吳根耀1968年12月畢業(yè)于北京大學地質(zhì)系，之后在湖北從事煤田地質(zhì)和采礦工作。1978年考取著名大地構造學家張文佑先生的研究生，于1981年10月和1985年12月先后獲得理學碩士和理學博士學位。1996年聘為研究員，1997年批準為博士生導師。1980-1999年間在川滇藏桂地區(qū)從事盆地、造山帶和礦產(chǎn)的研究工作，期間還在江西、福建等地做過調(diào)查，1994年獲中國科學院自然科學一等獎。2000年起主要在塔里木、東北和華東等地進行“盆”“山”耦合的研究。2009年5月退休，退休時單位：中國科學院地質(zhì)與地球物理研究所。

大地構造學家，研究領域涉及早前寒武紀地質(zhì)演化、大陸裂谷和造山帶。90年代在華南研究特提斯造山帶，探討造山作用與盆地演化間的統(tǒng)一運動學過程和動力學機制，逐步形成在造山帶地區(qū)以活動論為指導開展地層工作的理論和方法：造山帶地層學；從動態(tài)的過程分析的角度研究盆地的發(fā)育，從“盆”、“山”耦合和脫耦的角度分析油氣的聚集和保存；從羅迪尼亞超大陸的聚合一裂解和岡瓦納大陸的離散一再拼合的視角重新認識中國及鄰區(qū)大陸的大地構造特征。

已出版《Structural Geolosy of the Cent tralSector of the Hengduan Mountains》和《造山帶地層學》。發(fā)表學術論文110篇，科普文章近20篇。代表性論著有《tefhyan evoln tion in South China and its enliven》envinonv曾協(xié)助張文佑教授完成傳世遺著《斷塊構造導論》，參加《滇川西部古特提斯造山帶》等6部專著的撰寫，合編有《張文佑文集》。