（1199）正月十三日源賴朝突然死亡，兩年后正月發(fā)生梶原景時流放事件，接著是比企能員被誅殺，二代將軍源賴家流放伊豆后不久被暗殺，畠山重忠事件，因?yàn)槟沥畏降臓窟B而致北條時政倒臺，和田義盛事件。種種血腥的陰謀與內(nèi)斗次第發(fā)生，期間大王旗變化之瞬疾叫人無法適應(yīng)。

在一次次的爭斗間鐮倉幕府武家政權(quán)的歸屬日漸明朗，然而遠(yuǎn)在京都一心要討滅幕府，回復(fù)皇權(quán)的后鳥羽上皇和順德天皇眼里，這一切卻成為幕府日漸衰退、弱化的表征。

建保六年十月二十一日，在后鳥羽上皇與順德天皇父子的謀劃下，加封才出生的皇子懷成為親王格，五日后再封為皇太子。

第二年承久元年（1219）正月，聽聞三代將軍源實(shí)朝暗殺事件以后，后鳥羽、順德父子加快了倒幕計(jì)劃的準(zhǔn)備，同時京都與鐮倉的關(guān)系也迅即惡化。

朝廷決定正式倒幕。五月，順德天皇讓位于四歲的懷成親王，是為仲恭天皇。

順德上皇交讓皇位的緣由應(yīng)該是憑借院政的力量在承久之亂中順利實(shí)施討幕的方針吧。

仲恭天皇是順德天皇的長子，“承久之亂”時，他才3歲。他登基后，京都隨即被幕府軍占領(lǐng)，無辜的幼兒天皇也被殃及，從天皇的寶座上被趕了下來。他只在位77天，而且從未舉行過即位儀式，所以歷來不被列入正統(tǒng)，而被稱為“廢帝”。直到1870年，才得以擠進(jìn)125名天皇系列。

面對院廳的挑戰(zhàn)，源賴朝的遺孀“尼姑將軍”北條政子親自召集御家人商議對策，她聲淚俱下地勸說御家人們同心同德抗擊院廳的武裝行動。以關(guān)東武士為代表的武士階級，在幕府面臨危機(jī)的形勢下，表現(xiàn)出精誠團(tuán)結(jié)的精神。當(dāng)北條義時的弟弟、兒子北條泰時與北條時房率軍西行的時候，全國的武士都爭先恐后地參加其中，很快集合了19萬大軍。

相反的是，1221年5月，后鳥羽上皇在調(diào)遣手下武士消滅了幕府派駐京都的守護(hù)之后，向全國發(fā)布了討伐幕府執(zhí)權(quán)北條義時的敕令。然而，敕令發(fā)出后響應(yīng)者極少，并沒有出現(xiàn)上皇所期待的討幕局面。6月15日，幕府軍隊(duì)進(jìn)入京都，后鳥羽上皇手下的1700名皇室軍隊(duì)很快落敗，后鳥羽上皇撤銷討伐命令，俯首投降。這次動亂，史稱“承久之亂”，以皇室失敗而告終。

強(qiáng)迫仲恭天皇退位，立高倉天皇的10歲孫子即位，為后堀河天皇。但是幕府無法廢除或取代天皇制度，因?yàn)樘旎什坏�是世俗的統(tǒng)治者，同時又具有宗教意義上的權(quán)威。在平民百姓的思想中，天皇的地們是神圣不可代替的。所以幕府雖然能夠廢黜某個天皇，但只能讓皇族中另一個人即位，既不能廢除天皇制也不能建立新王朝。