1988年他提出和發(fā)表一種新的系統(tǒng)論，稱為一般系統(tǒng)結(jié)構(gòu)理論，至今已在 IEEE Transactions on Systems, Man and Cyberbetics: Systems, The International Journal of General Systems, Kybernetes- The International Journal of Systems & Cybernetics,《系統(tǒng)工程理論與實踐》及其英文版 Systems Engineering- Theory & Practice 等國內(nèi)外著名學(xué)術(shù)期刊上發(fā)表了一系列的學(xué)術(shù)論文，并出版了學(xué)術(shù)專著《一般系統(tǒng)結(jié)構(gòu)理論》，把系統(tǒng)論發(fā)展到了具有精確的理論內(nèi)容并且能夠有效解決實際系統(tǒng)問題的高度（這是系統(tǒng)論創(chuàng)立以來的半個多世紀(jì)時間里，國內(nèi)外從事系統(tǒng)論研究的科學(xué)家、學(xué)者的共同追求）。2010年國際著名學(xué)術(shù)期刊 Systems Research and Behavioral Science 第27卷第6期發(fā)表關(guān)于系統(tǒng)論研究發(fā)展的回顧和評論文章“一般系統(tǒng)論的最新發(fā)展”（Recent developments in general system theory），評價一般系統(tǒng)結(jié)構(gòu)理論為系統(tǒng)論研究發(fā)展的代表作。同時，他把一般系統(tǒng)結(jié)構(gòu)理論應(yīng)用于組織管理和復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)的研究，在 The International Journal of General Systems 上發(fā)表論文《一般系統(tǒng)結(jié)構(gòu)理論在管理中的應(yīng)用：全面關(guān)系流管理定理》（The structural theory of general systems applied in management: the total relationship flow management theorems），以及在《系統(tǒng)工程理論與實踐》及其英文版 Systems Engineering- Theory & Practice上發(fā)表論文《復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)關(guān)系流與行為關(guān)系定理：一般系統(tǒng)結(jié)構(gòu)理論在復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)中的應(yīng)用》，提出和開展一項新的系統(tǒng)論、復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)、組織科學(xué)和管理科學(xué)的交叉科學(xué)研究——全面關(guān)系流管理研究。

　　組織（網(wǎng)絡(luò)）的構(gòu)成部分之間的關(guān)聯(lián)是通過所謂的關(guān)系流（即信息流、物流、資金流、人員流和能量流等）建立起來的。全面關(guān)系流管理定理和復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)關(guān)系流與行為關(guān)系定理已經(jīng)證明，對于一個組織（網(wǎng)絡(luò)），它的行為是由其基層次以上的關(guān)系流和輸入流（總稱全面關(guān)系流）決定和支配的。這也證明了，為了理解和管理組織（網(wǎng)絡(luò)）行為，歸根到底是理解和管理其全面關(guān)系流。因此，林福永提出和開展一項新的系統(tǒng)論、復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)、組織科學(xué)和管理科學(xué)的交叉科學(xué)研究——全面關(guān)系流管理研究；在此基礎(chǔ)上，他研究得到一個基于全面關(guān)系流管理定理的組織設(shè)計框架和樣板，解決了組織設(shè)計的關(guān)鍵理論問題和實踐問題，形成一種新的組織設(shè)計和管理理論，稱為全面關(guān)系流管理理論。世界頂級期刊 IEEE Transactions on Systems, Man and Cybernetics: Systems 評價它“為組織行為學(xué)提供理論基礎(chǔ)，為組織設(shè)計提供一種新的理論”；2013年中國科協(xié)將它列為傳播學(xué)科，稱為全面關(guān)系流管理學(xué)科。

　　全面關(guān)系流管理研究旨在尋找全面關(guān)系流管理的思想、理論、方法、手段和工具，幫助我們對組織（社會）網(wǎng)絡(luò)的全面關(guān)系流取得更好的理解和控制，從而更好地理解和控制我們面對的各種組織（社會）行為和問題。我們經(jīng)受的世界石油、糧食和金融危機(jī)歸根到底是由我們對石油、糧食的生產(chǎn)交易網(wǎng)絡(luò)和金融系統(tǒng)的關(guān)系流缺乏足夠的理解和控制所致。

　　[1] Fuyong Lin, T.C.Edwin Chang, Cheng Huang. Developing an Organization Design Framework and Sample Based on the Total Relationship Flow Management Theorems, IEEE Transactions on Systems, Man and Cybernetics: Systems, Vol.43, No.6, 2013

       [2] Fuyong Lin， T. C. Edwin Cheng. Total relationship flow management theorems (TRFMM)， International Journal of General Systems， Vol.36， No.6， 2007

　　[3] Fuyong Lin， Kai Sun. Network’s relationship flow-behavior theorems， Systems Engineering – Theory & Practice， Vol.27， No.9， 2007

　　[3] 林福永，孫凱，復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)關(guān)系流與行為關(guān)系定理，系統(tǒng)工程理論與實踐，27卷09期，2007。

　　[4] Fuyong Lin， T. C. Edwin Cheng. The Structural Model of General Systems and its Proof， Official Journal of the World Organisation of Systems and Cybernetics： Kybernetes - The International Journal of Systems & Cybernetics， 1998， 27(9)

　　[5] Fuyong Lin， T. C. Edwin Cheng. The Principles and Laws of General Systems and Their Applications， Official Journal of the World Organisation of Systems and Cybernetics： Kybernetes - The International Journal of Systems & Cybernetics， 1999， 28(1)

　　[6] 林福永，劉人懷，復(fù)雜性科學(xué)中從簡單到復(fù)雜的自然法則的研究及其結(jié)果，自然雜志，2001，23（4）。

　　[7] 林福永，一般系統(tǒng)結(jié)構(gòu)模型的數(shù)學(xué)分析及其結(jié)果——若干一般系統(tǒng)原理與規(guī)律，系統(tǒng)工程理論與實踐，1998，18(12)

　　[8] 張啟人，林福永，復(fù)雜性科學(xué)中復(fù)雜性根源的研究及其結(jié)果，系統(tǒng)工程理論與實踐，2002，22(10)。

　　[9] 林福永，吳健中，一般系統(tǒng)結(jié)構(gòu)理論及其應(yīng)用（I），系統(tǒng)工程學(xué)報，1997，12(3)

　　[10] 林福永，吳健中，一般系統(tǒng)結(jié)構(gòu)理論及其應(yīng)用（II），系統(tǒng)工程學(xué)報，1997，12(4)

　　[11] 林福永，何敏，一般系統(tǒng)結(jié)構(gòu)理論，見：許國志院士等.《系統(tǒng)科學(xué)與工程研究》. 上�？萍冀逃�出版社，2000

　　[12] 林福永，《一般系統(tǒng)結(jié)構(gòu)理論》，暨南大學(xué)出版社，1998。

　　這些論著受到國內(nèi)外同行專家、學(xué)者的關(guān)注和評論。例如：1988年，他應(yīng)邀給著名科學(xué)家錢學(xué)森院士及其學(xué)術(shù)班子做專題學(xué)術(shù)報告，介紹一般系統(tǒng)結(jié)構(gòu)理論；世界系統(tǒng)與控制論組織官方學(xué)報Kybernetes - The International Journal of Systems & Cybernetics的主編在代表作[3]和[4]的錄用通知中寫道：“The refereers believe that both papers should be published and indeed form the basis for further work that should be included in the journal（審稿專家們相信兩篇論文都應(yīng)當(dāng)給予發(fā)表，并且相信它們的確形成學(xué)報應(yīng)當(dāng)進(jìn)一步工作的基礎(chǔ)）”；系統(tǒng)和控制論領(lǐng)域世界重要期刊International Journal of General Systems（2007年影響因子在系統(tǒng)和控制論類期刊中排名第一）的主編George Klir教授在審定代表作[1]時直接修改了論文的結(jié)論，寫道：“Management science is unified via TRFMT（管理科學(xué)通過全面關(guān)系流管理定理統(tǒng)一起來了）”；代表作[1]的美國審稿專家寫道：“Author may conclude their paper with some suggestions that their theory is an attempt to contribute the so-called formal theory of organization （作者可以在他們論文的結(jié)論中指出，他們的理論試圖對所謂的正式的組織理論做出貢獻(xiàn)）”；管理研究領(lǐng)域世界重要期刊Organization Science（2007年影響因子在管理類期刊中排名第四）的主編Linda Argote教授讀了代表作[1]后給他發(fā)來郵件說：“You have picked an extremely important topic（你已經(jīng)選了一個極端重要的研究題目）”；美國麻省理工學(xué)院斯隆管理學(xué)院系統(tǒng)動力學(xué)創(chuàng)始人Jay Wright Forrester教授讀了代表作[1]后給他發(fā)來郵件，感謝他的工作為系統(tǒng)動力學(xué)提供了理論基礎(chǔ)。