竇軌之父竇恭為北周雍州牧、酂國(guó)公。隋大業(yè)中，竇軌為資陽(yáng)郡東曹(今山東曹縣)掾，后辭官回家。竇軌性格“剛果有威”(《新唐書(shū)·竇軌列傳》)，這為其將來(lái)建功立業(yè)打下了基礎(chǔ)。隋朝末年，隋煬帝楊廣統(tǒng)治殘暴，民不聊生，爆發(fā)了大規(guī)模的農(nóng)民起義。義寧元年(627年)五月，隋太原留守李淵也起兵反隋。竇軌趁機(jī)招募千余人，于九月前往長(zhǎng)春宮(今山西永濟(jì)境)歸附李淵，李淵見(jiàn)竇軌前來(lái)歸附，非常高興，“降席握手，語(yǔ)及平生”(《舊唐書(shū)·竇軌列傳》)，遂賜良馬十匹，并令其率兵掠地渭南。竇軌先攻克永豐倉(cāng)(今陜西華陰東北渭河入黃河口處)，得兵5000人。十一月，又隋李淵攻取長(zhǎng)安。因功封贊皇縣公，拜大丞相諮議參軍。

義寧元年(627年)四月，金城府校尉薛舉在金城(今蘭州)起兵反隋后，勢(shì)力迅速發(fā)展，欲謀取長(zhǎng)安。及聞李淵起兵反隋，攻占長(zhǎng)安，乃命其子薛仁杲率軍圍攻扶風(fēng)(郡治雍縣，今陜西鳳翔)，進(jìn)逼關(guān)中。十二月，李淵命李世民率兵迎擊，又命竇軌與司功參軍姜謩俱出大散關(guān)(在陜西寶雞西南大散嶺上)，安撫隴右，以牽制薛舉，配合李世民作戰(zhàn)。二人率軍出大散關(guān)，取河池(治梁泉，今陜西鳳縣東北風(fēng)州鎮(zhèn))、漢陽(yáng)(治上祿，今甘肅禮縣)二郡。進(jìn)至長(zhǎng)道(今甘肅禮縣東北長(zhǎng)道鎮(zhèn))時(shí)，竇軌因輕敵冒進(jìn)，為薛舉擊敗，被迫還軍。

義寧二年(628年)四月，稽胡(匈奴別種)兵5萬(wàn)(一說(shuō)5萬(wàn)余人)侵?jǐn)_宜君(今陜西宜君西南玉華)，李淵命竇軌率軍反擊。竇軌行至黃欽山(今陜西銅川西北)，與稽胡兵相遇，稽胡兵登高放火，竇軌軍稍退。竇軌大怒，立斬畏縮部將24人，提拔隊(duì)中小校代替，并親率數(shù)百騎于陣后督戰(zhàn)，隨即下令：“聞鼓聲有不進(jìn)者，自后斬之�！�(《舊唐書(shū)·竇軌傳》)及戰(zhàn)鼓擂響，唐軍將士爭(zhēng)先恐后地沖入敵陣，大敗稽胡兵，斬首千余級(jí)(一說(shuō)千級(jí))，虜男女2萬(wàn)人。

武德元年(628年)五月二十日，李淵在長(zhǎng)安稱帝，建立唐朝。竇軌授太子詹事。時(shí)赤排羌作亂，并與薛舉叛將鐘俱仇聯(lián)合，攻打漢中(今陜西南鄭縣)。唐廷拜竇軌為秦州(治上邽，今甘肅天水)總管，前去平叛。竇軌指揮唐軍連戰(zhàn)皆捷，余黨悉降。竇軌因功進(jìn)封酂國(guó)公。十一月，竇軌又隨秦王李世民在淺水原(今陜西長(zhǎng)武縣境)打敗薛仁杲。

武德三年(620年)，竇軌遷益州(今四川成都)道行臺(tái)左仆射，遇到緊急情況時(shí)可以相機(jī)從事，不必請(qǐng)示。不久便奉命率所部兵馬隨李世民征討王世充。武德四年(622年)五月，李世民平滅王世充和夏王竇建德，竇軌與蕭瑀奉命封守府庫(kù)，收其金帛，班賜將士，自己一無(wú)所取。七月，竇軌率軍返回益州。

德五年(622年)八月，吐谷渾軍進(jìn)犯岷州(治溢樂(lè)，今甘肅岷縣)，擊敗總管李長(zhǎng)卿部，唐高祖詔令竇軌和渭州刺史且洛生率軍救援，吐谷渾聞?dòng)嵆奋姟?/p>武德七年(624年)二月，始州(治普安，今四川劍閣)僚人發(fā)動(dòng)叛亂，竇軌奉命率軍討伐。二十八日，洋(州治西鄉(xiāng)，今屬陜西)、集(州治難江，今四川南江)二州僚人又反叛，攻陷隆州(治閬中，今屬四川)晉城縣。四月二十一日，唐通事舍人李鳳起討平萬(wàn)州(治永穆，在今四川達(dá)縣西北)僚人叛亂。五月十八日，竇軌在方山(今陜西漢陰西北)擊敗叛僚，俘2萬(wàn)余人，平息了這場(chǎng)叛亂。

同年五月初五，羌與吐谷渾合兵侵?jǐn)_松州(治嘉誠(chéng)，今四川松潘)，竇軌奉命與扶州(治同昌，今四川南坪東北)刺史蔣善合率軍分兩路進(jìn)行反擊。當(dāng)時(shí)敵軍兵鋒甚銳。蔣善合率軍先至，破其軍。竇軌率軍至臨洮，進(jìn)擊左封，破其部眾。

竇軌顯貴后，性情更加嚴(yán)酷，但自身也非常勤奮努力，臨陣對(duì)敵時(shí)，常常十多天身不解甲。其部眾無(wú)貴賤少長(zhǎng)，作戰(zhàn)時(shí)如有畏敵者立即斬首。吏士有小的過(guò)失也多被鞭撻，以至“流血滿庭，見(jiàn)者莫不重足股栗�！�(《舊唐書(shū)·竇軌傳》)蜀地的盜賊也因此悉平。竇軌最初入川時(shí)，以他的外甥為心腹。一天深夜，竇軌要外出，召喚他外甥許久也沒(méi)到，竇軌一怒之下將其斬首。竇軌還警告家仆不得出外，一次竇軌派一家仆去官?gòu)N取漿，既而悔之，事后竇軌對(duì)家仆說(shuō)：“我誠(chéng)使汝，要當(dāng)斬汝頭以明法耳！”(《舊唐書(shū)·竇軌傳》)然后派部將將其斬首，臨刑前，家仆喊冤不已。負(fù)責(zé)監(jiān)刑的官員一時(shí)猶豫不決，竇軌見(jiàn)狀大怒，將監(jiān)刑官一起斬首。行臺(tái)郎中趙弘安為當(dāng)時(shí)名士，竇軌動(dòng)不動(dòng)就對(duì)他進(jìn)行鞭打，一年下來(lái)，共打了數(shù)百下。

后竇軌應(yīng)征入朝，唐高祖賜御榻讓竇軌坐，結(jié)果竇軌因容表不整，加上又坐著和唐高祖說(shuō)話，唐高祖因此大怒，對(duì)他說(shuō)：“公之入蜀，車騎、驃騎從者二十人，為公所斬略盡，我隴種車騎，未足給公�！�(《舊唐書(shū)·竇軌傳》)隨即將其下詔入獄。但不久便將他釋放，并繼續(xù)鎮(zhèn)守益州。

竇軌在四川時(shí)，與行臺(tái)尚書(shū)韋云起、郭行