小田原城攻擊時奮戰(zhàn)的秀久圖由于秀久出色的筑城能力，在文祿之役的時候，被派往兵站據(jù)點肥前名護屋城擔當筑城工作。文祿元年（1592），敘回原官位從五位下越前守。文祿3年（1594）俸祿升至5萬7千石，并參加伏見城的筑城工事。據(jù)說當時有名的盜賊石川五右衛(wèi)門就是在這個時候被秀久逮捕的。（正規(guī)的說法是前田玄以逮捕的）

在慶長5年（1600）的關原之戰(zhàn)中，秀久從屬于德川秀忠隊，與秀忠一起被真田昌幸所固守的上田城所阻，參加關原之戰(zhàn)遲到，秀久努力地為秀忠的遲到向震怒的家康謝罪。秀忠擔任將軍之后，因此特別重用仙石秀九。

秀久從秀吉處拜領金扇時的場面

慶長19年（1614）5月6日，仙石秀九逝于小諸城，享年63歲。法號寶譽道樹圓覺院。仙石家的名聲一直到明治維新時代還一直延續(xù)著。

與眾多戰(zhàn)國名將相比，仙石秀九顯然是比較另類的一位，他因為打敗仗逃跑而名聲大振�？v觀仙石秀九一生中兩場大戰(zhàn)，均已慘敗告終。然而，這兩場戰(zhàn)役的對手，長宗我部元親與島津兄弟，都是戰(zhàn)國時期頂尖的武將，就算是一流名將碰到他們也不一定能打勝戰(zhàn)，在加上兵力相差懸殊，大敗是個正常的結(jié)果。因此我們只能說，仙石秀九不是一位杰出的武將，但絕不是一個庸才。秀久這種一次次從逆境中強力反彈，就像鳳凰火中重生，加上他在筑城方面的杰出才能，注定了他能將名字長留于歷史長河中。