1988年他提出和發(fā)表一種新的系統(tǒng)論，稱為一般系統(tǒng)結構理論，至今已在 IEEE Transactions on Systems, Man and Cyberbetics: Systems, The International Journal of General Systems, Kybernetes- The International Journal of Systems & Cybernetics,《系統(tǒng)工程理論與實踐》及其英文版 Systems Engineering- Theory & Practice 等國內(nèi)外著名學術期刊上發(fā)表了一系列的學術論文，并出版了學術專著《一般系統(tǒng)結構理論》，把系統(tǒng)論發(fā)展到了具有精確的理論內(nèi)容并且能夠有效解決實際系統(tǒng)問題的高度（這是系統(tǒng)論創(chuàng)立以來的半個多世紀時間里，國內(nèi)外從事系統(tǒng)論研究的科學家、學者的共同追求）。2010年國際著名學術期刊 Systems Research and Behavioral Science 第27卷第6期發(fā)表關于系統(tǒng)論研究發(fā)展的回顧和評論文章“一般系統(tǒng)論的最新發(fā)展”（Recent developments in general system theory），評價一般系統(tǒng)結構理論為系統(tǒng)論研究發(fā)展的代表作。同時，他把一般系統(tǒng)結構理論應用于組織管理和復雜網(wǎng)絡的研究，在 The International Journal of General Systems 上發(fā)表論文《一般系統(tǒng)結構理論在管理中的應用：全面關系流管理定理》（The structural theory of general systems applied in management: the total relationship flow management theorems），以及在《系統(tǒng)工程理論與實踐》及其英文版 Systems Engineering- Theory & Practice上發(fā)表論文《復雜網(wǎng)絡關系流與行為關系定理：一般系統(tǒng)結構理論在復雜網(wǎng)絡中的應用》，提出和開展一項新的系統(tǒng)論、復雜網(wǎng)絡、組織科學和管理科學的交叉科學研究——全面關系流管理研究。

　　組織（網(wǎng)絡）的構成部分之間的關聯(lián)是通過所謂的關系流（即信息流、物流、資金流、人員流和能量流等）建立起來的。全面關系流管理定理和復雜網(wǎng)絡關系流與行為關系定理已經(jīng)證明，對于一個組織（網(wǎng)絡），它的行為是由其基層次以上的關系流和輸入流（總稱全面關系流）決定和支配的。這也證明了，為了理解和管理組織（網(wǎng)絡）行為，歸根到底是理解和管理其全面關系流。因此，林福永提出和開展一項新的系統(tǒng)論、復雜網(wǎng)絡、組織科學和管理科學的交叉科學研究——全面關系流管理研究；在此基礎上，他研究得到一個基于全面關系流管理定理的組織設計框架和樣板，解決了組織設計的關鍵理論問題和實踐問題，形成一種新的組織設計和管理理論，稱為全面關系流管理理論。世界頂級期刊 IEEE Transactions on Systems, Man and Cybernetics: Systems 評價它“為組織行為學提供理論基礎，為組織設計提供一種新的理論”；2013年中國科協(xié)將它列為傳播學科，稱為全面關系流管理學科。

　　全面關系流管理研究旨在尋找全面關系流管理的思想、理論、方法、手段和工具，幫助我們對組織（社會）網(wǎng)絡的全面關系流取得更好的理解和控制，從而更好地理解和控制我們面對的各種組織（社會）行為和問題。我們經(jīng)受的世界石油、糧食和金融危機歸根到底是由我們對石油、糧食的生產(chǎn)交易網(wǎng)絡和金融系統(tǒng)的關系流缺乏足夠的理解和控制所致。

　　[1] Fuyong Lin, T.C.Edwin Chang, Cheng Huang. Developing an Organization Design Framework and Sample Based on the Total Relationship Flow Management Theorems, IEEE Transactions on Systems, Man and Cybernetics: Systems, Vol.43, No.6, 2013

       [2] Fuyong Lin， T. C. Edwin Cheng. Total relationship flow management theorems (TRFMM)， International Journal of General Systems， Vol.36， No.6， 2007

　　[3] Fuyong Lin， Kai Sun. Network’s relationship flow-behavior theorems， Systems Engineering – Theory & Practice， Vol.27， No.9， 2007

　　[3] 林福永，孫凱，復雜網(wǎng)絡關系流與行為關系定理，系統(tǒng)工程理論與實踐，27卷09期，2007。

　　[4] Fuyong Lin， T. C. Edwin Cheng. The Structural Model of General Systems and its Proof， Official Journal of the World Organisation of Systems and Cybernetics： Kybernetes - The International Journal of Systems & Cybernetics， 1998， 27(9)

　　[5] Fuyong Lin， T. C. Edwin Cheng. The Principles and Laws of General Systems and Their Applications， Official Journal of the World Organisation of Systems and Cybernetics： Kybernetes - The International Journal of Systems & Cybernetics， 1999， 28(1)

　　[6] 林福永，劉人懷，復雜性科學中從簡單到復雜的自然法則的研究及其結果，自然雜志，2001，23（4）。

　　[7] 林福永，一般系統(tǒng)結構模型的數(shù)學分析及其結果——若干一般系統(tǒng)原理與規(guī)律，系統(tǒng)工程理論與實踐，1998，18(12)

　　[8] 張啟人，林福永，復雜性科學中復雜性根源的研究及其結果，系統(tǒng)工程理論與實踐，2002，22(10)。

　　[9] 林福永，吳健中，一般系統(tǒng)結構理論及其應用（I），系統(tǒng)工程學報，1997，12(3)

　　[10] 林福永，吳健中，一般系統(tǒng)結構理論及其應用（II），系統(tǒng)工程學報，1997，12(4)

　　[11] 林福永，何敏，一般系統(tǒng)結構理論，見：許國志院士等.《系統(tǒng)科學與工程研究》. 上�？萍冀逃�出版社，2000

　　[12] 林福永，《一般系統(tǒng)結構理論》，暨南大學出版社，1998。

　　這些論著受到國內(nèi)外同行專家、學者的關注和評論。例如：1988年，他應邀給著名科學家錢學森院士及其學術班子做專題學術報告，介紹一般系統(tǒng)結構理論；世界系統(tǒng)與控制論組織官方學報Kybernetes - The International Journal of Systems & Cybernetics的主編在代表作[3]和[4]的錄用通知中寫道：“The refereers believe that both papers should be published and indeed form the basis for further work that should be included in the journal（審稿專家們相信兩篇論文都應當給予發(fā)表，并且相信它們的確形成學報應當進一步工作的基礎）”；系統(tǒng)和控制論領域世界重要期刊International Journal of General Systems（2007年影響因子在系統(tǒng)和控制論類期刊中排名第一）的主編George Klir教授在審定代表作[1]時直接修改了論文的結論，寫道：“Management science is unified via TRFMT（管理科學通過全面關系流管理定理統(tǒng)一起來了）”；代表作[1]的美國審稿專家寫道：“Author may conclude their paper with some suggestions that their theory is an attempt to contribute the so-called formal theory of organization （作者可以在他們論文的結論中指出，他們的理論試圖對所謂的正式的組織理論做出貢獻）”；管理研究領域世界重要期刊Organization Science（2007年影響因子在管理類期刊中排名第四）的主編Linda Argote教授讀了代表作[1]后給他發(fā)來郵件說：“You have picked an extremely important topic（你已經(jīng)選了一個極端重要的研究題目）”；美國麻省理工學院斯隆管理學院系統(tǒng)動力學創(chuàng)始人Jay Wright Forrester教授讀了代表作[1]后給他發(fā)來郵件，感謝他的工作為系統(tǒng)動力學提供了理論基礎。