乾隆九年(1745)舉人、十年乙丑科進士連捷，授刑部奉天司主事。曾任山東司員外、山西鄉(xiāng)試副考官、湖廣司郎中、四川鄉(xiāng)試正考官、提督山東學(xué)政兼翰林院檢討。乾隆十七年(1752)，升任山東按察使。后歷官湖北布政使、廣東布政使、江寧布政使。

　　乾隆四十一年(1776)，以都察院右都御史兼兵部侍郎，巡撫安徽4年。期間上疏稱風(fēng)、潁、壽三郡歷年災(zāi)荒，賑貸皆由安慶、池州遠途撥運，不如就近建倉貯糧，以備急需。在風(fēng)陽府、壽州鳳臺縣及正陽關(guān)、潁州府屆亳州、阜陽、霍邱、蒙城、太和、潁上等縣共建糧倉400間，貯糧20萬石，以備賑恤。乾隆四十五年(1780)調(diào)任江蘇巡撫。

　　閔鶚元以文學(xué)起家，名揚中外。精于治獄，由郎中起擢臬司。所到之處，以清理積案見稱。他在京城倡建吳興會館，同鄉(xiāng)進京如回家一般。巡撫江蘇10年，一時號為賢能。期間，在蘇州經(jīng)營湖州綢緞的同鄉(xiāng)苦于沒有公所，出面聚資在蘇州曹家巷建立會館。

　　在乾隆朝，閔鶚元兩次考績都位居巡撫之最，但因不依附權(quán)相和砷，﹝當(dāng)作和珅﹞終被忌。乾隆五十五年(1790)以失察罪被革職，請求告老，次年致仕(退休)奉旨回原籍。嘉慶二年(1797)逝世。一生著有《閔氏金石文鈔》、《星軺學(xué)吟》、《南巡恭紀(jì)錄》等。

　　從侄閔惇大。