2000年10月參加總統(tǒng)選舉，但以6%低票落敗。

2005-2006年，入閣擔(dān)任工業(yè)、貿(mào)易和旅游部長。

2006年11月，參加了吉爾吉斯斯坦反政府示威，要求政府進(jìn)行改革。

2006年12月26日，阿坦巴耶夫強(qiáng)烈反對其他議員提出的解散最高蘇維埃（議會）的計(jì)劃。

2007年3月29日，總理阿齊姆·伊薩別科夫辭職，阿坦巴耶夫被任命為總理。他是中亞第一位反對黨總理。

2007年5月11日遭下毒，于土耳其一家醫(yī)院接受治療。

2007年10月24日，阿坦巴耶夫內(nèi)閣宣布總辭職。有觀察家稱，阿坦巴耶夫辭職是因?yàn)樗�已�?jīng)成為總統(tǒng)操縱議會選舉的障礙。

2010年12月17日，阿坦巴耶夫當(dāng)選吉爾吉斯斯坦政府總理。當(dāng)日，阿坦巴耶夫在比什凱克出席吉議會會議。 吉爾吉斯斯坦議會當(dāng)天深夜對政府總理人選進(jìn)行表決，社會民主黨領(lǐng)袖阿坦巴耶夫最終以絕對優(yōu)勢贏得這一職位。

吉爾吉斯斯坦總統(tǒng)網(wǎng)站2016年9月19日發(fā)布消息稱，總統(tǒng)阿爾馬茲別克·阿坦巴耶夫因心臟問題，將缺席在紐約舉行的第71屆聯(lián)合國大會。

據(jù)法新社2014年3月17日電，中亞國家吉爾吉斯斯坦和哈薩克斯坦17日表示，沒有發(fā)現(xiàn)失聯(lián)馬航客機(jī)。此前，有報(bào)道稱該客機(jī)可能進(jìn)入兩國的領(lǐng)空。有一種猜測認(rèn)為，2014年3月8日失聯(lián)的馬航MH370航班可能向北飛往哈薩克斯坦。

吉爾吉斯斯坦政府新聞處稱，阿爾馬茲別克·阿坦巴耶夫總統(tǒng)已同意“就搜尋馬航波音777客機(jī)展開合作”。吉爾吉斯斯坦位于哈薩克斯坦以南。

這份聲明稱，吉爾吉斯斯坦的民航部門和防空部隊(duì)“將向馬來西亞同仁提供一切必要的信息”。

阿坦巴耶夫?qū)κ��?lián)客機(jī)乘客的家屬表示同情，并稱希望很快能找到客機(jī)的下落。

2016年6月24日，國家主席習(xí)近平在塔什干會見吉爾吉斯斯坦總統(tǒng)阿坦巴耶夫。

習(xí)近平指出，中吉建立戰(zhàn)略伙伴關(guān)系3年來，政治互信不斷加深，各領(lǐng)域務(wù)實(shí)合作成果豐碩，在國際和地區(qū)事務(wù)中密切溝通、相互支持。我們愿同吉方一道，擴(kuò)大各領(lǐng)域互利合作，實(shí)現(xiàn)共同發(fā)展繁榮。中方堅(jiān)定支持吉爾吉斯斯坦根據(jù)本國國情選擇的發(fā)展道路，以及為維護(hù)國家獨(dú)立、主權(quán)、領(lǐng)土完整所作的努力。

習(xí)近平強(qiáng)調(diào)，雙方要加快共建“一帶一路”路線圖編制工作，加強(qiáng)產(chǎn)能、農(nóng)業(yè)等領(lǐng)域合作，發(fā)揮兩國經(jīng)濟(jì)互補(bǔ)性強(qiáng)優(yōu)勢，保持雙邊經(jīng)貿(mào)合作良好發(fā)展勢頭。加快推進(jìn)中吉烏鐵路、比什凱克熱電廠改造、比什凱克市政路網(wǎng)改造、農(nóng)業(yè)灌溉系統(tǒng)改造等項(xiàng)目，讓中吉合作成果盡早造福百姓。

阿坦巴耶夫表示，吉中是兄弟般的關(guān)系。兩國友好沒有任何障礙，吉方堅(jiān)定支持中方在臺灣、涉疆等核心關(guān)切問題上原則立場。吉方歡迎中方積極參與吉方基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)。吉方愿同中方密切安全合作，堅(jiān)決打擊“三股勢力”。

王滬寧、栗戰(zhàn)書、楊潔篪等參加會見。

2017年1月6日，國家主席習(xí)近平在釣魚臺國賓館會見吉爾吉斯斯坦總統(tǒng)阿塔姆巴耶夫。

習(xí)近平指出，昨天是中吉建交25周年。25年來，兩國政治互信不斷深化，經(jīng)濟(jì)合作全面推進(jìn)，雙邊關(guān)系達(dá)到前所未有的高度。雙方在涉及彼此核心利益和關(guān)切問題上相互支持，在重大國際和地區(qū)事務(wù)中保持密切溝通和協(xié)作。中吉已經(jīng)成為真正的好朋友、好鄰居、好伙伴。中方愿同吉方一道，認(rèn)真落實(shí)雙方簽署的有關(guān)合作文件，打造合作亮點(diǎn)，推動(dòng)中吉戰(zhàn)略伙伴關(guān)系發(fā)展不斷取得新成果。

習(xí)近平強(qiáng)調(diào)，中吉關(guān)系發(fā)展取得巨大成就，關(guān)鍵在于雙方始終堅(jiān)持睦鄰友好、相互尊重、平等互利、合作共贏原則。吉爾吉斯斯坦是古絲綢之路沿線重要國家。近年來，在雙方共同努力下，兩國共建“一帶一路”取得積極成果。雙方應(yīng)加快推進(jìn)重大基礎(chǔ)設(shè)施建設(shè)項(xiàng)目，推進(jìn)落實(shí)產(chǎn)能投資合作，促進(jìn)兩國中小企業(yè)合作，做好“一帶一路”建設(shè)同歐亞經(jīng)濟(jì)聯(lián)盟建設(shè)對接，加強(qiáng)在教育、科技和旅游等人文領(lǐng)域的合作。中方愿同吉方深化安全合作，共同打擊“東突”等“三股勢力”，維護(hù)兩國和本地區(qū)安全穩(wěn)定。中方愿繼續(xù)同吉方在上海合作組織框架內(nèi)密切協(xié)調(diào)和配合。

阿塔姆巴耶夫表示，很高興在吉中建交25周年之際來華同習(xí)近平主席會見。25年來吉中經(jīng)貿(mào)、人文、安全等領(lǐng)域交流合作深入發(fā)展。雙方在許多重大國際和地區(qū)問題上立場相近，在聯(lián)合國、上海合作組織等多邊框架內(nèi)溝通協(xié)調(diào)富有成效。中國是吉爾吉斯斯坦重要的戰(zhàn)略伙伴，長期以來為吉繁榮穩(wěn)定提供了巨大支持。吉方對此深表感謝。吉方愿深化同中方在基礎(chǔ)設(shè)施、農(nóng)業(yè)等領(lǐng)域合作，積極參與“一帶一路”建設(shè)，推進(jìn)“一帶一路”同歐亞經(jīng)濟(jì)聯(lián)盟對接合作。吉方堅(jiān)定支持中方維護(hù)自身核心利益的努力，將繼續(xù)堅(jiān)持奉行一個(gè)中國政策。吉方愿與中方密切安全合作，堅(jiān)決打擊“三股勢力”。

楊潔篪等參加會見。

據(jù)俄羅斯衛(wèi)星網(wǎng)報(bào)道，吉爾吉斯斯坦總統(tǒng)新聞處2016年10月26日表示，吉爾吉斯斯坦總統(tǒng)阿坦巴耶夫簽署命令解散本國政府。

吉爾吉斯斯坦總統(tǒng)新聞處稱，鑒于正式宣布根據(jù)議會四個(gè)黨團(tuán)協(xié)議組建的議會聯(lián)盟失去地位，決定解散吉爾吉斯斯坦政府。26日早，議長正式通知議會多數(shù)聯(lián)盟解散。

公告中說：“下令吉爾吉斯斯坦政府解散，該政府2015年11月2日根據(jù)議會社會民主黨、吉爾吉斯斯坦黨、進(jìn)步黨和“阿塔—梅肯”(祖國)黨黨團(tuán)間聯(lián)盟協(xié)議組建�！�

根據(jù)總統(tǒng)令，總理、第一副總理、副總理、政府成員和行政部門負(fù)責(zé)人將繼續(xù)履職，直至任命新一屆政府和行政部門負(fù)責(zé)人。