隋將張須陀進(jìn)攻瓦崗，邴元真和王當(dāng)仁等設(shè)伏將其擊敗，張須陀和部下樊虎、唐萬(wàn)仁等戰(zhàn)死，秦瓊和羅士信歸降瓦崗。邴元真在此戰(zhàn)后地位大增，后逐漸發(fā)展為瓦崗軍中的一名核心將領(lǐng)。之后瓦崗軍內(nèi)部矛盾爆發(fā)，李密在宴會(huì)上設(shè)伏殺死了翟讓，邴元真和單雄信、徐世勣也差點(diǎn)死于宴會(huì)廳，他們開(kāi)始對(duì)李密不滿。李密成為瓦崗軍的首領(lǐng)之后，邴元真被任命為書(shū)記，并鎮(zhèn)守洛倉(cāng)。盤(pán)踞洛陽(yáng)的王世充素來(lái)和李密有矛盾，于是派人離間邴元真等人和李密的關(guān)系。李密對(duì)待瓦崗軍翟讓舊部很不留情面，因此邴元真和羅士信等中了離間計(jì)，暗中歸降了王世充。唐朝武德元年王世充與李密交戰(zhàn)于邙山，李密不敵后撤。此時(shí)邴元真在洛倉(cāng)開(kāi)城投降，導(dǎo)致李密的軍隊(duì)失去了重要的據(jù)點(diǎn)和糧倉(cāng)，士氣大潰，最終瓦崗軍被王世充徹底擊敗。王世充非常優(yōu)待邴元真，任命其為滑州行臺(tái)仆射。濮州刺史杜才干也是李密的舊將，他怨恨邴元真的叛變，于是率人到滑州，騙邴元真出城，將他襲殺，之后降唐。邴元真的首級(jí)被杜才干帶到李密的墳?zāi)骨凹赖炖蠲堋?/p>