擺不定了。

19世紀50年代，是插圖大量進入各學科教室的時期，而胚胎學無疑又是最依賴圖像教學的學科，因為它所關注的細節(jié)往往極其微小而陌生，因此模式圖——教會學生如何去看、要尋找哪些特征——成為至關重要的手段。反過來，圖像作為科研的工具和證據還沒有那么普遍。海克爾正是在這里模糊了科普和科研的界限。在他看來，科研著作的插圖，正如在教學中一樣，不是證據，只是換一種方式來展現(xiàn)他由其他途徑得到的結論而已，因此為了追求展現(xiàn)模式，他犧牲了對具體標本的忠實性；另外，插圖的其它一些細節(jié)（比如標本學名、來源、胚胎具體大小和階段）也沒有被他重視。

可是，由于研究條件所限，海克爾手中的研究材料并不很多，由此得出的不少結論也頗有偏差，所謂的“模形圖”并沒能如他希望的那樣表達出真實的情形。更糟的是，先前的模式圖幾乎全部是線條圖，海克爾卻憑他出色的美術技巧把他心目中的“模式圖”全畫成了生動的陰影圖；他的同行大多認為這些圖是對真實標本的忠實再現(xiàn)。因此，當同行逐漸意識到這些圖和他們自己觀察到的現(xiàn)象有所差異時，他們并沒有指責�？藸柕睦碚撚姓`，而是指責他造假。

�？藸栒J為生物學在許多方面與藝術類似。自然界中的對稱，比如單細胞生物中的放射蟲對他的藝術天賦有很大的啟發(fā)。尤其著名的是他畫的浮游生物和海母的畫，這些圖畫生動地體現(xiàn)了生物世界的美。不論是在他的學術著作還是在他的科普著作中他都畫有優(yōu)美的插圖。他的圖畫對20世紀初的藝術也有影響。新藝術運動就是從他的一些插圖中獲得啟發(fā)形成的。

海克爾在耶拿的住宅和那里的一個他資助的博物館的建筑也體現(xiàn)出了他的藝術天才。

海克爾非常勤勞。僅使用英國的“挑戰(zhàn)號”的數據他描寫了3500多個放射蟲的種。他的這份報告共三卷，2750頁，包括140個非常細膩的放射蟲的圖像。尤其是他的第一位夫人逝世后他往往每天工作18小時。

�？藸枌τ趥�體發(fā)育和種系遺傳學的平行觀察促使他提出了個體發(fā)育與進化過程中的因果關系的理論。這就是所謂的復演說。今天這個理論已被推翻。

由于海克爾對進化論的證明不精確，而且他本人將自然科學的認識與宗教對立起來，因此他的理論成為試圖駁倒進化論的創(chuàng)造論者的攻擊對象。他也受到后來的生物學家如史蒂芬·杰·古爾德的批評。在哲學上他持一元論，認為“世界與上帝是同一的”。在他的《世界疑問》中他寫道：

隨著每年我們對自然的認識的發(fā)展過去的對立不斷縮小，因此最基本的世界觀問題的解決也越來越近了。我們可以希望在將來的20世紀越來越多這些對立統(tǒng)一起來，越來越多的人接受這個希求的世界觀的統(tǒng)一的一元論。

海克爾并非嚴格的無神論者。他雖然反對創(chuàng)世論，但他出生于一個基督教家庭，他認為世界萬物（包括無機的礦物）是有靈魂的。他的唯物主義是一個有靈魂的物質的物質主義。他認為上帝與萬能的自然規(guī)律是同一的。他使用“細胞記憶”和“晶體靈魂”之類的詞語。

海克爾無疑是德國優(yōu)生論的啟發(fā)人。在他的《生命奇跡》中他寫道：“我們的文明國家人為地養(yǎng)育著成千上萬得了不治之癥的人，比如神經病者、麻風病人、癌癥病人等等，這對這些人本身和對整個社會沒有任何好處�！睆�1905年起�？藸柺恰皟�(yōu)生論社團”的成員。

在�？藸柕奈恼轮谐３ｓw現(xiàn)出他的德國民族沙文主義。比如在他的《永久》中他寫道：“每個教育良好的德國戰(zhàn)士……在智慧和道德價值上要比上百個英國、法國、俄國和意大利所能提供的原始的自然人要高�！痹凇缎螒B(tài)學大綱》中他說：“高等人與低等人之間的差別比低等人與高級動物之間的差別要大。”

這些和其它許多�？藸柕难哉撌顾�在德國思想史上起了一個非常不光彩的作用：他是納粹主義的鋪路人。尤其是海克爾利用他在學術界的權威地位來普及他的政治觀點。

海克爾的理論對進化論的歷史非常重要。海克爾也是提出生態(tài)學這個概念的人。尤其他在解剖學上的知識給進化論提供了很多新的觀點。他還描述了上百新的物種。此外他引入了使用家譜圖來描寫生物學中的進化關系的表示方式。不過今天這樣的家譜圖已經被認為是過時和不準確的。他提出了所有生物是從共同的祖先發(fā)展出來的設想。他推測這些祖先可能分三個組。大多數他的理論今天已經過時了。

從現(xiàn)代的生物學來看，海克爾1866年推出的復演說是錯誤的，這個理論并非自然規(guī)律。雖然如此這個觀察依然有一定的意義。它雖然不是一個自然規(guī)律，但是一個經常發(fā)生的現(xiàn)象。由于海克爾讓他的哲學觀點影響他的學術觀點，因此他的一些生物的圖畫部分故意畫錯。從哲學上來說，他更加偏向拉馬克的用進廢退的理論。他有時故意錯誤地描寫自然現(xiàn)象或者至少不精確嚴格地從各個方面來觀察這些現(xiàn)象來使得他的描寫更加符合他的一元論的哲學理論。

在動物學方面，�？藸栔饕�研究放射蟲、海綿體等低等海洋動物的系統(tǒng)分類，描述了近4000個新種。1862年出版的《放射蟲目》專著，按照親緣關系，建立自然分類系統(tǒng)，并努力尋找原始型。

傳播達爾文的進化論是他一生學術活動中的重要內容。堅信進化學說并把進化論作為反對當時社會上和宗教方面保守主義思想的主要武器，先后出版了《創(chuàng)造的歷史》、《人類的進化》等著作，通俗地介紹了達爾文的進化論。并根據形態(tài)學、胚胎學和古生物學的證據，提出了人類起源于動物的看法。主要著作《生物體普通形態(tài)學》呈現(xiàn)了達爾文進化論的有力證據。該書提出了反映動、植物演化關系的系統(tǒng)樹，以及生態(tài)學、生物地理學等名詞及定義；同時還強調：“個體發(fā)育是系統(tǒng)發(fā)育的簡短而迅速的重演”，而且是由“遺傳（繁殖）和適應（營養(yǎng)）的生理功能所決定的”。1872年，他把這種曾由德國解剖學家J.F.梅克爾提出過的關系，稱為生物發(fā)生律，亦即重演律。此后，他又進一步提出海綿體早期胚胎所經歷的內陷過程——原腸形成，也發(fā)生在多細胞動物中，認為所有多細胞動物都是從一個共同的原始型——原腸祖演化來的，這就是科學史上有名的“原腸祖說”。他的這些觀點雖然在歷史上對進化論的宣傳和普及起過積極作用，但它本質上是機械的，不盡符合實際，比如生物的個體發(fā)育，大體上類似于系統(tǒng)發(fā)育，但決不是系統(tǒng)發(fā)育的重演。 年老后，由對科學事實的探討轉至哲學。認為正確的研究方法是“哲學上的經驗論”、歸納與演繹的相互作用。用機械的因果關系取代“教條的”或“生機論與目的論”的自然觀，支持“一元論”的觀點，認為精神與物質是統(tǒng)一的。

1834年2月16日 出生于德國波茨坦市。 1852～1858年 在維爾茨堡和柏林等地學醫(yī)。 1857年 完成專著《論甲殼動物的組織》，獲博士學位。 1858年 通過國家醫(yī)學考試；到耶拿動物研究所工作。 1859～1860年 到意大利作考察旅行，著重研究原生動物放射蟲。 1860年 在德國宣傳和捍衛(wèi)達爾文進化論，并建立“一元論哲學”。 1861年 到耶拿大學任教。 1862年 任耶拿大學動物學與比較解剖學教授。直到1909年退休。 1919年8月9日 卒于耶拿。