十三年召對(duì)，崇禎問守邊、救荒、安民三事。石麒對(duì)以“守邊在農(nóng)戰(zhàn)互用，救荒在勸民輸粟，安民在省官用賢”，頗得崇禎稱許。十五年，擢刑部右侍郎，旋進(jìn)左侍郎，署部事。依律復(fù)查案件，對(duì)冤抑及重刑失當(dāng)寬免甚多，人服其公正。后因上疏救劉宗周，開脫姜埰、熊開元罪，忤帝意，被罷官。

　　南明弘光元年(1644)，福王朱由崧于南京即位，起用徐石麒為副都御史，后改右都御史，旋升吏部尚書。其間上疏反對(duì)與滿清議和。后有上疏言“省庶官、慎破格、行久任、重名器、嚴(yán)起廢、明保舉、交堂廉”七事，為馬士英所扼，悒悒不得志，遂辭職回浙。其時(shí)南明抗清政權(quán)岌岌可危，石麒囑家人營(yíng)建墳塋，準(zhǔn)備殉難。南明隆武元年(1645)閏六月，嘉興起兵抗清，以徐石麒名義號(hào)召。辮子兵自杭州還撲圍嘉興，城將破，徐石麒作就義遺筆10則，在城外大呼：“我大臣，不可死野外，當(dāng)與城共存亡!”守軍迎石麒進(jìn)城。八月十七日，嘉興城破，徐石麒從容著朝服，自縊于報(bào)忠埭(今斜西街)家宅可經(jīng)堂。仆人祖敏、李升亦自縊以殉。仆人李茂與報(bào)忠寺(即今覺海寺)僧真實(shí)，將其遺體藏于柜中。辮子兵走后，其子徐爾榖潛入城內(nèi)，將遺體從水門運(yùn)出，葬于嘉善縣楊林寺祖塋。時(shí)當(dāng)盛暑，徐石麒死已7日而遺體如生，緊握雙手，須發(fā)怒張。另有衣冠冢在海寧縣袁花龍山，今俱無存。清乾隆四十一年(1776)賜謚忠懿。徐石麒學(xué)貫經(jīng)史，尤熟悉朝章國(guó)故，見聞博洽。其政見皆可施行，惜不得用。又工詩詞，作品無陳詞，多新警之句。著有《可經(jīng)堂集》。

　　長(zhǎng)子徐爾榖，字似之，國(guó)子生。著有《畫水草堂詩稿》。父殉國(guó)后，爾榖堅(jiān)持抗清，清順治四年(1647)與陳子龍等籌劃松江起義，事敗被捕。清督洪承疇勸降，被嚴(yán)拒，英勇就義于南京。妻孫氏得悉，即投水死。妻兄孫鉅，字若弘，與爾榖同時(shí)遇害，其全家也被清兵所殺。次子徐柱臣，字貞侯，諸生。父殉國(guó)后，連遭水火獄訟，屢瀕于死。后讀書佛寺15年，潛心研究經(jīng)史。柱臣子徐功燮，字元贊，拒絕仕清，詩文清蒼拔俗。