1999年，在北京大學(xué)“中國(guó)農(nóng)村基層組織建設(shè)與農(nóng)村社會(huì)可持續(xù)發(fā)展”國(guó)際研討會(huì)上提出“過程—事件分析”的研究策略；

2000年，與其同事和學(xué)生一起在《清華社會(huì)學(xué)評(píng)論》上發(fā)表“當(dāng)代中國(guó)農(nóng)村國(guó)家—農(nóng)民關(guān)系的實(shí)踐形態(tài)”一組文章；

2001年，在“過程—事件分析”的基礎(chǔ)上提出“實(shí)踐社會(huì)學(xué)”，倡導(dǎo)對(duì)中國(guó)市場(chǎng)轉(zhuǎn)型實(shí)踐過程的研究。《邁向?qū)嵺`社會(huì)學(xué)》發(fā)表在《學(xué)�！�2002年第三期，《實(shí)踐社會(huì)學(xué)與市場(chǎng)轉(zhuǎn)型過程分析》發(fā)表在《中國(guó)社會(huì)科學(xué)》2002年第五期；

2002年，在有關(guān)研討會(huì)上宣讀了《90年代以來中國(guó)社會(huì)結(jié)構(gòu)演變的新趨勢(shì)》長(zhǎng)篇研究報(bào)告。是為研究改革以來中國(guó)社會(huì)結(jié)構(gòu)變遷的第三個(gè)系列報(bào)告，對(duì)90年代以來中國(guó)社會(huì)結(jié)構(gòu)的演變進(jìn)行了系統(tǒng)的論述；

2003年，出版《斷裂----90年代以來的中國(guó)社會(huì)》一書，其中“斷裂社會(huì)”的理論觀點(diǎn)被海內(nèi)外報(bào)刊廣泛轉(zhuǎn)載。同年提出“新失業(yè)群體”的概念；2004年，出版《失衡----斷裂社會(huì)的運(yùn)作邏輯》和《轉(zhuǎn)型與斷裂----改革以來中國(guó)社會(huì)結(jié)構(gòu)的變遷》，提出社會(huì)斷裂的基礎(chǔ)是社會(huì)權(quán)利的失衡。

2005年，在《社會(huì)轉(zhuǎn)型：發(fā)展社會(huì)學(xué)的新議題》中提出發(fā)展社會(huì)學(xué)中現(xiàn)代化理論、發(fā)展理論、轉(zhuǎn)型理論的構(gòu)想；出版《博弈：斷裂社會(huì)中的利益沖突與和諧》，提出利益博弈開始成為當(dāng)今中國(guó)社會(huì)生活的主題和形塑利益格局的重要機(jī)制。

2006年，出版《守衛(wèi)底線—轉(zhuǎn)型社會(huì)生活的基礎(chǔ)秩序》，提出守衛(wèi)社會(huì)生活的底線和重建社會(huì)基礎(chǔ)秩序，并以此對(duì)“制度是如何失敗的”問題提出新的解釋；提出以延長(zhǎng)社會(huì)學(xué)核心概念解釋鏈條的方式，強(qiáng)化社會(huì)學(xué)學(xué)科的解釋力度，以適應(yīng)社會(huì)轉(zhuǎn)型對(duì)社會(huì)學(xué)的新挑戰(zhàn)。

2009年，出版《重建社會(huì)—轉(zhuǎn)型社會(huì)的秩序再造》，提出在關(guān)于穩(wěn)定的問題上，我們需要有一個(gè)新的思維，即用秩序思維替代穩(wěn)定思維。我們要準(zhǔn)確判斷中國(guó)發(fā)生的矛盾和沖突的性質(zhì)，準(zhǔn)確判斷社會(huì)發(fā)生大的危機(jī)的可能性。在這個(gè)前提下，用充分的自信來面對(duì)這個(gè)社會(huì)，面對(duì)這個(gè)時(shí)代。作者認(rèn)為，我國(guó)社會(huì)的沖突是基于利益的沖突，利益沖突是理性的沖突、是正常的社會(huì)現(xiàn)象。我們的任務(wù)不是消滅這種現(xiàn)象，而是要為這種現(xiàn)象的發(fā)生設(shè)立規(guī)則，為這種問題的解決提供制度化地方法。

他對(duì)中國(guó)問題的研究，以保持獨(dú)立之精神、自由之思想著稱。他在《財(cái)經(jīng)》雜志舉辦的“2013：預(yù)測(cè)和戰(zhàn)略”年會(huì)上發(fā)出的盛世危言，一如既往，極具震撼力。

在80年代，主要研究方向?yàn)樯鐣?huì)現(xiàn)代化。曾出版《社會(huì)現(xiàn)代化》、《走向現(xiàn)代之路》、《發(fā)展的反省與探索》等著作，并發(fā)表論文多篇。其間，提出現(xiàn)代化的時(shí)序模式、后發(fā)外生型現(xiàn)代化等理論。特別是后發(fā)外生型現(xiàn)代化理論在學(xué)術(shù)界產(chǎn)生了廣泛的影響。

進(jìn)入90年代之后，研究的興趣逐步轉(zhuǎn)向中國(guó)社會(huì)結(jié)構(gòu)變遷，相繼發(fā)表《改革以來中國(guó)社會(huì)結(jié)構(gòu)的變遷》（合作）、《改革前后中國(guó)國(guó)家、民間統(tǒng)治精英和民眾互動(dòng)關(guān)系的演變》等論文，并提出了“總體性社會(huì)”、“總體性資本”、“自由流動(dòng)資源”與“自由活動(dòng)空間”等重要概念和理論。發(fā)表在《戰(zhàn)略與管理》1998年第五期上的《中國(guó)社會(huì)結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)型的中近期趨勢(shì)和隱患》（合作）受到海內(nèi)外學(xué)術(shù)界的關(guān)注。

研究方向主要是轉(zhuǎn)型社會(huì)學(xué)。其主持的大型研究計(jì)劃“二十世紀(jì)下半期中國(guó)農(nóng)村社會(huì)變遷口述資料收集與研究”，關(guān)注的是作為一種文明的共產(chǎn)主義在日常生活實(shí)踐中的運(yùn)行邏輯。另外主持的“當(dāng)代中國(guó)農(nóng)村中國(guó)家與農(nóng)民關(guān)系研究”和“從單位制到社區(qū)制----社區(qū)建設(shè)研究”則關(guān)注于“總體性社會(huì)”向“后總體性社會(huì)”的轉(zhuǎn)型過程。

《社會(huì)現(xiàn)代化》

《發(fā)展的反省與探索》

《傳統(tǒng)與變遷》

《斷裂》

《轉(zhuǎn)型與斷裂》

《失衡》