南宮檍于1863年（ 朝鮮哲宗14年）生于漢城。父名南宮泳，朝廷武官，曾任中樞府 都事。自幼精通 漢學(xué)。1883年（ 朝鮮高宗20年）在朋友父親的幫助下就讀于官立英語學(xué)校“同文學(xué)”，翌年以優(yōu)異成績畢業(yè)，成為 穆麟德的見習(xí)生。1886年任內(nèi)衙門部 主事，成為朝鮮末年最早的 英語翻譯官，負(fù)責(zé)為高宗翻譯。1887年作為全權(quán)大使趙民熙的隨行書記官踏上了巡訪 英國、 俄羅斯、 德國的旅程，使團(tuán)途徑 上海，但行至 香港時(shí)受到清政府阻撓，在港滯留了兩年后被召回。1889年自港回國后被任命為宮內(nèi)府別軍職，受到了高宗的寵愛。1893年任漆谷府使，成功抵御了 東學(xué)軍的進(jìn)攻，從而獲得了朝廷的信任。1895年任 甲午更張內(nèi)閣的宮內(nèi)府土木局長，受到重用，筑造了 塔洞公園，整修了漢城 鐘路、貞洞一帶及 六曹正門和 南大門之間的道路，并開始涉足教育界，兼任朝鮮近代最早的私立學(xué)校之一興化學(xué)校教師，教授 英語語法和國史。

1896年2月“ 俄館播遷”后，南宮檍辭去了官職。同年7月和 徐載弼、 李商在共同創(chuàng)建 獨(dú)立協(xié)會，當(dāng)選為首席總務(wù)兼協(xié)會中央委員、書記、司法委員、評議員等職，成為高層領(lǐng)袖，同時(shí)參加了協(xié)會機(jī)關(guān)雜志《大朝鮮獨(dú)立協(xié)會會報(bào)》的發(fā)行。

1898年9月與羅壽淵、 柳瑾等創(chuàng)建《皇城新聞》，南宮檍任首任社長，積極支援國民啟蒙與獨(dú)立協(xié)會的活動。作為獨(dú)立協(xié)會的領(lǐng)袖，南宮檍堅(jiān)決主張大力施行改革，將 大韓帝國的國體由專制君主制改為 君主立憲制并設(shè)立議會，因此在當(dāng)年11月同17名領(lǐng)導(dǎo)者一同被捕入獄。獨(dú)立協(xié)會被解散后，1900年7月，南宮檍因在《皇城新聞》上撰文刊登日本和俄羅斯的“滿韓交換論”，揭露了日本和俄羅斯侵略 韓國的野心并發(fā)表了號召警惕心的評論而被警務(wù)廳拘禁。1902年5月，南宮檍因?yàn)樵凇痘食切侣劇飞习l(fā)表社論，抨擊了日本自1894年 甲午農(nóng)民戰(zhàn)爭以來一面侵略朝鮮，一面與 俄國締結(jié)俄日協(xié)定的侵略本性，而同報(bào)社總務(wù)羅壽淵再次被警務(wù)廳拘捕，遭受4個月的嚴(yán)刑拷問后始獲釋。出獄后辭去了《皇城新聞》社長職務(wù)。

1905年3月，經(jīng)高宗苦勸，南宮檍再度出山，任星州牧使。任內(nèi)雖然廣施善政，終因日本于當(dāng)年11月武力脅迫高宗締結(jié)《 乙巳保護(hù)條約》，憤而辭官歸京。1906年2月再任 江原道 襄陽 郡守，上任伊始即參加 朝鮮愛國文化啟蒙運(yùn)動，于1907年7月在襄陽的東軒（地名）后山創(chuàng)辦中等教育機(jī)構(gòu)—— 峴山學(xué)校，身體力行救國教育，培養(yǎng)青年。1907年，因日本以 海牙密使事件為借口，強(qiáng)迫高宗禪位并簽訂丁未七條約，全面強(qiáng)化其侵略政策，南宮檍再次辭官上京，于同年11月與權(quán)東鎮(zhèn)、呂炳鉉、 柳瑾、李宇榮、吳世昌、尹孝定、 張志淵、鄭云復(fù)、洪弼周等人共同創(chuàng)建大韓協(xié)會，南宮檍自任會長，全面開展 朝鮮愛國文化啟蒙運(yùn)動，并發(fā)行機(jī)關(guān)志《大韓協(xié)會月報(bào)》和《大韓民報(bào)》。1908年4月南宮檍創(chuàng)立江原道地區(qū)的愛國文化啟蒙運(yùn)動團(tuán)體——關(guān)東學(xué)會并自任會長，熱心指導(dǎo)江原道的興學(xué)事業(yè)，發(fā)行 朝鮮文教育救國運(yùn)動雜志《教育月報(bào)》。1910年8月日本吞并韓國，南宮檍認(rèn)為必須投入新世代教育的現(xiàn)場，同年10月起任漢城培花學(xué)堂教師共9年，親自編寫并教授《 家庭教育》、《新編 諺文體法》等教科書，培養(yǎng)愛國女性。1912年又兼任尚洞青年學(xué)院院長，致力于鼓吹獨(dú)立思想、普及愛國歌辭、創(chuàng)造普及韓文書寫體等事業(yè)。

1918年南宮檍由于健康狀況惡化，聽從親友的勸告辭職離開漢城，返回祖先故里江原道 洪川郡西面 牟谷。1919年9月在故鄉(xiāng)江原道 洪川郡 牟谷創(chuàng)辦牟谷學(xué)校，修造 無窮花 苗圃，種植國花無窮花，對青年進(jìn)行民族獨(dú)立和反日教育，在全國展開無窮花的普及運(yùn)動。同時(shí)，創(chuàng)作愛國頌歌，在全國的教會和 基督教學(xué)校中普及。1933年因組織基督教系統(tǒng)的秘密結(jié)社“十字黨”、創(chuàng)作《無窮花之歌》和主編朝鮮歷史教科書事件被日本警察逮捕入獄8個月。1934年因顧及其年老患病獲釋，出獄后不久即因酷刑拷問的余毒而逝世。1977年，南宮檍被追授建國勛章國民章。

教育思想主要為：教育青年愛祖國，愛民族，爭取獨(dú)立； 教師和指導(dǎo)者應(yīng)率先示范，將通過 實(shí)踐和 行動進(jìn)行教育作為完成人格的最高目標(biāo)；主張培養(yǎng)大膽而寬厚的性格；培養(yǎng)堅(jiān)韌不拔的意志等。

南宮檍的著作主要有《東史略》、《話說朝鮮》、《 家庭教育》、《朝鮮語補(bǔ)充》、《新編 諺文體法》、《朝鮮語文法》等，特別是他創(chuàng)作的歌詞《無窮花東山（即無窮花花園之意）》、《大雁之歌》、《朝鮮之歌》、《運(yùn)動家》、《朝鮮地理歌》等都成為了新文化輸入期的著名歌曲，在民間廣為流行。