萬歷七年（1579年）神宗詔毀書院，全國大多數(shù)書院被迫停辦，而劉元卿把復(fù)禮書院改名為“五谷神祠”，仍聚眾講學(xué)如故。后來學(xué)禁解除，復(fù)禮書院又恢復(fù)原名，此后名聲更大，“道日益隆，譽日益廣”。復(fù)禮書院有嚴(yán)密的學(xué)規(guī)，且教育質(zhì)量好，以致湖南、湖北等省的有志之士都不遠(yuǎn)千里來此求學(xué)，海內(nèi)學(xué)者對劉元卿的學(xué)識非常欽佩，譽他為“泰山北斗”。劉元卿還創(chuàng)辦了識仁、中道、一德等書院，至此，他與當(dāng)時省內(nèi)名流吳康齋、鄧潛谷、章本清齊名，被人們稱為“江右四君子”。

隨著知名度擴大，不少官員多次上書朝廷，推薦劉元卿，稱劉元卿為“負(fù)邁俗之志節(jié)，蘊濟世之經(jīng)綸”。皇帝非常重視，授他為“國子博士”、“階承德郎”銜，特別下旨叫劉元卿去京城做官。但劉元卿悉心講學(xué)，不肯去做官。后來皇帝又再次派員催他赴任，劉元卿再三推辭不掉，只好應(yīng)召入京。不久，即升禮部主事。在朝三年，他提出了許多有利于封建王朝的舉措，在《請舉朝講疏》、《節(jié)制貢吏疏》、《直陳御倭第一要務(wù)疏》中，闡述了自己的政治主張，對于革除弊政、安定邊陲、抵御外侮都是非常有利的�？上�劉元卿的這些政治主張，得不到皇帝的采納，于是他稱病辭歸，告老還鄉(xiāng)。

劉元卿人稱“正學(xué)先生”，從弱冠至暮年，一生孜孜于理學(xué)。據(jù)《明儒學(xué)案》載：“先生初游青原山，聞之與人曰：青原詩書之地也，自兩鄒公子（鄒守益的兒子汝梅、汝先）來后，此風(fēng)遂絕矣。先生契其言。兩鄒與之談學(xué)，遂有憤悱之意。因而考索于先儒語錄，未之有得也。”從此誘發(fā)了劉元卿從事王守仁理學(xué)研究的興趣。他開始在當(dāng)?shù)厍髮W(xué)，但所得不深，于是離鄉(xiāng)背井，遠(yuǎn)游從師。他先后到浙江、湖北等地拜高人為師，經(jīng)過自己努力求索，成為該學(xué)派承前啟后的重要人物。劉元卿既能吸收他人之長，又能堅持自己的見解。他以“存守本體，隨事躬行”作為一生的言行準(zhǔn)則，不信道教，也不信佛教。正如他在《小引自贊》里說的：“不禮釋迦，不羨王喬，此瀘瀟之所以為瀘瀟，亦瀘瀟之所以止于瀘瀟也。”劉元卿的理學(xué)思想，在江右王門學(xué)派中，占有重要的地位。劉元卿逝世后，《明史》為他立了傳，明朝名流鄒元標(biāo)為他撰寫墓志銘，贊其“流風(fēng)余韻，百世猶師”。

劉元卿是理學(xué)家、教育學(xué)家，又是文學(xué)家。他涉獵廣泛，對于政治、經(jīng)濟、哲學(xué)、天文、地理、文學(xué)藝術(shù)，都有成就。所以他的著述比較多，而內(nèi)容又比較豐富�！督�西通志》記載他所著書目有《大學(xué)新編》、《山居草》、《還山續(xù)草》、《通鑒纂要》、《六鑒》、《諸儒學(xué)案》、《賢奕編》、《劉聘君全集》等，他的寓言集《賢奕編》膾炙人口，曾收入《叢書集成》。