初為廣寧衛(wèi)諸生。天命七年（1622），清太祖努爾哈赤取廣寧衛(wèi)，楊方興隨眾來歸。

清太宗時(shí)，命直內(nèi)院，并參與修撰《太祖實(shí)錄》。崇德元年（1636），分內(nèi)院學(xué)士、舉人、生員為四等，楊方興列二等，以實(shí)錄告成，賜賚，旋試列舉人，授佐領(lǐng)銜，擢內(nèi)秘書院學(xué)士。

崇德七年（1642），楊方興性嗜酒，曾醉后犯蹕，以醉后騎馬沖突儀仗罪，論死，特命免之，命戒酒。

崇德八年（1643），同戶部啟心郎布丹齎勅往朝鮮申嚴(yán)禁令。

順治元年（1644），隨清軍入關(guān)。七月，授河道總督。明朝崇禎年間，李自成決河灌開封城，其后屢決屢塞，賊勢浸張，土寇群起，兩岸防守久廢，順治帝命工部遴員察勘馳奏，令楊方興修理。伏秋汛發(fā)，北岸小宋口、曹家寨堤潰，河水漫曹縣、單縣、金鄉(xiāng)、魚臺四縣，自蘭陽入運(yùn)河，田產(chǎn)盡沒。楊方興到任，遣兵捕治土寇，掃穴擒渠，乃疏請修筑。

順治二年（1645）七月，河決流通集，分兩道入運(yùn)河，運(yùn)河受河水淀濁淤塞，下流徐、邳、淮、揚(yáng)亦多沖決。楊方興以防護(hù)無功自劾，上諭以殫力河防，不必引咎。旋疏薦大梁道李芳蘊(yùn)為睢陳道，原兗西道章于天為兗西道，密云道方大猷為管河道。

順治四年（1647），流通集決口將合，河下注湍激，又決汶上入獨(dú)山湖。楊方興請修筑通濟(jì)閘上下堤岸，并淮安東北蘇淤、馬羅等堤，又筑江都、高郵諸石堤，流通集合口。

順治六年（1649），晉升兵部尚書銜。

順治七年（1650），加太子少保。八月，河決荊隆口，南岸出單家寨，北岸出朱源寨。南岸先合，河全注北岸，張秋以下堤盡潰，自大清河?xùn)|入海。楊方興用方大猷議，於上游筑長縷堤遏其勢，復(fù)筑小長堤塞決口，期半年蕆事。

順治九年（1652），楊方興以目疾復(fù)乞休，不許，汴河工成，賜楊方興及在事各員鞍馬、白金。荊隆決口未合者尚三十余丈，方大猷擢江南按察使，楊方興請以新銜留管河務(wù)。楊方興疏言：“清口，淮、黃交匯，黃強(qiáng)淮弱，歲需疏濬。請於清江、通濟(jì)二閘適中處修復(fù)福興閘，啟一閉二，以時(shí)蓄泄�！睆闹�。給事中許作梅、御史楊世學(xué)、陳棐交章請勘九河故道，導(dǎo)河北流入海。楊方興言：“河古今同患，而治河古今異宜。宋以前治河，但令赴海有路，可南亦可北。元、明迄我清，東南漕運(yùn)，自清口迄董家口二百馀里，藉河為轉(zhuǎn)輸，河可南必不可北。若欲尋禹舊跡，導(dǎo)河北行，無論漕運(yùn)不通，恐決出之水東西奔蕩，不可收拾。勢須別筑數(shù)千里長堤，較之增卑培薄，難易顯然。且河挾沙以行，束之為一，則水急沙流；播之為九，則水緩沙壅。數(shù)年后河仍他徙，何以濟(jì)運(yùn)？臣愚以為河不能無決，決而不筑，司河者之罪；河不能無淤，淤而不濬，亦司河者之罪。若欲保其不決不淤，誰敢任之？請敕下廷議，定畫一之規(guī)，屏二三之說，俾有所遵守�！笔枞�，上嘉納焉。

順治十年（1653），河決大王廟，距朱源寨口不遠(yuǎn)。給事中周體觀彈劾楊方興治河罔效，楊方興疏辨，因請罷斥，溫詔慰留。

順治十一年（1654），給事中林起龍復(fù)劾楊方興侵蝕工需，累民捐費(fèi)至六十馀萬；并劾方大猷等奸貪不法。上解楊方興任，命入都質(zhì)對，林起龍以誣譴，楊方興復(fù)任。既，直隸總督李蔭祖復(fù)劾方大猷貪婪誤工，楊方興亦劾方大猷，上以其不先舉發(fā)，切責(zé)之。給事中董篤行又劾楊方興徇庇，降級留任。

順治十四年（1657），乞休，上念其勞，以原官加太子太保致仕。楊方興還京師，所居僅蔽風(fēng)雨，布衣蔬食，四壁蕭然。

康熙四年（1665），卒，賜祭葬。

《清史稿》：明治河諸臣，推潘季馴為最，蓋借黃以濟(jì)運(yùn)，又借淮以刷黃，固非束水攻沙不可也。方興（楊方興）、之錫（硃之錫）皆守其成法，而輔（靳輔）尤以是底績。