太元十一年（386年），司馬德文出生，母為淑媛陳歸女（晉安帝即位后，尊為德皇太后）。司馬德文初封瑯邪王，之后歷任中軍將軍、散騎常侍、衛(wèi)將軍、開(kāi)府儀同三司、侍中、司徒、錄尚書(shū)六條事等官職。元興初年，遷任車騎大將軍。 

隆安二年（398年），兗州刺史王恭和豫州刺史庾楷，因?qū)ι袝?shū)左仆射王國(guó)寶等不滿而領(lǐng)兵反，司馬德文不得不殺王國(guó)寶來(lái)平息這場(chǎng)風(fēng)波。

隆安三年（399年），王恭、庾楷協(xié)同荊州刺史殷仲堪、廣州刺史桓玄等再反，叛軍一直攻到建康附近才被抵御，王恭被殺。與此同時(shí)，在浙江、江蘇一帶孫恩的叛軍也聲勢(shì)浩大。

隆安四年（400年），孫恩攻會(huì)稽，隆安五年（401年）攻浹口、臨海、廣陵，晉軍多次戰(zhàn)敗。隆安六年（402年）孫恩直接威脅建康，建康被封鎖，城內(nèi)饑荒。桓楚永始元年（403年），司馬德文親征桓玄，司馬德文數(shù)次戰(zhàn)敗。桓玄自封為丞相、太尉。同年孫恩為臨海太守辛景所敗，自殺身亡。桓楚天康元年（404年）一月二十九日，桓玄殺司馬道子，從此成為東晉的主宰者。他于同年秋又自號(hào)楚王、大將軍。并進(jìn)封司馬德文為太宰，加兗冕之服，綠綟綬。同年十二月三十一日，桓玄篡位，改國(guó)號(hào)為楚，史稱桓楚，貶晉安帝為平固王，司馬德文也被貶為石陽(yáng)縣公。東晉義熙元年（405年）一月十九日，司馬德文與晉安帝都被逐出建康，居于潯陽(yáng)。

義熙元年（405年）三月二十四日，劉裕舉兵攻桓玄，桓玄軍隊(duì)大敗�；感�挾晉安帝和司馬德文逃往江陵。六月十九日，桓玄被殺，晉安帝為皇帝，復(fù)封司馬德文為瑯邪王，又加封為徐州刺史、大司馬、司徒  。但好景不長(zhǎng)，六月二十六日桓玄的將軍桓振又攻陷江陵，晉安帝司馬德宗被俘。

義熙二年（406年）三月二日，晉安帝司馬德宗才再脫叛軍之手�；感�的叛變終于摧毀了東晉的皇權(quán)，劉裕成為東晉舉足輕重的人物，為南朝宋的建立奠定了基礎(chǔ)。

從義熙八年（412年）開(kāi)始，劉裕在朝中獨(dú)掌大權(quán)，排擠和迫害與他不和的大臣，矯晉安帝詔以令外地刺史。劉裕當(dāng)政之后，司馬德文知道劉裕有篡位與殺害晉安帝的企圖，而且晉安帝本人不辨饑寒，司馬德文便隨侍于晉安帝左右；后來(lái)司馬德文生病，出搬到宮外居住。

義熙十五年（419年）一月二十八日，劉裕派王韶之殺害晉安帝。劉裕本人有意自稱皇帝，但由于圖讖所言“昌明（晉孝武帝）之后有二帝”，于是劉裕為符合圖讖所言，便于立司馬德文為皇帝，次年改年號(hào)為元熙。 

元熙二年六月壬戌（420年7月5日），劉裕見(jiàn)時(shí)機(jī)成熟，命令黨徒傅亮草擬好禪位詔書(shū)，入宮逼迫司馬德文謄抄。司馬德文欣然接受，執(zhí)筆抄寫(xiě)詔書(shū)，并對(duì)左右說(shuō)：“桓玄篡位時(shí)，晉室已經(jīng)失去天下了，因?yàn)橛袆⒐�（劉裕），才延長(zhǎng)了將近二十年的國(guó)祚。今天做這件事，是心甘情愿的。”兩天后，司馬德文退居到瑯邪王府，百官向晉帝告別，東晉至此滅亡。

劉裕登位后，降司馬德文為零陵王，把他遷到秣陵，正朔、車駕、衣服等都依晉朝規(guī)格，由冠軍將軍劉遵考帶兵看管。

司馬德文皇后的兄長(zhǎng)褚秀之、褚淡之，原封為晉朝的太常卿和侍中。這時(shí)見(jiàn)皇帝、皇后落難，他們就背主求榮，甘當(dāng)劉裕的走狗，協(xié)助監(jiān)視帝后。褚皇后生下一個(gè)兒子，褚秀之兄弟遵照劉裕命令，將男嬰害死。劉裕也想暗害司馬德文，司馬德文因而日夜驚恐，整天和褚皇后共處一室，一切飲食也都由褚皇后親自動(dòng)手，使劉裕一時(shí)無(wú)法下手。

永初二年（421年）九月，劉裕命令瑯琊侍中張偉攜毒酒一瓶，前去秣陵鴆殺司馬德文。張偉不忍謀害故主，回去又難以交代，就嘆道："要毒殺主君去讓自己活下去，不如死了！"竟在路上喝下毒酒自盡。劉裕聞?dòng)嵈笈�。于十一月十日派褚淡之假意去探望褚皇后，命令自己的親兵暗暗跟在后面。褚皇后聽(tīng)到兄長(zhǎng)來(lái)了，出外相見(jiàn)。親兵乘機(jī)越墻進(jìn)入司馬德文室內(nèi)，將毒酒放在他面前，逼他快飲。司馬德文搖頭拒絕說(shuō)：“佛教教義中說(shuō)，人凡自殺，轉(zhuǎn)世不能再投人胎�！北�士便將他挾上床去，用被子蒙住他臉面，用力扼死，然后跳墻而去。司馬德文被殺后，謚號(hào)恭皇帝，十一月辛亥（12月16日），葬于沖平陵，劉裕帶領(lǐng)文武百官親臨送葬。

房玄齡等《晉書(shū)》：①“帝幼時(shí)性頗忍急。”②“安帝既不惠，帝每侍左右，消息溫涼寢食之節(jié)，以恭謹(jǐn)聞，時(shí)人稱焉。”；③“安承流湎，大盜斯張。恭乃寓命，他人是綱。猶存周赧，始立懷王。虛尊假號(hào)，異術(shù)同亡。”

④“若乃世遇顛覆，則恭皇斯甚。于越之民，詎熏丹穴，會(huì)稽之侶，寧嘆入臣。去皇屋而歸來(lái)，灑丹書(shū)而不恨。夫五運(yùn)攸革，三微數(shù)盡，猶高秋凋候，理之自然。觀其搖落，人有為之流漣者也�！�

曾祖父：晉元帝司馬睿

曾祖母：簡(jiǎn)文宣太后鄭阿春

祖父：晉簡(jiǎn)文帝司馬昱

祖母：孝武文太后李陵容

父親：晉孝武帝司馬曜

母親：德皇太后陳歸女

哥哥：晉安帝司馬德宗

司馬茂英，恭思皇后褚靈媛所生，初封海鹽公主，嫁宋少帝劉義符，為太子妃，少帝即位立為皇后。少帝被廢后降為營(yíng)陽(yáng)王妃。后宋文帝以劉朗為南豐王，出繼少帝后嗣，又為南豐王太妃。

富陽(yáng)公主，恭思皇后褚靈媛所生，司馬茂英妹。

司馬德文年幼時(shí)頗為殘忍急躁，在瑯邪國(guó)時(shí)更曾命擅長(zhǎng)射箭的人射擊馬匹作為娛樂(lè)。當(dāng)時(shí)有人說(shuō)：“馬是國(guó)姓，而你自己就去殺它，這是很不祥的事呀！”司馬德文明白此言，亦甚為后悔。

司馬德文信奉佛教，曾下令打造了一個(gè)高一丈六寸的黃金佛像，并親身到瓦官寺迎其上位。

《晉書(shū)·卷十·帝紀(jì)第十》

《資治通鑒·卷第一百一十九》