明朝洪武初年，神策門始建。根據(jù)明史記載，神策門在軍事防守上地位相當(dāng)重要，由朱元璋的軍師宰相劉伯溫親自勘察籌劃建造，充分體現(xiàn)了因地制宜，在不同地段、不同環(huán)境條件下采取不同方法的筑城思想。

明朝洪武九年（1376年），神策門建成，因該地駐扎著精銳禁軍“神策衛(wèi)”而命名為神策門，建成后明朝政府便置千戶所在此駐守。

清朝順治十六年（1659年）六月，民族英雄鄭成功帶著重奪明朝江山的信心，揮師北上直至南京，鄭軍駐扎在神策門一帶準(zhǔn)備攻城。結(jié)果清軍在鄭成功麻痹之際夜出神策門，擊破鄭軍，鄭成功無(wú)奈只好退回廈門。隨后清廷便將神策門改名“得勝門”。

清朝同治二年（1863年）九月，神策門成為清軍進(jìn)攻太平軍的重點(diǎn)地區(qū)之一，當(dāng)時(shí)神策門附近城墻兩次被炸塌，但太平軍將士固守甕城，將清軍擊潰。軍的第一次攻城發(fā)生在神策門，太平軍的張繼賡數(shù)度謀反，結(jié)果被捉，他的同謀就伙同清軍準(zhǔn)備里應(yīng)外合攻入神策門。但是太平軍及時(shí)組織防守，用大型木樁和鐵鏈加固神策門的防御工事。清軍只得撤退，并在撤退之前將神策門外的一條商業(yè)街付之一炬。直至同治三年太平軍終因?qū)嵙Σ粷?jì)，神策門等地段才相繼失守。伴隨著太平天國(guó)末期整個(gè)天京城的失陷，清軍先從太平門附近攻入，然后兵分幾路，其中有一路就沿城墻打到了神策門，最后神策門在內(nèi)外兩路清軍的夾擊下被攻陷。

1928年夏，國(guó)民政府認(rèn)為南京諸城門的名稱具有封建迷信色彩，不符合共和制國(guó)家的社會(huì)精神制度，而將神策門改為和平門，并將神策門甕城被改成大型油庫(kù)——美國(guó)亞細(xì)亞火油公司油庫(kù)。

1929年4月，南京市長(zhǎng)劉紀(jì)文函請(qǐng)國(guó)民政府要人書寫匾額，“和平門”三字便由立法院院長(zhǎng)胡漢民題寫，至今“和平門”三個(gè)大字依然清晰可見。

抗日戰(zhàn)爭(zhēng)時(shí)期，日軍占領(lǐng)南京，將神策門外甕城陪土建成日軍汽油庫(kù)。

1956年，南京軍區(qū)接管此處，神策門被南京軍區(qū)設(shè)為軍隊(duì)油庫(kù)，油庫(kù)的功能持續(xù)了70年，在這70年里，神策門成為了神秘的軍事禁區(qū)，禁止市民參觀。

2001年，南京軍區(qū)將神策門油庫(kù)轉(zhuǎn)交南京市地方人民政府，南京市相關(guān)文物部門已經(jīng)清理了坍塌、膨脹、松動(dòng)的墻體，對(duì)南京保存最早的城樓進(jìn)行了維修，將神策門開辟為神策門公園。同時(shí)，南京市文物局將神策門納入南京明城垣史博物館，兩處景點(diǎn)采用通票。

2012年11月，南京作為“中國(guó)明清城墻”項(xiàng)目的牽頭城市，神策門所在的南京明城墻被列入中國(guó)世界文化遺產(chǎn)預(yù)備名單。

南京明代內(nèi)城城門，相關(guān)傳說(shuō)是民間順口溜一則：“內(nèi)十三，外十八，一個(gè)門栓朝外插�！边@個(gè)被人形容為“門栓朝外插”的城門指的就是明代南京神策門，民間順口溜形象地概括了它特殊的建筑形式。在明代建造京師南京內(nèi)城城墻以前，歷朝歷代中國(guó)傳統(tǒng)甕城的形制是將其設(shè)于主城門外，也就是外甕城結(jié)構(gòu)。甕城是古代城池中依附于城門，與城墻連為一體的附屬建筑，多呈半圓形。當(dāng)敵人攻入甕城時(shí)，如將主城門和甕城門關(guān)閉，守軍即可對(duì)敵形成“甕中捉鱉”之勢(shì)。而明代京師南京城墻在修建過程中則普遍將甕城設(shè)于城門內(nèi)，稱為內(nèi)甕城，就像明代聚寶門（中華門）一樣。唯獨(dú)神策門依然采用了古老的外甕城結(jié)構(gòu)，因此她也成為了十三座城門中結(jié)構(gòu)最獨(dú)特的。

神策門處建造外甕城主要是最大程度利用險(xiǎn)峻的山勢(shì)，明城墻在建造過程中力求“地盡其險(xiǎn)”，專走山勢(shì)險(xiǎn)要之處。所以，依山而建的神策門，如果把甕城建在城門內(nèi)，反而會(huì)把小山包在城門和甕城之內(nèi)，這對(duì)于防守進(jìn)攻是很不利的，才將神策門的甕城設(shè)計(jì)建在了城門外面。

南京明城墻十三個(gè)內(nèi)城城門中，其中十二門都只有一個(gè)門洞，唯神策門設(shè)左右兩個(gè)門洞。明朝宰相劉伯溫認(rèn)為，這里為兵家必爭(zhēng)之地，必須能攻能守，平時(shí)只開一洞門，另一洞門則緊閉。只有在軍情緊急、萬(wàn)不得已時(shí)再開。

神策門規(guī)模較小，城門在里，甕城在外，甕城門也不正對(duì)著城門，而是開在甕城的東北角，所以明南京神策門又被稱為外甕城城門。如今的神策門是南京保存較完整的城門，尚存甕城券門各一處，清末復(fù)建的三開間歇山頂譙樓一座和城門的木門。

南明永歷十三年（清朝順治十六年，1659年），南明大將鄭成功為創(chuàng)立反清復(fù)明的大業(yè)，受命率軍在中國(guó)東南沿海地區(qū)打擊清軍，進(jìn)攻清政府的東南重鎮(zhèn)江寧府（今南京市）。鄭成功的十萬(wàn)大軍在南京城外白土山（今幕府山）連營(yíng)83座，切斷了水陸交通，使僅有萬(wàn)余名清軍駐守的南京城（今南京城墻內(nèi)老城）成為一座孤城。 鄭成功的軍隊(duì)與清軍在神策門外的兩次大仗，殺死清軍千余人。清朝兩江總督郎廷佐下令將神策門城門緊閉，不要出戰(zhàn)。郎廷佐一面四處求援，一面想用詐降的辦法來(lái)拖延時(shí)間。鄭成功在捷報(bào)頻傳的勝利中不免驕傲輕敵，答應(yīng)了清軍使臣寬限一個(gè)月的要求，按兵不動(dòng)，坐等清軍開門獻(xiàn)城。清軍發(fā)現(xiàn)白土山下鄭軍守備極其松懈，就選定以此為突破口。永歷十三年（清朝順治十六年，1659年）七月二十一日夜，清軍悄悄打開神策門右邊門洞，潛出城外，偷襲鄭軍，天明小勝而歸。清軍取勝后士氣大振，從神策門蜂擁出城而戰(zhàn)。鄭軍猝不及防，倉(cāng)促應(yīng)戰(zhàn)，大亂而退。經(jīng)“白土山之役”，鄭成功的軍隊(duì)?wèi)?zhàn)死大將十多位、士兵數(shù)萬(wàn)，史稱“東南大震”的鄭成功北伐勝利由此煙消云散。清順治皇帝為慶賀清軍大勝，特下詔將神策門改名為“得勝門”。

城門當(dāng)然是又有城，又有門。南京明代神策門的城門是兩扇明代的杉木包鐵板的大門，如今南京神策門的木門是清代同治年間制造的，并非明代原來(lái)的。

在城門后兩三米的地方，有一道寬15厘米左右的石槽，這個(gè)石槽就是過去放千斤閘的地方，千斤閘在古代城墻中的作用相當(dāng)于如今家庭里的防盜門。這個(gè)千斤閘直通到城墻頂端，白天城門開啟時(shí)，千斤閘就被收到城墻頂端，如今在城墻頂端還保留著千斤閘通過的槽子。啟動(dòng)千斤閘至少要4個(gè)人同步操作，守城士兵需要轉(zhuǎn)動(dòng)城臺(tái)上閘樓內(nèi)的兩根木柱上的絞盤，絞盤是圓形木制的，依靠4根木杠與木柱進(jìn)行連接，可起到傳遞力量的作用。木柱轉(zhuǎn)動(dòng)時(shí)通過木柱下端用繩子與木門相連接，最終將千斤閘提升起來(lái)。

在明代對(duì)于京師乃至明中后期南京的城門的管理是非常嚴(yán)格的，有一項(xiàng)叫作“點(diǎn)閘”的制度，就是每天晚上閘門關(guān)閉上鎖后，全國(guó)最高軍事機(jī)關(guān)五軍都督府會(huì)派專人騎快馬到十三個(gè)城門去查收閘門的鑰匙，最后統(tǒng)一交回五軍都督府。等到第二天開門之前，再派人將鑰匙送到各個(gè)城門處，如果違反點(diǎn)閘u2019制度的城門守衛(wèi)就是死罪。在水西門就曾經(jīng)發(fā)生過守衛(wèi)違反“點(diǎn)閘”制度而被砍頭的。也正是這樣嚴(yán)格的制度，才保證了南京城池的安全。