不久，蒙古杜格拉特部貴族薩伊德·馬黑麻乘烏茲別克人內(nèi)亂之機，占據(jù)了費爾干納 地區(qū)(今鳥茲別克斯坦境內(nèi))。他感到自己勢單力薄，不足以統(tǒng)治境內(nèi)眾多的烏茲別克人 ，便向巴布爾求援。巴布爾就讓賽依德前往支援。賽依德于1511年來到安集延城(今烏茲 別克斯坦境內(nèi))，趁此機會他募集了一支武裝力量，著手發(fā)展自己的實力。 賽依德認為 費爾干納谷地地域狹小，而烏茲別克人的嚴重威脅又難以去除，便想到別的地方去另謀 發(fā)展。他選中了喀什地區(qū)。當時統(tǒng)治 喀什地區(qū)的是杜格拉特部首領阿巴伯克爾，他當政 40多年，盡失民心。

1514年，賽依德帶領部屬和家眷告別了費爾干納，來到了阿圖什。他親自率領4700名 士兵直撲喀什噶爾城(今喀什)，久攻未克，轉而襲取英吉沙；經(jīng)過五天五夜的激戰(zhàn)，迫使英吉沙守將投降。 占領英吉沙后，賽依德正準備回師再取喀什，得到探報：喀什守軍已經(jīng)棄城而逃了。于是，賽依德便率領軍隊直接向阿巴伯克爾鎮(zhèn)守的葉爾羌(今莎車)城 而去。

阿巴伯克爾招募了一些由農(nóng)民、市民、工匠組成的軍隊，有的甚至還不會騎馬，這使他十分沮喪。不久，傳來了英吉沙、喀什失守的消息。阿巴伯克爾留下兒子守衛(wèi)葉爾羌，自己卻帶著財寶逃往和田，后來被俘殺于昆侖山區(qū)。他的兒子在他走后也逃之夭夭。

賽依德不費一兵一卒，就輕而易舉地占領了喀什和葉爾羌；后來他 又派兵先后攻占了 和田和阿克蘇。這樣， 塔里木盆地西南部就全部落在賽依德的掌握之中了。

1514年9月，賽依德登上汗位，以 葉爾羌為都城，歷史上稱之為 葉爾羌汗國。