2004年7月任海軍裝備研究院政委；

2005年7月晉升海軍少將軍銜；

2008年7月任海軍試驗訓(xùn)練基地政委；

2011年6月任海軍政治部主任；

2013年7月海軍副政委。

2014年11月13日，馬發(fā)祥在北京因病逝世，終年61歲，其遺體在北京八寶山革命公墓火化，中央軍委委員、海軍司令員吳勝利等出席告別儀式。