教父哲學(xué)雖然在對待理性的態(tài)度上有不同的立場，但在信仰高于理性、理性必須服從信仰這一點上，教父們卻是完全一致的。在基督教哲學(xué)的歷史上，愛留根納第一個明確地提出信仰應(yīng)當(dāng)服從理性。對于哲學(xué)在探求真理方面的作用，他給予了極高的評價：“為了達到真正的、完善的知識，最勤奮、最可靠地探求萬物的終極原因的途徑就在于希臘人稱之為哲學(xué)的那門學(xué)科之中”。愛留根納并不否認圣經(jīng)和教父們的權(quán)威，但他認為對圣經(jīng)只能作諷喻的解釋，例如把圣父理解為創(chuàng)造的實體，理解為一切事物的本質(zhì)性，把圣子理解為上帝創(chuàng)造萬物所遵從的理智，把圣靈理解為創(chuàng)造的生命或生命力，這樣才能把上帝理解為三位一體。理性和啟示都是真理的來源，具有同等的權(quán)威，因而是不能互相矛盾的。愛留根納重申了教父哲學(xué)的命題“真哲學(xué)就是真宗教，真宗教就是真哲學(xué)”，但卻把強調(diào)的重心移向了哲學(xué)和理性。如果哲學(xué)與宗教、理性與信仰之間出現(xiàn)了矛盾，我們就應(yīng)當(dāng)服從理性。“即使權(quán)威產(chǎn)生自真正的理性，但反過來說，真正的理性卻從不產(chǎn)生自權(quán)威。因此，一切權(quán)威，只要它沒有被理性確證，就是相當(dāng)軟弱的，真正的理性依靠其內(nèi)在的威力不需要任何權(quán)威的支持”。

當(dāng)然，愛留根納的目的并不在于否定信仰，而在于使信仰具有理性，使信仰與理性取得一致。但他推崇理性、推崇思維的精神，在整個基督教哲學(xué)中卻是難能可貴的。

關(guān)于自然的區(qū)分的思想是愛留根納全部哲學(xué)思想的核心。在《論自然的區(qū)分》一書中，愛留根納一開始就對“自然”作出了規(guī)定�！白匀荒耸且话忝�稱，指的是全體存在的與不存在的”，是“心靈所能了解的或者超越心靈力量所能及的全部事物”。顯然，這里的自然是一個包羅萬象的最廣泛的概念。愛留根納首先區(qū)分了四種自然：（1）創(chuàng)造而非被創(chuàng)造的自然，它包括存在和不存在的一切的原因，指的就是上帝；（2）被創(chuàng)造又能創(chuàng)造的自然，它是眾多的創(chuàng)造的原因，指的是存在于上帝之中的諸理念，其統(tǒng)一就是邏各斯；（3）被創(chuàng)造而不能創(chuàng)造的自然，它是由于在時間和空間中產(chǎn)生出來而被認識的，指的是世界上的萬事萬物，是上帝理念的表現(xiàn)；（4）不創(chuàng)造又不被創(chuàng)造的自然，作為一切事物的終極目的，指的仍是上帝。這樣，萬物產(chǎn)生自上帝，又復(fù)歸于上帝。上帝創(chuàng)造萬物，無非是說上帝現(xiàn)存于萬物之中，上帝是一切存在的本質(zhì)。整個自然在上帝這里達到了統(tǒng)一。這種思想無疑為后世的泛神論洞開了門戶。

愛留根納的自然包括所有的存在與不存在。為了更深入地理解自然，愛留根納又提出了五種區(qū)分存在與不存在的方式。

第一種方式：理性以它為根據(jù)，要求一切可以清晰辨認的或超越感覺的，都可以隸屬于存在的范圍，而與此相反，那存在由于本性卓絕，不僅超于物質(zhì)即感性之外，而且超于純思維以及理性之外，卻又表現(xiàn)為不存在。所以，一方面，上帝是包羅萬象的存在；另一方面，就上帝超越理性來說，他又是不存在。事物就我們能夠認識其屬性而言，是存在；就我們對它們是什么以及為什么存在毫無所知而言，它們又是不存在。

第二種方式：作為物質(zhì)世界和每一區(qū)分的界限的每一個層次，連同它的緊接的較低層次，都可以通過令人驚奇的理解方式，視為存在和非存在。對某一層次的肯定，就是對另一層次的否定；反過來也是一樣�？隙ㄈ耸怯欣硇缘�、有死的、可以看見的創(chuàng)造物，就是否定天使是這樣的創(chuàng)造物；肯定天使是在上帝和事物的原因范圍里邊的真實的思維運動，就是否定人具有這樣的思維運動。

第三種方式：凡是根據(jù)在時間和空間里產(chǎn)生出來被形成了的物質(zhì)原因本身而被認識的，習(xí)慣上被稱之為存在；反之，凡是仍然內(nèi)含于自然深處，尚未成為被形成的物質(zhì)，或者還不在時間和空間里，并且還沒有由于某種機會成為可見的，習(xí)慣上被稱之為不存在。實現(xiàn)了的原因作為可見的現(xiàn)實就是存在，隱蔽的、尚未實現(xiàn)的原因則是不存在。但原因總是要表現(xiàn)為結(jié)果的，因而不存在總是要向存在轉(zhuǎn)化的。正是由這種原因和結(jié)果構(gòu)成了這整個世界的系列。

第四種方式：只有憑純思維認識的，才是真正的存在；相反，那些通過產(chǎn)生、通過物質(zhì)在時間和空間中的運動而延伸或收縮從而變化著、凝聚著或分解著的東西，只能說實際是不存在，這種看法適用于能夠發(fā)生、也能夠消滅的一切形體。常住不變的就是存在，變化的就是不存在。而只有常住不變的才是純思維的對象，因此純思維認識的才是真正的存在。

第五種方式：人是上帝按照自己的形象創(chuàng)造出來的。人犯了罪，從而背棄了上帝，背棄了上帝賦予自己的形象，喪失了自己的存在，就成為不存在。但當(dāng)人被引導(dǎo)恢復(fù)了先前的存在狀態(tài)，就又恢復(fù)了存在。這也就意味著，符合自身理念的就是存在，不符合理念的就是不存在。

愛留根納區(qū)分存在與不存在的五種方式，滲透著古希臘哲學(xué)的精神。尤其是巴門尼德、柏拉圖和亞里士多德等人的思想，顯然對他都有著巨大的影響。與此同時，他的存在學(xué)說又是為他的上帝觀服務(wù)的。上帝以及理念是萬物的本質(zhì)、原因和范型，只有上帝才是真正的存在。但另一方面，人們又只能通過上帝的創(chuàng)造物來認識上帝，因而上帝又是不存在。上帝是絕對不可理解的，甚至上帝也不理解自己。盡管如此，愛留根納把存在與不存在視為辯證的統(tǒng)一，視為一個運動、互相轉(zhuǎn)化的過程，顯示了較高的思辨水平，其中包含著不少合理的思想。

在愛留根納關(guān)于存在的學(xué)說中，人是一種特殊的存在。人是上帝按照自己的形象創(chuàng)造的，上帝在創(chuàng)造人的同時，把一切事物的觀念也置放在人的心中。因此，人自身就是一個小世界。人由于犯罪而失去了自己的存在，成為不存在，但人也可以通過恢復(fù)先前的狀態(tài)而重獲存在。所謂天堂和地獄，都不是具體的地點，都只不過是人的心靈狀態(tài)罷了。地獄是因犯罪而感到的痛苦，而天堂則是因德行而感到的幸福。由此出發(fā)，愛留根納又重復(fù)了奧里根的觀點：一切存在都是不死的，最終都將回歸到創(chuàng)造者上帝那里，甚至魔鬼也可以得救，只不過時間上稍遲一些而已。恩格斯在談到愛留根納的哲學(xué)思想時說道：“他的學(xué)說在當(dāng)時來說是特別大膽的；他否定u2018永恒的詛咒u2019，甚至對于魔鬼也如此主張，因而十分接近泛神論”。

在基督教思想占統(tǒng)治地位的年代里，愛留根納哲學(xué)中的自由思想無疑洋溢著一股清新的氣息，這也使它不容于教會正統(tǒng)。他的著作曾受到855年和859年兩次宗教會議的譴責(zé)，后世的教皇霍諾留斯甚至下令焚毀《論自然的區(qū)分》的全部抄本。865年，教皇尼古拉一世要求禿頭查理或者將愛留根納交付羅馬接受審判，或者將他逐出宮廷學(xué)校。只是由于禿頭查理的庇護，愛留根納才幸免于難。但在禿頭查理于877年去世后，愛留根納就不知所蹤了。傳說他作為修道院長被修士們謀殺，但迄今為止未曾證實。