侯亞梅1991—1992年參加了新中國(guó)第一個(gè)舊石器考古的國(guó)際合作項(xiàng)目一中美合作泥 河灣盆地東谷挖遺址發(fā)掘,她奠定了舊石器考古的野外發(fā)掘與研究方法的良好基礎(chǔ), 并對(duì)舊石器考古學(xué)的研究?jī)?nèi)容和方法加深了認(rèn)識(shí)。1992年春,侯亞梅參加了地處我國(guó)偏遠(yuǎn)山區(qū)的貴州盤大洞遺址的第一次試掘, 確認(rèn)了盤縣大洞是一處具有很大潛力的舊石器時(shí)代洞穴遺址。1993年春侯亞梅對(duì)大洞進(jìn)行了第二次發(fā)掘,發(fā)現(xiàn)了保存完好的堆積層, 出土了一批有清楚層位記錄的石制品、動(dòng)物化石和人牙化石。1993年盤縣大洞被國(guó)家文物局評(píng)為年中國(guó)十大考古新發(fā)現(xiàn)之一, 1996年經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)公布為第四批全國(guó)重點(diǎn)文物保護(hù)單位。1995年1月中國(guó)科學(xué)院古脊椎動(dòng)物與古人類研究所與貴州省六盤水市政府?dāng)y手成立盤縣大洞工作站,侯亞梅任學(xué)術(shù)秘書。1996年起盤縣大洞的工作發(fā)展成為中美合作、多國(guó)(加拿大、希臘等)加盟的國(guó)際項(xiàng)目，在發(fā)掘方法上采取了國(guó)際上最為先進(jìn)的EDM與數(shù)字照相等先進(jìn)技術(shù),提高了發(fā)掘水準(zhǔn),經(jīng)三次發(fā)掘獲得兩枚人牙、上千件石制品和大量動(dòng)物化石。迄今所獲研究成果表明: 盤縣大洞在研究東亞南部從直立人向智人、從舊石器初期向中期過渡, 早期人類對(duì)山地環(huán)境的適應(yīng), 以及中更新世以來環(huán)境變遷等課題上具有巨大潛力。大洞遺址的研究將有助于解決人類學(xué)界關(guān)于現(xiàn)代智人起源的爭(zhēng)論。2001年由Luce基金會(huì)贊助在美國(guó)夏威夷召開以盤縣大洞階段性研究為主題的國(guó)際會(huì)議。作為我國(guó)南方保存完整的中更新世晚期洞穴堆懼, 盤縣大洞以其規(guī)模和地層的完整, 己躋身于我國(guó)南方最重要的舊百器時(shí)代遺址之列并引起國(guó)內(nèi)外史前學(xué)界的普遍關(guān)注。

侯亞梅在對(duì)東谷坨遺址舊石器的研究中提出了“東谷坨石核”的概念，突破了傳統(tǒng)的東亞古人類技術(shù)模式的概念。她揭示的"東谷坨石核"與我國(guó)華北舊石器晚期楔形細(xì)石核的相似性, 可能預(yù)示華北細(xì)石器傳統(tǒng)的起源和華北舊石器文化的自源性發(fā)展, 為我國(guó)人類學(xué)家提出的中國(guó)古人類連續(xù)演化理論提供了文化方面的依據(jù)。2003年侯亞梅提出了“前絲綢之路(Pre-Silk Road)”即“石器之路(Lithic Road)”的假說，認(rèn)為東西方文化的交流與傳播可以追溯至人類啟蒙時(shí)期的史前階段，如舊石器時(shí)代。侯亞梅2000年( 在職 )完成的博士學(xué)位論文《泥河灣盆地東谷花遺址石器工業(yè)研究》獲得國(guó)務(wù)院學(xué)位委員會(huì)和教育部共同頒發(fā)的"2003年全國(guó)優(yōu)秀博士學(xué)位論文"榮譽(yù)證書。