1901年（光緒二十七年），朱瑞肄業(yè)于海鹽秀水學(xué)堂。1903年入南京南洋陸師學(xué)堂。1905年（光緒三十一年），朱瑞自陸師學(xué)堂畢業(yè)，此后歷任浙江督練公所參謀處差遣，后來任新軍步隊(duì)第二標(biāo)執(zhí)事官，協(xié)同標(biāo)統(tǒng)蔣尊簋創(chuàng)設(shè)浙江弁目學(xué)堂。

朱瑞與革命派思想產(chǎn)生共鳴，于1906年（光緒三十二年）加入光復(fù)會(huì)，并參加了中國(guó)同盟會(huì)的活動(dòng)。朱瑞參加了秋瑾的革命活動(dòng)，1907年（光緒三十三年）秋瑾被處決，朱瑞受到懷疑，為逃避浙江省當(dāng)局的追究而逃走。

1909年（宣統(tǒng)元年），朱瑞到安徽省擔(dān)任安徽督練公所參謀處提調(diào)兼測(cè)繪學(xué)堂監(jiān)督。1910年（宣統(tǒng)二年），浙江陸軍第二十一鎮(zhèn)成立，朱瑞回到浙江省任步隊(duì)營(yíng)管帶。后來任陸軍第二十一鎮(zhèn)第81標(biāo)代標(biāo)統(tǒng)，駐杭州郊區(qū)筧橋。

1911年（宣統(tǒng)三年）11月4日，為了響應(yīng)武昌起義，革命派在浙江省發(fā)動(dòng)革命。朱瑞率軍攻占軍械局，光復(fù)杭州。不久，滬軍都督陳其美發(fā)出進(jìn)攻南京的指令，朱瑞擔(dān)任浙軍援蘇支隊(duì)司令，參加進(jìn)攻，擊敗清軍。12月3日，占領(lǐng)南京。朱瑞被任命為浙軍第1鎮(zhèn)統(tǒng)制官，駐扎南京。

1912年（民國(guó)元年）1月南京臨時(shí)政府成立，統(tǒng)一軍制，朱瑞任陸軍第六師師長(zhǎng)。同月，朱瑞參加黎元洪領(lǐng)導(dǎo)的民社。不久，朱瑞明確表態(tài)支持袁世凱。4月，臨時(shí)政府遷至北京。同月，朱瑞回到浙江省，升為第五軍軍長(zhǎng)。5月，民社同其他政治團(tuán)體合并為共和黨，朱瑞參加。

當(dāng)時(shí)，浙江省的軍人同曾留學(xué)日本的學(xué)生組成的集團(tuán)，與江南陸師、保定速成學(xué)校畢業(yè)生組成的集團(tuán)間發(fā)生對(duì)立。朱瑞被后一集團(tuán)擁立，當(dāng)時(shí)的浙江都督蔣尊簋（留學(xué)日本學(xué)生）被迫辭職。7月23日，朱瑞被袁世凱正式任命為浙江都督。

1913年（民國(guó)二年）二次革命中，朱瑞發(fā)表中立宣言，既不協(xié)助革命派，又不積極討伐。由此，受到袁世凱猜疑，以后朱瑞乃積極支持袁。1914年（民國(guó)三年）6月30日，獲封興武將軍、督理浙江軍務(wù)。朱瑞很早就積極支持袁世凱稱帝。1915年（民國(guó)四年）12月12日袁世凱稱帝，朱瑞獲封一等侯。

護(hù)國(guó)戰(zhàn)爭(zhēng)爆發(fā)后，朱瑞的態(tài)度有所變化。1916年（民國(guó)五年）3月，馮國(guó)璋、朱瑞、湯薌銘、李純、靳云鵬五將軍共同發(fā)出促進(jìn)袁世凱取消帝制的密電。后來隨著事態(tài)進(jìn)展，朱瑞無論如何也未能做到旗幟鮮明，打算發(fā)表“中立”宣言。由于他的態(tài)度曖昧，和浙江省內(nèi)各界支持護(hù)國(guó)軍的輿論未能保持一致。4月12日，呂公望等護(hù)國(guó)軍支持派發(fā)動(dòng)政變，浙江討袁軍第2旅旅長(zhǎng)童葆暄率眾圍攻浙江將軍署，朱瑞逃往上海。

此后，朱瑞肺病惡化，前往天津后，于1916年8月3日逝世，享年34歲。