與杰斐遜任命的其他大法官不同，他成功地抵制了首席大法官約翰·馬歇爾在法庭中的主宰地位。通過(guò)這種做法，他樹(shù)立了“偉大的異議者”的傳統(tǒng)。雖然是南方人，他反對(duì)聯(lián)邦法令廢止權(quán)的州主權(quán)論。

早先在南卡來(lái)羅納擔(dān)任州眾議員（1794-1799）和議長(zhǎng)（1798-1799），后來(lái)被議會(huì)選為普通訴訟法院法官，當(dāng)時(shí)是州的最高法院。任法官期間，他在哥倫比亞大學(xué)內(nèi)組織了一個(gè)學(xué)院，后來(lái)成為南卡羅來(lái)納大學(xué)，1804年3月經(jīng)托馬斯·杰斐遜提名，成為美國(guó)最高法院第一個(gè)民主-共和黨大法官。

首席大法官馬歇爾為了鞏固最高法院作為法律和憲法解釋者（主要按聯(lián)邦黨人的原則解釋）的地位，不贊成分別寫(xiě)出個(gè)人意見(jiàn)。在大多數(shù)重大案件中只發(fā)表法院意見(jiàn)，并力求在同事中間取得一致意見(jiàn)。但是約翰遜卻往往發(fā)表獨(dú)立的見(jiàn)解，他在州法院的時(shí)候就習(xí)慣寫(xiě)個(gè)人意見(jiàn)，現(xiàn)在這一傾向得到馬歇爾的政敵杰斐遜的支持，盡管1826年杰斐遜去世前和約翰遜一直是朋友，但約翰遜也不是每件事都支持杰斐遜的。在1808年“吉爾克里斯特訴查爾斯頓稅務(wù)官”一案中，約翰遜在主持聯(lián)邦巡回法庭時(shí)，準(zhǔn)許一艘根據(jù)杰斐遜1807年禁運(yùn)法下令扣押的船只駛離查爾斯頓，該法是旨在使美國(guó)在拿破侖戰(zhàn)爭(zhēng)中保持中立的法案。