1975年09月—1978年06月，在第三軍醫(yī)大學(xué)臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)就讀大學(xué)本科，并獲得醫(yī)學(xué)學(xué)士學(xué)位。

1978年09月—1981年06月，在第四軍醫(yī)大學(xué)內(nèi)科學(xué)消化系病專業(yè)攻讀碩士研究生，并獲得醫(yī)學(xué)碩士學(xué)位。

1981年01月—1990年01月，在第四軍醫(yī)大學(xué)西京醫(yī)院消化科工作。

1985年01月—1985年07月，在日本國(guó)立癌癥研究中心腫瘤免疫學(xué)專業(yè)學(xué)習(xí)深造。

1986年09月—1989年06月，在第四軍醫(yī)大學(xué)內(nèi)科學(xué)消化系病專業(yè)攻讀博士研究生，并獲得醫(yī)學(xué)博士學(xué)位。

1990年01月—1995年01月，擔(dān)任第四軍醫(yī)大學(xué)西京醫(yī)院消化科副主任、教授。

1991年03月—1992年03月，在比利時(shí)魯汶大學(xué)醫(yī)學(xué)專業(yè)學(xué)習(xí)深造。

1995年01月—2007年01月，擔(dān)任第四軍醫(yī)大學(xué)西京醫(yī)院全軍消化病研究所所長(zhǎng)。

1995年01月—2007年01月，擔(dān)任第四軍醫(yī)大學(xué)西京醫(yī)院消化科科主任。

2001年以來，組織召開了國(guó)際學(xué)術(shù)會(huì)議4次（2001年中歐消化系疾病研討會(huì)、2002年第六屆國(guó)際消化內(nèi)鏡會(huì)議、2004年第三屆中日癌癥研討會(huì)、第四屆中日癌癥研究協(xié)作研討會(huì)）。

2002年以來，應(yīng)全國(guó)各地的邀請(qǐng)，由他帶領(lǐng)該科6名教授組成的“微創(chuàng)技術(shù)講師團(tuán)”，足跡踏遍全國(guó)25個(gè)省市自治區(qū)、全軍17個(gè)不同軍兵種醫(yī)院，舉辦專題講座并作現(xiàn)場(chǎng)演示，深受同道歡迎。

2004年05月—2007年05月，擔(dān)任第四軍醫(yī)大學(xué)副校長(zhǎng)。

2005年，先后擔(dān)任中日交流峰會(huì)大會(huì)主席和韓國(guó)2005亞太消化病周（APDW）分會(huì)共同執(zhí)行主席。

2006年06月，任腫瘤生物學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室主任。

2007年05月—2012年12月，擔(dān)任第四軍醫(yī)大學(xué)校長(zhǎng)。

2008年09月，擔(dān)任亞太地區(qū)消化病學(xué)會(huì)常務(wù)理事兼國(guó)際事務(wù)委員會(huì)主席。

2010年06月—2018年06月，任中國(guó)工程院副院長(zhǎng)、黨組成員。

2017年07月，任國(guó)家教材委員會(huì)部門委員。

2018年03月，任第十三屆全國(guó)人民代表大會(huì)教育科學(xué)文化衛(wèi)生委員會(huì)委員。

消化內(nèi)科疾病診斷與治療、消化系統(tǒng)腫瘤診斷與治療。

全軍消化病研究所所長(zhǎng)

腫瘤生物學(xué)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室主任

國(guó)家臨床藥理基地主任

西京醫(yī)院消化內(nèi)科醫(yī)院院長(zhǎng)

國(guó)家藥物臨床試驗(yàn)機(jī)構(gòu)主任

中華消化學(xué)會(huì)主任委員

中華內(nèi)科學(xué)會(huì)副主任委員

中國(guó)抗癌協(xié)會(huì)理事

中國(guó)抗癌協(xié)會(huì)副理事長(zhǎng)

亞太胃腸病學(xué)會(huì)常務(wù)理事兼獎(jiǎng)勵(lì)委員會(huì)主席

中國(guó)醫(yī)師協(xié)會(huì)第三屆理事會(huì)常務(wù)理事

西安市醫(yī)師協(xié)會(huì)副會(huì)長(zhǎng)

陜西省醫(yī)師協(xié)會(huì)副會(huì)長(zhǎng)

中國(guó)中醫(yī)藥研究促進(jìn)會(huì)消化整合醫(yī)學(xué)分會(huì)名譽(yù)會(huì)長(zhǎng)

中國(guó)醫(yī)促會(huì)胃病專業(yè)委員會(huì)第四屆理事會(huì)名譽(yù)會(huì)長(zhǎng)

中華醫(yī)學(xué)會(huì)消化病學(xué)分會(huì)主任委員

先后擔(dān)任過國(guó)內(nèi)外25家醫(yī)學(xué)雜志的編委、副主編或主編

兼任過北京大學(xué)等69所大學(xué)的客座教授或名譽(yù)教授

2017年7月，樊代明任國(guó)家教材委員會(huì)部門委員。

2018年3月，樊代明當(dāng)選為第十三屆全國(guó)人民代表大會(huì)教育科學(xué)文化衛(wèi)生委員會(huì)委員。

先后承擔(dān)國(guó)家973首席科學(xué)家項(xiàng)目、863項(xiàng)目、攻關(guān)項(xiàng)目、重大新藥創(chuàng)制、自然科學(xué)基金、工程院重大咨詢項(xiàng)目等課題，主要課題如下：

蛋白糖基化修飾在胃癌多藥耐藥中特征性改變及其作用機(jī)制研究

miR-499-5p-FOXO4-miR-185軸調(diào)控結(jié)腸癌EMT和轉(zhuǎn)移的機(jī)制研究

miRNA及其相關(guān)分子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)在胃癌耐藥中的作用及機(jī)制研究

ZNRD1一個(gè)調(diào)控腫瘤血管生成的新分子的功能研究

胃癌轉(zhuǎn)移相關(guān)分子群的表型篩選和功能鑒定

胃癌多藥耐藥相關(guān)分子群的網(wǎng)絡(luò)調(diào)控及耐藥標(biāo)志與逆轉(zhuǎn)劑篩選

胃癌多藥耐藥新基因克隆、結(jié)構(gòu)與功能分析及其應(yīng)探索

胃癌多藥耐藥性及血管抑制療法的分子基礎(chǔ)

長(zhǎng)期從事消化系疾病的臨床工作及基礎(chǔ)研究工作，特別是學(xué)成歸國(guó)后以胃癌的基礎(chǔ)和臨床研究為主攻方向，做出突出成績(jī)：①應(yīng)用淋巴細(xì)胞雜交技術(shù)建立多株特異性強(qiáng)、免疫活性高的胃癌單克隆抗體細(xì)胞系，并應(yīng)用現(xiàn)代免疫學(xué)方法從胃癌細(xì)胞中發(fā)現(xiàn)4種新的腫瘤抗原，命名為MGAgs，用以檢測(cè)人體組織、血液、胃液或腹水中的這類抗原，對(duì)胃癌的早期診斷和定性診斷有重要應(yīng)用價(jià)值，受到了國(guó)際同行臨床應(yīng)用驗(yàn)證和肯定。②應(yīng)用細(xì)胞工程及免疫學(xué)技術(shù)加以改進(jìn)，研制成功10種針對(duì)MGAgs的胃癌單抗，其特異性強(qiáng)、靈敏度高。用細(xì)胞工程與基因工程技術(shù)相結(jié)合，研制出胃癌血清學(xué)診斷——免疫PCR技術(shù)，開創(chuàng)了胃癌特異性血清學(xué)診斷的先例，提高了胃癌的血清診斷陽性率，并可檢出部分早期胃癌，該項(xiàng)成果獲得了國(guó)家專利、國(guó)家新藥證書及生產(chǎn)文號(hào)。③率先建立4個(gè)胃癌耐藥細(xì)胞系，從中發(fā)現(xiàn)一個(gè)新的耐藥分子，命名為MGr-Ag，克隆成功其基因序列并被GenBank收錄。④發(fā)現(xiàn)MGAgs在癌細(xì)胞膜上的密度（數(shù)量）與局部免疫活性細(xì)胞的總數(shù)，各亞群的比值及其布態(tài)明顯相關(guān)，且能激發(fā)人體明顯的抗瘤及抗轉(zhuǎn)移反應(yīng)。⑤應(yīng)用基因重組技術(shù)建立多種針對(duì)胃癌抗原的特異性疫苗，并在胃癌的基礎(chǔ)研究中獲重大進(jìn)展，引起國(guó)際同行關(guān)注。此外，他還首先研制成功針對(duì)骨形成蛋白生物活性位點(diǎn)的單克隆抗體，為骨創(chuàng)傷及某些骨病的研究提供了新手段。

2008年，在“胃癌惡性表型相關(guān)分子群的發(fā)現(xiàn)及其序貫預(yù)防策略的建立和應(yīng)用”方面的研究而獲得國(guó)家科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)，獲得國(guó)家發(fā)明專利27項(xiàng)，實(shí)用新型專利13項(xiàng)，國(guó)家新藥證書1項(xiàng)。他所帶領(lǐng)的西京醫(yī)院消化內(nèi)科在發(fā)現(xiàn)胃癌新抗原MGAgs，制備其抗體，克隆其基因，特別是用其建立了先進(jìn)的胃癌早期診斷方法等方面做出了令國(guó)際上注目的研究成果。期間，樊代明院士首次提出了胃癌“三級(jí)四步”序貫預(yù)防策略，指導(dǎo)了胃癌預(yù)防工作的開展，建立了胃癌血清免疫診斷方法，只需一滴血便可檢出早期胃癌，被同業(yè)譽(yù)為“滴血斷胃癌”，提升了中國(guó)胃癌早期診斷的水平。2008年西京醫(yī)院將胃腸外科與消化內(nèi)科合并，建成西京消化病�？漆t(yī)院。2014年6月，西京消化病醫(yī)院以第一名獲批消化系疾病國(guó)家臨床醫(yī)學(xué)研究中心。

樊代明在近30年的醫(yī)療、教學(xué)、科研、管理工作中，始終勤奮工作，艱苦奮斗，不僅學(xué)術(shù)造詣深厚，臨床經(jīng)驗(yàn)豐富，科研能力卓越，工作作風(fēng)嚴(yán)謹(jǐn)，管理能力突出，在學(xué)科建設(shè)和人才培養(yǎng)上碩果累累。他先后診斷出世界第14例、中國(guó)第1例嗜紅細(xì)胞性淋巴瘤，世界第8例、中國(guó)第1例胰管、膽管血管瘺并上消化道頻繁出血，是首批國(guó)家優(yōu)秀中青年人才專項(xiàng)基金及國(guó)家杰出青年基金的獲得者，首批創(chuàng)新研究群體學(xué)術(shù)帶頭人，全國(guó)最好25個(gè)專科領(lǐng)路人之一。

培養(yǎng)研究生共173名，其中獲全國(guó)優(yōu)秀博士論文5名，獲全軍優(yōu)秀博士論文10名，獲陜西省優(yōu)秀博士論文6名。

以第一作者或通訊作者發(fā)表論文260余篇，其中在國(guó)外雜志發(fā)表論文163篇，包括Nature Clinical Practical Oncology、Lancet、Faseb Journal等，最高影響因子達(dá)25.8分。

個(gè)人多次獲得國(guó)家和軍隊(duì)的獎(jiǎng)勵(lì)和肯定，曾獲軍隊(duì)科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)。

1991年，獲國(guó)務(wù)院學(xué)位委員會(huì)“全國(guó)做出突出貢獻(xiàn)的中國(guó)博士學(xué)位獲得者”。

1992年，獲中國(guó)科協(xié)“中國(guó)青年科技獎(jiǎng)”并光榮當(dāng)選中共十四大代表。

1993年，獲國(guó)家衛(wèi)生部“全國(guó)首屆百名醫(yī)學(xué)科技之星稱號(hào)”。

1994年，被國(guó)家人事部批準(zhǔn)為“國(guó)家有突出貢獻(xiàn)的中青年專家”。

1995年，入選國(guó)家“百千萬人才工程”第一層次人選。

1996年，被國(guó)家科委等八部委聯(lián)合授予“中國(guó)青年科學(xué)家獎(jiǎng)”并榮獲總后勤部首批科技金星。

1997年，被中組部授予“全國(guó)優(yōu)秀共產(chǎn)黨員”稱號(hào)。

1998年，獲中國(guó)科協(xié)“求是實(shí)用工程獎(jiǎng)”。

2000年，被國(guó)家自然基金委批準(zhǔn)為首批創(chuàng)新研究群體學(xué)術(shù)帶頭人。

2001年，當(dāng)選中國(guó)工程院院士。

2002年，獲“全軍專業(yè)技術(shù)重大貢獻(xiàn)獎(jiǎng)”。

2003年，獲“全國(guó)回國(guó)人員杰出成就獎(jiǎng)”。

2006年，獲總后勤部“伯樂獎(jiǎng)”。

2008年，由樊代明帶領(lǐng)的研究團(tuán)隊(duì)由于在“胃癌惡性表型相關(guān)分子群的發(fā)現(xiàn)及其序貫預(yù)防策略的建立和應(yīng)用”方面的研究而獲得國(guó)家科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)。

2009年1月，獲得中國(guó)科學(xué)技術(shù)一等獎(jiǎng)。

2010年，榮獲年度陜西省科學(xué)技術(shù)最高成就獎(jiǎng)。

2013年06月，受聘為南開大學(xué)榮譽(yù)教授。

2013年10月，當(dāng)選為美國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院外籍院士。

2017年6月23日，樊代明獲科學(xué)中國(guó)人2016年度人物之杰出大學(xué)校長(zhǎng)獎(jiǎng)。