1998年，健力寶隊回國解散，鮑文杰被火車頭體協(xié)租借到四川全興。1999年，他轉(zhuǎn)會到深圳平安，獲得了相當(dāng)多的出場機(jī)會，但是卻在最后一輪聯(lián)賽對陣四川全興的比賽中被原隊友鄒侑根鏟斷了左膝十字韌帶，徹底改變了其職業(yè)生涯。此后數(shù)年內(nèi)，他始終未能從傷病中恢復(fù)，雖然曾經(jīng)被上海浦東摘牌，但是很快又因為傷病被退回。

2003年，鮑文杰遠(yuǎn)赴新加坡聯(lián)賽，但是不久發(fā)生了新麒俱樂部與球員的糾紛。鮑文杰返回中國，就此退役，當(dāng)時尚未滿24歲。