1916年畢業(yè)于浙江師范講習(xí)所，1917年金陵大學(xué)肄業(yè)。

曾歷任上海商務(wù)印書(shū)館國(guó)文函授社教師、武漢中央軍政分校政治教官、商務(wù)印書(shū)館館外編輯、北京師范大學(xué)講師、燕京大學(xué)講師、中央大學(xué)講師、上海暨南大學(xué)中文系教授和文學(xué)院院長(zhǎng)、復(fù)旦大學(xué)中文系教授兼語(yǔ)言研究室主任、復(fù)旦大學(xué)校務(wù)委員會(huì)委員和學(xué)報(bào)編委、《辭�！肪幬瘯�(huì)副總主編和語(yǔ)言文字分科主編、《漢語(yǔ)大詞典》副主編、中國(guó)社會(huì)科學(xué)院語(yǔ)言研究所學(xué)術(shù)委員、上海語(yǔ)文學(xué)會(huì)副會(huì)長(zhǎng)、中國(guó)訓(xùn)詁學(xué)研究會(huì)和全國(guó)高等院校文字改革學(xué)會(huì)顧問(wèn)、中國(guó)語(yǔ)言學(xué)會(huì)理事、中國(guó)農(nóng)工民主黨中央常委和上海市委副主任、上海市第七屆人大常委、上海市第一至第五屆政協(xié)常委和第六屆政協(xié)副主席等。

他在語(yǔ)言文字領(lǐng)域的貢獻(xiàn)主要體現(xiàn)在傳統(tǒng)語(yǔ)言學(xué)的文字、音韻和訓(xùn)詁方面，具體表現(xiàn)在：

（1）協(xié)助其父朱起鳳編纂《辭通》，并為《辭通》的出版做推介工作。著有《整理國(guó)故的利器——〈讀書(shū)通〉》（1922年，因《辭通》最初名為《蠡測(cè)編》，后更名為《讀書(shū)通》，其后又更名為《新讀書(shū)通》，最后定名為《辭通》）、《介紹朱丹九先生的〈辭通〉》（1933年）。

（2）在訓(xùn)詁學(xué)方面，著有《侯方域文選注》（1931年）、《曾鞏文選注》（1931年）、《資治通鑒選注》（1932年）、《春秋左傳集解》（1977年）等隨文釋義類(lèi)著作，為它們分段落、加標(biāo)點(diǎn)、校正誤字。

擔(dān)任《辭�！泛汀稘h語(yǔ)大詞典》兩部大型辭書(shū)的副主編，同時(shí)兼《辭海》語(yǔ)詞分冊(cè)的主編，做了大量的工作。

（3）在其父所做工作的基礎(chǔ)上編纂《辭通補(bǔ)正》。上海古籍出版社1991年出版了由他任主編，吳君桓、鐘敬華編撰的《辭通續(xù)編》，這是對(duì)我國(guó)語(yǔ)言文字學(xué)的研究及我國(guó)文化事業(yè)發(fā)展的一大重要貢獻(xiàn)。

（4）傳統(tǒng)語(yǔ)言學(xué)研究的部分成果中充分顯示了他在這方面的較深的造詣。著有《u2018聯(lián)綿字u2019在文學(xué)上的價(jià)值》（《責(zé)任》1923年，《小說(shuō)月報(bào)》1923年第14卷第3期）、《關(guān)于�？薄罚ā稌r(shí)事新報(bào)·學(xué)燈》1946年6月14日）、《關(guān)于〈馬氏文通〉》（《復(fù)旦》月刊1959年第3期）、《〈語(yǔ)言文字研究專(zhuān)輯（上）〉前言》（《中華文史論叢》增刊，上海古籍出版社，1982年）、《關(guān)于傳統(tǒng)語(yǔ)言文字學(xué)的問(wèn)題》（《語(yǔ)文論叢》第2輯，上海教育出版社，1983年）、《古音研究中的幾個(gè)問(wèn)題》等。

作為語(yǔ)言文字學(xué)家，他同時(shí)又是一位文史學(xué)家。這從他的許多兼有語(yǔ)言和文學(xué)研究?jī)?nèi)容的著作中可見(jiàn)一斑。著有《整理國(guó)故問(wèn)題》（1922年）、《駁〈旁觀者言〉》（1922年）、《駁〈又一旁觀者言〉》（1922年）、《重新估定國(guó)故學(xué)的價(jià)值》（1924年）、《對(duì)于舊體詩(shī)的我見(jiàn)》（1921年）、《論文字的繁簡(jiǎn)》（1934年）、《近百年來(lái)的文藝思潮》（其中王國(guó)維、章炳麟兩章論述了語(yǔ)言學(xué)中的詞匯問(wèn)題）（《學(xué)林》開(kāi)明書(shū)店1940年第1-3輯）、《王國(guó)維學(xué)術(shù)思想評(píng)價(jià)》（《王國(guó)維學(xué)術(shù)研究論集》第1輯，華東師范大學(xué)出版社，1983年）等。

吳文祺先生的子女多，共有10個(gè)子女，所以盡管解放初期大學(xué)教授工資不低。但吳先生還一直處于窮困之中，每到月底，常常要向別人借錢(qián)來(lái)打發(fā)日子，他自身的衣服也穿得皺巴巴的。

當(dāng)時(shí)，稿費(fèi)標(biāo)準(zhǔn)較高，發(fā)表一篇長(zhǎng)文章，就可添置大家具，出一本書(shū)，就可購(gòu)買(mǎi)房子。當(dāng)時(shí)是有些靠作致富的人，而吳先生卻不為所動(dòng)。他雖然在語(yǔ)言上很有自己的見(jiàn)解，但文章卻寫(xiě)得很少。解放后30年間，他總共才發(fā)表過(guò)7篇文章。文革結(jié)束后，他已是望八之年了，卻“老夫聊發(fā)少年狂”起來(lái)，在短短幾年之內(nèi)，不但連發(fā)了10多篇文章，而且還在其父朱起風(fēng)遺留下的卡片的基礎(chǔ)上，整理出70萬(wàn)字的《辭通續(xù)編》來(lái)。究其原因，實(shí)在是解放初的政治變幻莫測(cè)，吳先生以少說(shuō)話來(lái)保全自己�？梢�(jiàn)當(dāng)初是非不能也，實(shí)不為也。

2018年5月，上海市社會(huì)科學(xué)界聯(lián)合會(huì)公布了首批“上海社科大師”人選名單，吳文祺當(dāng)選。