當(dāng)初在比叡山的本愿寺親鸞上人受到中國凈土宗及日本凈土宗師法然的影響，獨創(chuàng)出一派凈土真宗，以阿彌陀佛崇拜為教義核心，主張「他力本愿」及「惡人正機」，「他力本愿」就是說人無法依賴自身修持達到涅盤的永世超脫，需要有他力的協(xié)助，而他力便是南無阿彌陀佛，只有南無阿彌陀佛的提攜，才能能獲得解脫，任何修行方法皆不足取�！笎喝苏龣C」即是說南無阿彌陀佛要拯救和引度的都是罪孽深重之人。這兩項教義中「他力本愿」使凈土真宗的修行方法簡略到只需要因念生義口念「南無阿彌陀佛」之法名，「惡人正機」更是深入下層民眾，得到農(nóng)民、低階武士乃至海盜、山賊的信奉。

元龜元年（1570）9月12日深夜，石山本愿寺內(nèi)自多年來從未曾用過的警鐘突然響徹黑夜。顯如知道是織田信長開始進攻了。幾天前，隨足利義昭進京的織田信長蠻橫的向石山的顯如提出了索要軍費的要求，被顯如嚴(yán)詞拒絕，這肯定是霸氣十足的信長的報復(fù)。進攻的部隊正是信長賴以出名的鐵炮隊，而石山城內(nèi)正駐扎著本愿寺家的雇傭兵團---以犀利的鐵炮成名的雜賀眾。戰(zhàn)國時期難得一見的鐵炮大戰(zhàn)開始了。這場稱為“日夜天地都震撼驚動的戰(zhàn)斗”也拉開了本愿寺家與織田家長達十一年的石山之戰(zhàn)。這期間的戰(zhàn)斗是這樣的：元龜元年（1570）11月21日，作為對信長進攻石山城的報復(fù)，顯如發(fā)動長島一向一揆圍攻信長之弟信興所在的小木江城。將信興殺死在天守中。同年又組織了一向一揆眾三萬多與朝倉、淺井軍合攻坂本宇佐山城，令織田方守將森可成戰(zhàn)死。大有加倍討還的趨勢。雖然1572年7月近江一向一揆據(jù)點金森城被織田部將佐久間信盛攻下，但總的局勢還是占優(yōu)。

1573年，晴天霹靂般的消息傳來，與顯如配合親密的武田信玄病亡，這立刻使反信長戰(zhàn)線崩潰。1574年6月，信長圍攻長島城，三個月后落城。全城二萬余男女老幼都成了信長抱殺弟之仇的犧牲品。同月，長島周圍諸城也相繼陷落。1575年8月，信長鎮(zhèn)壓了越前一向一揆，坊官下間賴照戰(zhàn)死。1576年，信長無視數(shù)月前停戰(zhàn)和睦的承諾，開始圍攻本愿寺石山城。感到危機的顯如趕緊與長年交惡的上杉謙信修好，并向毛利家提出援助請求。7月，毛利家水軍運糧至石山，在木津口大敗織田水軍。暫時解了石山之圍。但是隨著1578年11月毛利水軍的落敗，石山城再次陷于重圍。當(dāng)接連看到荒木村重、別所長治的下場后，顯如知道與信長對抗下去已無勝算。1580年3月，顯如以放棄加賀與石山城為條件與信長和睦。8月，當(dāng)兒子教如退出石山城后，這座象征著本愿寺家戰(zhàn)國足印的城池沒入了熊熊大火。宣告了本愿寺家的沒落。

在親鸞上人往生后，親鸞四女覺信繼為二代法主，建構(gòu)成以血緣搭出脈絡(luò)的世襲體制，這使法主由上至下對門徒發(fā)出的法旨漸漸生出神圣的權(quán)威性，令門徒對法主的崇信已不下于阿彌陀佛，凈土真宗終成為集佛、佛法和法主三位一體的信仰，也因此被稱之為一向宗。在八代法主本愿寺蓮如時，一向宗日益形成一個等級制度清晰明確的宗教組織，并且在對下層民眾布道之余，蓮如利用自己的十三個兒子與十四個女兒以聯(lián)姻的方式與各方大名及公家高宦結(jié)親，藉此獲得許多特權(quán)，或直接或間接地掌握住攝津、紀(jì)伊、越前、加賀的大片土地，許多信奉一向宗的農(nóng)民甚至將捐獻置于稅賦之上，使得部分一向宗盛行地區(qū)的大名因為領(lǐng)民將錢捐給寺院無力納稅而出現(xiàn)稅收短缺的情形。一向宗的教義與經(jīng)營方式得到許多其它佛教體系及大名的排斥，加上進入亂世，農(nóng)民越發(fā)不滿大名的壓迫，反過來利用了一向宗的組織發(fā)動起義，更打倒了加賀守護富樫氏，將加賀變成由本愿寺教團控制的門徒領(lǐng)國，自此之后這樣高舉一向宗旗幟的農(nóng)民起義便被統(tǒng)稱做一向一揆。所以在天文元年時京都日蓮宗徒與南近江六角定賴聯(lián)軍搗毀一向宗的本據(jù)山科本愿寺，于是顯如之父證如便將本據(jù)遷移至大阪石山，石山本愿寺因而升格成一向宗新的總本山。

父親證如逝世，得年三十九歲。年方十二歲的顯如在祖母慶壽院的輔佐下繼任法主，并于弘治二年時與長年抗?fàn)幍脑角俺瘋}家達成和議，翌年依照父親證如生前和管領(lǐng)·細(xì)川晴元的約定，迎娶了細(xì)川晴元的養(yǎng)女、左大臣·三條公賴三女如春尼，和婚娶了三條公賴次女的武田信玄、細(xì)川晴元親女的朝倉義景成為連襟。 永祿三年（1560），顯如開始了第一次的軍事行動：發(fā)動越前、加賀一向一揆幫助連襟武田信玄與越后上杉謙信作戰(zhàn)。兩家還于永祿八年（1565）締結(jié)三條盟約，結(jié)成了強固同盟。

在本愿寺的長年經(jīng)營下，附屬于一向宗寺院的地內(nèi)町發(fā)展逐漸成熟替本愿寺帶來大量的金錢收益，地內(nèi)町是攝津、河內(nèi)一帶建立在一向宗寺院左近的城鎮(zhèn)，是當(dāng)?shù)氐霓r(nóng)商物資流通中心，其中多數(shù)居民都是一向宗門徒，使本愿寺可以直接控制部份地內(nèi)町，藉由販賣座市出售經(jīng)商權(quán)獲利。同時居于地內(nèi)町的門徒為了捍衛(wèi)自身安全而建立的大量要塞亦變相成為護守石山本愿寺本山的關(guān)卡，再加上石山本愿寺位于京都、奈良、界通往西國地區(qū)的交通要地，占地面積與人口數(shù)量因此不斷攀升，同時一直在增修守護城池的壕溝、碉堡，在顯如當(dāng)權(quán)時石山本愿寺已成為擁有八個街町，內(nèi)有寺內(nèi)之浦可用為港口貿(mào)易通商，幅員數(shù)十平方公里的驚人巨城。而顯如也充分利用充足的財力分別向朝廷及幕府獻上兩萬、一萬錢，并透過岳父左大臣三條公賴等朝臣說項在永祿元年時得到權(quán)僧正的官位。永祿三年，顯如應(yīng)襟兄武田信玄的求助發(fā)動越中的一向宗門徒出兵牽制武田家大敵越后上杉謙信，兩家更在永祿八年時正式締結(jié)盟約，此外顯如也和朝倉義景締姻盟讓長子教如娶義景之女為妻。

據(jù)有尾張、美濃的織田信長擁前任將軍足利義輝之弟義昭上洛，由于軍費不足遂強逼畿內(nèi)的寺院神社捐獻，顯如也在信長祭出天皇這張王牌后考慮到信長勢大尚不能正面相抗而采取暫時虛與委蛇的策略勉強答應(yīng)。然而意圖天下布武一統(tǒng)全國的織田信長又怎么能夠容忍在自己的勢力范圍中存在著足以凌駕領(lǐng)主地位的宗教權(quán)威，因此對本愿寺步步進逼，不但提出本愿寺勢力完全撤出石山的要求，更在和泉的界、大和的奈良、近江的大津、草津等重要商鎮(zhèn)設(shè)立代官推行樂市樂座打擊本愿寺的經(jīng)濟收入，壓制意圖不言而喻。面對信長的壓迫，顯如仍是以逆來順受的姿態(tài)應(yīng)對，甚至還將天目茶碗進貢給信長以拖延寺地遷移的命令。

足利義昭不滿信長將他架空的舉動而暗中策動信長包圍網(wǎng)，其中首先響應(yīng)的便是朝倉義景，信長將大批兵力置于越前、近江應(yīng)付朝倉、淺井同盟之時，當(dāng)年被織田信長于上洛時逼回四國阿波的三好家趁勢而起再度攻入近畿，一路驅(qū)進到淀川下流的野田、福島。為此，織田信長親率四萬大軍迎戰(zhàn)迅速地在八月二十五日完成對兩地的包圍。但是對信長不滿已久的本愿寺顯如同樣看準(zhǔn)了這個時機，于同年九月五日頒下法旨督促紀(jì)伊、近江、伊勢長島的一向宗門徒對織田信長群起攻之。除了己方的正面攻勢外，決定宣戰(zhàn)前顯如也向淺井長政，久政父子、朝倉義景發(fā)出邀請一同作戰(zhàn)的信函，使在姊川會戰(zhàn)中戰(zhàn)敗的他們大為鼓舞，聯(lián)軍南下攻打琵琶湖南岸的宇佐山城。

在得到紀(jì)伊雜賀眾洋槍隊的后援后，本愿寺顯如在九月十四日下令由僧官下間賴廉、下間賴龍、丹后賴宗等率五千部隊出陣攻擊織田軍，一向宗里法主-坊主-講-郡-組，一層壓一層的軍事組織條理分明，讓顯如可以直接指揮麾下坊官作戰(zhàn)，在順利將織田軍部將佐佐成政、前田利家的部隊引誘至空曠的平原后，下間賴龍、丹后賴宗以四千步兵襲擊織田軍，下間賴廉則于后方統(tǒng)領(lǐng)洋槍隊進行射擊，令織田軍死傷不少，隨即附近農(nóng)村的一向宗徒眾也不分男女老拿起了平日務(wù)農(nóng)的鋤頭、鐵叉，配上寺方分發(fā)的弓箭、洋槍展開游擊戰(zhàn)偷襲織田軍，使織田大軍連連敗退，最后是在前田利家的奮戰(zhàn)下才勉強收攏軍容退至川口。另一方面淺井、朝倉聯(lián)軍在攻下宇佐山城、城將森可成、織田信治戰(zhàn)死后趨近阪本口，無奈下信長留下明智光秀、羽柴秀吉、佐久間信盛率兩萬三千兵馬留下應(yīng)付一向宗門徒，然后領(lǐng)軍截?fù)魷\井、朝倉聯(lián)軍，將淺井、朝倉聯(lián)軍逼得逃入比叡山。

同年十月，山城的西岡發(fā)生一向一揆的暴動；十一月，伊勢長島愿證寺在坊主證意的帶領(lǐng)下爆發(fā)大規(guī)模的一向一揆，直接威脅到信長的老家尾張，之后更大舉攻入尾張小木江城，城將信長之弟織田信興戰(zhàn)敗自刃。而信長方也在重新成功壓制淺井、朝倉后在元龜二年五月出兵攻打伊勢長島的一向一揆，長島愿證寺一帶地勢低濕且正逢雨季令洋槍威力受制，加上一向一揆眾利用市瀨川、巖手川、大瀧川、木曾川、真木田川、金洲川、山口川、軍是川等河流于此入海交錯、不便大軍移動的地勢與農(nóng)民身份大打游擊式的夜襲戰(zhàn)，使織田軍蒙受不小的損失，連家中猛將柴田勝家亦告負(fù)傷，連最后織田軍撤退時也有氏家卜全、林通政等將領(lǐng)戰(zhàn)死犧牲。

同年七月近江一向一揆的據(jù)點金森城也被織田軍的佐久間信盛奪去，然而信長的反攻并不僅于此，當(dāng)年九月織田軍團團包圍曾經(jīng)庇護過淺井、朝倉聯(lián)軍的比叡山延歷寺，將全山殺盡，顯如也以此為由大肆宣傳織田信長乃是佛敵，加強門徒的戰(zhàn)意。對一向宗徒而言，在法主的命令下與佛敵交戰(zhàn)而亡乃是一種升華，口念「南無阿彌陀佛」戰(zhàn)死殉道反而是走向西天極樂世界的快捷方式，此念在心讓顯如親自策動的一向一揆格外悍不畏死。要對付信長單單憑靠加強門徒戰(zhàn)心的口號并不足夠，本愿寺顯如比誰都更清楚這一點，于是襟兄武田信玄成為他首要的求援對象。

曾與上杉謙信聯(lián)合對抗武田信玄的關(guān)東北條家在當(dāng)主易位由北條氏康長子北條氏政繼承后，重結(jié)甲相同盟，北方的強敵上杉謙信也在顯如發(fā)起越中門徒加以牽制后，武田信玄終于騰出余裕出兵西上，不料就在武田軍在三方原之戰(zhàn)大敗織田、德川聯(lián)軍，反信長同盟氣勢高漲，連足利義昭亦宣告與織田信長為敵的時候，武田信玄病故陣中。東海道上武田軍的退卻逆轉(zhuǎn)了原本對反信長同盟有利的局勢。天正元年，織田信長流放將軍足利義昭，淺井、朝倉兩家旋踵即滅，織田軍再度攻打伊勢長島，織田軍再度因地形戰(zhàn)敗。

顯如為了反制信長，命令坊官下間賴照、七里賴周率領(lǐng)加賀一向一揆與不滿織田代官桂田長俊暴政的越前一向宗門徒攻打織田方負(fù)責(zé)支配越前的朝倉降將桂田長俊、溝江長逸、土橋景鏡等，將其一一誅殺，將越前同樣置為門徒領(lǐng)國，顯如也隨即派遣若林長門守前往越前將當(dāng)?shù)刂匦陆M織以納入本愿寺的體系之中。同年六月，織田信長三度出兵攻打伊勢長島愿證寺，在經(jīng)歷兩次戰(zhàn)敗后信長改變戰(zhàn)略，以九鬼嘉隆的水軍跟織田軍配合分別由水陸夾擊，封殺了一向一揆最擅長的地形奇襲，兩萬長島一向一揆眾被逼固守長島城應(yīng)戰(zhàn)，在三個月的籠城后一向一揆彈盡援絕意圖降服，然而長期受到他們困擾的織田信長并不因此甘心，同時也預(yù)知日后一向一揆定會再次生亂，于是索性大開殺戒將兩萬一向一揆眾全部屠殺。

同時在越前方面，作威作福的本愿寺坊官和開始信任手中力量的農(nóng)民開始發(fā)爭激烈的爭執(zhí)，不滿本愿寺干部專橫的農(nóng)民與坊官、坊主產(chǎn)生內(nèi)訌，而不屬于一向宗體系的專修寺、佛光寺也和反叛的門徒攜手對抗本愿寺坊官，織田信長在與高田專修寺取得聯(lián)系后，命部將柴田勝家、明智光秀、羽柴秀吉等人領(lǐng)兵進軍越前，在跟討伐長島一向宗一樣地封鎖了海路的逃亡路線后，三萬織田軍于八月十五日到達府中討平當(dāng)?shù)匾幌蛞晦�，下間賴照被殺。

雖然失去了越前、長島的門徒，但是對仍然擁有龐大資源的本愿寺而言，織田信長只是斬去了大樹的旁枝，主干依然毫發(fā)未傷，并且還在繼續(xù)吸收養(yǎng)分茁壯。但是顯如卻選擇了降服一途，就跟信長一樣經(jīng)過長達數(shù)年的征戰(zhàn)，本愿寺同樣需要時間休養(yǎng)生息，于是顯如透過三好康長向織田信長求和，在當(dāng)年十月二十一日和談，顯如更親身上京，接受信長招待。

風(fēng)平浪靜之下所隱含的新的暗潮洶涌，談和不過數(shù)月，在顯如指揮下本愿寺開始進行籠城準(zhǔn)備，糧食跟武器彈藥源源不絕地進入庫房，同時在石山周圍新建了五十一座碉堡城寨，各地門徒也陸續(xù)來到，一時竟達到三萬之眾。同時藉由棲身毛利家的前將軍足利義昭的協(xié)助與上杉謙信、毛利輝元結(jié)盟，再次興兵對抗信長，在加賀金澤御坊的七里賴周也應(yīng)顯如命令討取了織田方的加賀松任城主鏑木頼信，并致力于和長年宿敵上杉謙信和解，為日后謙信南下鋪路。顯如的舉動讓織田信長不敢坐視，火速發(fā)動六萬大軍就守口、交野、天王寺等地對石山本愿寺展開包圍。隨后織田軍受信長之命進軍木津，但是卻受到本愿寺方由紀(jì)伊來援的雜賀眾猛烈反擊，這波攻擊的主將原田直政也被雜賀眾名聞遐邇的洋槍隊射殺，顯如趁勝追擊讓下間賴廉率領(lǐng)門徒一鼓作氣急襲天王寺，擊敗由明智光秀、豬子兵介率領(lǐng)的守軍。但是在織田信長親自坐鎮(zhèn)若江城后，情勢再度逆轉(zhuǎn)，在明智光秀、松永久秀、瀧川一益、羽柴秀吉的奮戰(zhàn)之后一向宗門徒被擊敗撤退。

此后雙方展開激烈的拉鋸戰(zhàn)，信長在攝津尼崎、吹田等地紛紛建構(gòu)城寨對本愿寺進行包圍，由宿將佐久間信盛擔(dān)任軍團長負(fù)責(zé)對本愿寺的包圍戰(zhàn)。由于本愿寺背后是海，城內(nèi)有港可以通過海路得到制霸西國的毛利家不斷補物資，使織田軍的籠城戰(zhàn)得不到顯著效果，這跟大坂灣的制海權(quán)被控制在毛利家麾下瀨戶內(nèi)海的三島村上水軍及紀(jì)伊半島由一向宗徒組成的雜賀水軍手上是脫不了關(guān)系的。所以在荒木村重、別所長治、松永久秀相繼滅亡，上杉謙信辭世后，本愿寺依然屹立不搖。但是局面已經(jīng)開始改變，勝利女神的天平漸漸向織田軍傾斜。

在織田信長大力支持下織田家水軍將領(lǐng)九鬼嘉隆成功開發(fā)出鐵甲船并在木津口大破毛利水軍，讓本愿寺真正陷入籠城無路的困境。天正八年，在城內(nèi)物資完全耗盡，真正彈盡援絕后，信長奏請?zhí)旎食雒嫖有�欲與本愿寺和解，表示只要一向宗門徒放下武器、退出大阪、不干涉政治便可以繼續(xù)傳教。清楚理解城中窘境的顯如于同年三月接受了天皇的斡旋，在四月初退出石山前往紀(jì)伊鷺森，不過他的兒子本愿寺教如卻堅決反對投降，于是另外糾和了不愿投降的門徒出城與織田軍作戰(zhàn)，結(jié)果完全不是織田軍的對手，屢戰(zhàn)屢敗，終于是年八月投降前去父親顯如所在的紀(jì)伊。在教如亦離開石山本愿寺后，石山本愿寺起火燃燒付之一炬。

在天正十年本能寺之變后，顯如與掌握畿內(nèi)實權(quán)的羽柴秀吉相善，后于天正十三年在秀吉重建石山本愿寺寺內(nèi)町時移居攝津天滿，同年八月在當(dāng)?shù)亟�立阿彌陀堂，翌年八月十間四面的御影堂落成，加上豐臣秀吉贈送京都七條堀川的土地作為寺地，建成現(xiàn)今的京都本愿寺。

文祿元年十一月二十四日，本愿寺顯如因中風(fēng)圓寂，享年五十歲，后以三子本愿寺準(zhǔn)如繼為法主，慶長七年德川家康讓在關(guān)原之戰(zhàn)中支持東軍的教如另興東本愿寺，在常陸妙安寺建立御堂，稱大谷派，與準(zhǔn)如帶領(lǐng)的西本愿寺一分為二，一直延續(xù)至今。

顯如時期，地內(nèi)町迅猛發(fā)展。所謂地內(nèi)町，即建立在真宗寺廟附近的一些城鎮(zhèn)，是農(nóng)業(yè)商業(yè)中心，其絕大多數(shù)居民都是一向門徒。本愿寺得以直接控制一部分這類城鎮(zhèn)，獲得經(jīng)濟來源。地內(nèi)町門徒的其中一個任務(wù)就是守衛(wèi)町，以防止外人進攻，因而他們努力建立大量要塞。石山本愿寺便是個巨大的堡壘，整個地域有五十個以上的要塞。 戰(zhàn)國時代，一些大名試圖在農(nóng)村建立新的統(tǒng)治秩序，遭到一向門徒強烈反抗，因而出現(xiàn)大量的一向一揆，規(guī)模大的，有萬人以上的門徒參加。對這些起義，各地的封建領(lǐng)主不得不予以鎮(zhèn)壓，其中鎮(zhèn)壓最為激烈的，即為織田信長。他對無論新舊的所有佛教勢力都十分憎惡，而本愿寺勢力如此之強，脈絡(luò)如此之廣，能量如此之大，成為他統(tǒng)一日本之最大障礙：

1、本愿寺作為一個大寺，結(jié)構(gòu)復(fù)雜，組織嚴(yán)密，散布整個關(guān)東、關(guān)西平原。本愿寺可以調(diào)動各地門徒同時向信長開戰(zhàn)。

2、 本愿寺不需要有常備軍，地方門徒能自行補給。本寺以外的門徒還能反過來支持石山本寺。

3、本愿寺具有優(yōu)良的地理條件與資源：背后是海，可以通過海路補給戰(zhàn)略物資。此外，石山御坊早已建成極強的軍事要塞，十分難以攻下。

4、一向門徒都對本愿寺十分忠誠，不容易變節(jié)。

這種情況，使信長消滅本愿寺遇到重重障礙。信長對本愿寺的作戰(zhàn)，因此也持續(xù)了十年之久。

1570，信長擁戴足利義昭進京，途經(jīng)時便對石山本愿寺索要軍費，其實是借口開戰(zhàn)；本愿寺不允，信長的鐵炮部隊便浩浩蕩蕩開來，和本愿寺調(diào)度的雜賀眾，進行了戰(zhàn)國史上罕見的洋槍大戰(zhàn)，史稱“石山戰(zhàn)爭”。顯如遂宣布信長為“法敵”，號召全國門徒發(fā)動一向一睽，反對信長。其后，顯如發(fā)動長島一向一揆，圍攻信長之弟信興所在的小木江城。將信興殺死，又組織了三萬多門徒與朝倉、淺井軍合攻宇佐山城，令織田方守將森可成戰(zhàn)死。本愿寺更逐漸建聯(lián)合了上杉、武田、三好、淺井、六角、朝倉等大名成所謂的“信長包圍網(wǎng)”，成為反對信長之政治、軍事中心。信長包圍網(wǎng)的成員一直在變，但本愿寺至始至終一直都是中樞。本來，和顯如合作密切的武田家在東面，使信長成腹背受敵之勢，形勢對本愿寺十分有利，但在1573年，信玄病死，至此形式逆轉(zhuǎn)。信長于1574年力克長島城，屠城二萬；此年鎮(zhèn)壓越前一向一揆，本愿寺坊主下間賴照戰(zhàn)死。1576年，信長開始攻擊石山本城，本愿寺急尋毛利水軍（村上水軍）救援，終于在木津口大敗織田水軍（九鬼水軍），但在1578年，織田水軍擊敗毛利水軍，石山又受圍困，且失去了海上補給。到1580年，顯如見本愿寺實力消耗殆盡，對抗信長已無希望，只好放棄，以讓出加賀和石山城為條件，在天皇之調(diào)解下同織田信長議和。從此，本愿寺便退出了政治舞臺。

再回顧本愿寺對抗信長的歷史，可發(fā)現(xiàn)許多不利于本愿寺的因素，導(dǎo)致其失敗。

1、它畢竟是一個宗教組織，沒有封建領(lǐng)主對麾下武士集團那樣直接而有力的控制。本愿寺缺乏對其門徒的直接控制，門徒也并不總遵從命令，發(fā)令時要考慮他們的利益。此外，門徒畢竟以農(nóng)民為主，不是職業(yè)軍人，并非以戰(zhàn)爭為職業(yè)，沒有理由隨隨便便的就發(fā)動起義，從事戰(zhàn)爭。只有在起義和自己的經(jīng)濟利益一致時，才會參與。

2、一向宗并非一個軍事組織，缺乏必要的軍事人才。一向一揆靠地方農(nóng)民組織進行，缺乏有效統(tǒng)領(lǐng)起義的軍事領(lǐng)袖。

3、宗內(nèi)門徒會之間也有矛盾，使橫向的軍事合作有一定困難，不能依本寺的指令隨心所欲進行。此外，盡管大多門徒表現(xiàn)忠誠。有的門徒還是會出于種種考慮，試圖脫離本愿寺。

4、反信長聯(lián)盟由各種利益不一致的大名和寺院組成，不能達到齊心協(xié)力。他們只是為了反對信長而走到一起。缺乏組織性，缺乏統(tǒng)一的領(lǐng)導(dǎo)，缺乏明確的綱領(lǐng)和統(tǒng)一的軍事策略。

因此，信長能夠以其軍事上的強大，擊破信長包圍網(wǎng)。

本愿寺投降后，顯如遂隱居，由其子準(zhǔn)如接持法門。在正親町天皇天正十九年（1591年）時，在豐臣秀吉之幫助下，于京都崛川六條重新建立新本山（位于京都市下京區(qū)花屋町下ル本愿寺門前町本愿寺），此后直到今天，都為本愿寺之本山所在。當(dāng)時，顯如之子教如因不滿其父同信長議和，乃與顯如脫離父子關(guān)系，在京都自立山門，立東本愿寺，而準(zhǔn)如之本愿寺，稱西本愿寺。至自，本愿寺分為東西兩家，直到今日。準(zhǔn)如一脈的西本愿寺法統(tǒng)，被稱為“真宗本愿寺派”，仍以正統(tǒng)自居；教如一脈的東本愿寺法統(tǒng)，被稱為“真宗大谷派”。

之后本愿寺顯如和信長勢力繼承人──豐臣秀吉和解，秀吉在大阪、京都等地方捐地給本愿寺重建，本愿寺這才漸漸回復(fù)元氣。但顯如死后，教團內(nèi)部對立，曾經(jīng)不遵父命的長子教如跟繼承12代法主之位三子準(zhǔn)如兩人存有芥蒂，加上后來掌權(quán)者德川家康在背后有意操弄，故意協(xié)助扶植教如建立新寺院。于是本愿寺勢力從此分裂，教如的新流派稱作東本愿寺派、準(zhǔn)如這邊則稱作西本愿寺派。